ゴウトの提案で、銀婚式を迎えたバニラとココナは、キリコとの再会を期待して思い出の地を巡る旅に出る。30年振りに降り立つ惑星メルキア・ウドの街。復興した街をよそ目に、キリコとの思い出の場所は昔の姿を留めていた。そこで二人はバトリングの興行ポスターを発見する。かつてと変わらぬAT戦に熱狂するバトリング会場。そこには赤い肩を持つスコープドッグが……。

今も紛争の絶えぬクメン共和国では、クーデター軍に圧される政府軍大統領とその親衛隊が首都を捨て逃れようとしていた。大統領とは誰あろう、キリコたちの戦友ポタリアであった。キリコを探してクメンの地に降り立ったバニラたちは、ゴウトのはからいで一夜限りの「ファンタムクラブ」復活営業を楽しむ。歌姫姿のココナ、かつての常連たち…。そして逃亡中の大統領にも招待状が届いていた。

今も砂嵐が吹き荒れる惑星サンサ。キリコはゾフィーの屑鉄屋に住み込み、3ヶ月も巨大戦艦の鉄骨を切断し続けていた。長い苛酷な環境下で視力を失ったゾフィーには、世話を焼くこの若者がかつて仇と憎んだキリコだとは思いも寄らない。キリコの留守中、ゾフィーの事務所が突如ATによって襲撃を受ける。ゾフィーを足手纏いにさせる作戦と気づくが、キリコは彼女を背負い砂漠を歩くのだった。

正体不明のエネルギーによってキリコは、消滅したクエント星の民が暮らす「馬の口」と呼ばれる銀河の果てへと飛ばされてしまっていた。谷の底、ル・シャッコの村では今にも一人の赤子が生まれようとしており、神の子と判断されればゴモルの神殿で更なる裁可を受けねばならぬ掟とされていた。部族長テダヤは道中での襲撃を警戒し、キリコにその護衛を依頼する。

神殿の地下に落下したキリコとル・シャッコは、ゴモルの塔の地下茎である地底樹を目の当たりにする。神殿のATを退けるが、突然謎の生物に繭糸で絡め採られ赤子を奪われてしまう。かつて神の子として落とされたというジュノが現れ、身動きのとれない二人を救う。ジュノと共に赤子を取り戻そうとするが、ヌルゲラントの神はキリコの記憶の深層を抉る様々な試練を用意していた…。

ギルガメス・バララントの両艦隊が惑星ヌルゲラントを睨む中、法皇モンテウェルズがゴモルの塔へと入る。時を経て自己修復を遂げたかつて神ワイズマンと対面した法皇は、神の子の養育と後見を任せて欲しいと申し出る。一方、地底樹を突破したキリコはワイズマンと赤子の座す空間へと招き入れられる。30年の時を経てキリコとワイズマン、宿命の対決が再び始まる…。