九角との戦いも終わり、平穏な日々を過ごしていた龍麻たち。その一方では関東の守護者が次々と何者かに殺害される事件が起きていた。事件を調べようとするが、手がかりがない龍麻たちの前に、「拳武十二神将」と名乗る刺客が襲い掛かる。そんな中、醍醐はかつての友人・凶津煉児と再会する。

龍麻の元を訪れた刺客・壬生紅葉。拳を交えた二人は互いの型に違和感を覚え、壬生は龍麻を殺めることに疑念を抱く。一方、醍醐を恨んでいる凶津は《力》を手に襲いかかる。凶津との闘いに躊躇う醍醐は捕まった小蒔を助けるため、自身の過去を清算するため凶津の元に向かう。二人の《力》が暴走したとき…。

凶津との闘いの後、抜け殻のようになってしまった醍醐に寄り添う小蒔。一方、八剣との闘いで深手を負った京一は以前であった老人に助けられ、その老人の言葉に無心となって木を削る京一は過去を思い出す。結界の中にいた龍麻たちの前に拳武十二神将が現れたとき、再び醍醐の躰に異変が…。

龍麻と壬生、彼らの前に二人を知る男が現れる。壬生から「館長」と呼ばれる男・鳴滝冬吾は、龍麻を悪と罵り抹殺せよと命令するが、その言葉に疑問を抱く…。鳴滝から語られる父・弦麻の死、17年前の出来事。そして、恩師の言葉に龍麻の心は打ち砕かれるのであった。

拳武十二神将たちとの戦いは終わった。しかし、それは真の敵との最終決戦の幕開けでもあった。師匠である鳴滝冬吾が、暗殺集団である拳武館の館長であることを知った龍麻。その真意を理解はするものの、動揺を隠せない。一方で悩み続ける壬生は、龍麻との決闘を願い出て…。

ふたたび戻ってきた穏やかな日々を過ごす龍麻たち。龍麻の両親が個展のために、東京に近々来訪することを聞き、皆は心待ちにする。しかしそんな日常の裏では、狂気のイベントが行われていたのだ。そのことを知らない龍麻は雪の降る中、両親が到着するのをただ待ち続ける…。

自分の両親の死という残酷な事件を知ってしまい、激しく豹変した龍麻は仲間たちの心を悲しみで引き裂いた。その龍麻自身も身体の奥底で暴れ始めた何かのために、激しい苦痛に襲われていた。仲間たちは、龍麻のために何かできないかと立ち上がる。そして、恐ろしい闇のカリスマのゲームを知るのだった…。

護るための拳という意味をより強く自覚した龍麻は、自分の両親を殺した男・龍治を引き取るために龍山の元へ向かう。その真意は京一たちですら掴む事ができず、ただ見守るしかなかった。一方、兄・竜造を殺した相手を探していた竜太は、御厨と共に17年の月日を経て、竜造の仇を討とうとしていて…。

《陰の器》として覚醒した龍冶。ついに動き出した柳生宗祟。始まる破滅への胎動。近づく蚩尤の時…。残された猶予は三時間。《宿星》の者たちはそれぞれの覚悟を胸に、古より続いてきた戦いに終止符を打ち、生きる世界を取り戻すために霊峰「富士」へと集う。そして今、最終決戦の幕が開く…。

柳生との決戦から数ヶ月が経ち、廃都と化してしまった東京で、その日その日を精一杯生きる人々。その一方で、葵たちは二週間後に迫った卒業祭の準備に勤しんでいたが、そこに龍麻の姿はなかった。そんな中、《宿星》の者たちは柳生との戦いを経て、今、新たな道を歩み出そうとしていた…。

幼い日に京一が出会った、変わった風貌の男。神夷京士浪と名乗るその男こそが京一の剣の師匠だった。歌舞伎町の用心棒とその木刀。中学時代の葵や醍醐との出会い。そして、竹刀袋の意味など、京一を軸に数々の出来事が語られる…。

拳武館との戦いから数日、龍麻たちは平和な日々を送っていた。卒業祭の演劇の稽古に大忙しな真神学園の生徒たち。そして、そこには普段に増して輝く龍麻の姿があった…。龍麻の心中が拳武編の後日談を通じて描かれる…。