2317年12月24日、超空間航行の中継基地である宇宙ステーション“ウォッチャーズ・ネスト”で、並行宇宙から侵入して来た異生命体“グール”との最終決戦が行われようとしていた。対グール防衛のための特殊精鋭部隊“セラフィム”の紅葉みさきは、人類の命運を賭けた重大な作戦任務を帯びて出撃する！

時は遡り、2317年10月12日。特殊部隊“セラフィム”候補生のみさきは、太陽系内での訓練を終え、同期のルクサンドラ、キリ、スサーナとともに、次の任地である地球から10パーセク離れた中継ステーション“ウォッチャーズ・ネスト”に向かう。そこへみさきたちが到着すると同時に、異生命体“グール”が現れ…！

みさきたちの厳しい訓練が始まった。そんな中、ウォッチャーズ・ネストのコアにある重力障壁の突破予備訓練の際、みさきの降下ポッドだけが減速しなかった。そのため、失神したままコア深部の“遺跡”に突入してしまうみさき。やがて失神から目覚めた彼女の前に、遺跡内部で沈黙していたはずのパワーローダーが迫り来る！

ウォッチャーズ・ネストに来て初めての休暇。居住エリアに繰り出したみさきたちは、楽しい休日を過ごしていた。そんな中、みさきは路上に奇怪な絵を描いている少女と出会う。時を同じくして出現するグール。量子障壁に遮られたグールは自らの鏡像“スペキュラー”を出現させた。そこはみさきと少女の居る場所だった…。

ウォッチャーズ・ネストにフリーのジャーナリスト、バーナードがやって来た。候補生たちと打ち解けるバーナード。みさきは父が昔ウォッチャーズ・ネストで事故死したことを彼に話す。しかしライアーはバーナードの挙動に不審を抱いていた。そんな折、運用訓練中のランパートキャリアにグール・スペキュラーが出現する！

候補生たちはついに敵＝グールについて正式に告知される。それに伴い、急遽代替要員が選抜された。意外にもセラフィムの代替要員に選ばれたのはスサーナだった。だが、グール・スペキュラーに襲われたショックから、スサーナは未知の敵を探知するシステムとの適合訓練で、拒絶反応を起こしてしまう。

スサーナが帰還し、ショックのため訓練にも出られない日々が続くみさき。一方、ウォッチャーズ・ネストやグールの秘密を探ろうとするバーナードは、みさきを言葉巧みに誘い、探索活動に協力させる。11年前の“ケルビムの惨劇”の謎を知れば、みさきの父が死んだ原因がわかるはずだ、と。そして、2人は移送艇を奪い…。

遭難したみさきとバーナードは救出され、みさきはコアにいた装甲兵たちが“死体兵”だと告げられる。一方、みさきを心配するキリとルクサンドラに、みさきは処罰されないこと、そして3人とも正式にセラフィムに配属されることを伝えるライアー。そんな中、ルブランは、みさきを司令部の地下施設へと連れ出して…。

激しくなる戦闘訓練で、今までにない好成績を収めるみさき。だが、以前のような明るさを取り戻せないみさきに、キリとルクサンドラも距離を置いてしまう。みさきは自身に起りつつある変化に恐怖し、真実を求めてプリムを問い詰める。そしてバーナードが地球に送った通信レポートによって、みさきは事実を知ることに…。

グールが出現し、ルクサンドラの部隊が出撃する。だが、ルブランの策謀により量子障壁の構築が不完全なため、グールの実体化を阻止できない。これまで遭遇したものとはあまりにも次元が違うグールの反撃で、ルクサンドラが所属する小隊は壊滅的な打撃を受ける。救出に向かったライアーとキリが戦闘空域へ到達するが…。

量子障壁システム復旧には1週間近くかかることがわかり、ルブランはヴェルンスに、グールに対処する代替案としてみさきを第一線に立たせることを提案する。みさきは自分の気持ちを見つめ直すため、訓練生4人で休暇を過ごした場所や、父が眠る墓地を訪れる。そこにはプリムが待っていた。

グールと戦う決意を決め、変容体として目覚めつつあるみさきはインテグラル・システムの理論的限界を超えた訓練結果を叩き出す。そんなみさきにどこか不安を感じたキリはみさきのランパートアーマーに直接コンタクトを取り、自分の疑問をぶつける。そして、出現するグール。みさきを中心とした作戦が展開される！

もはやグールを阻止するためにウォッチャーズ・ネストを放棄するしかないと決断したヴェルンスは、巨大ホールを形成して住民たちを一気に太陽系に脱出させる“オペレーション・エクソダス”を発動させる。しかし、それは完全なるグールを誘うルブランの罠でもあった。そんな時、みさきの前にグールが現れて…。