物理学者ハインツの殺害容疑で追われるエリスには、裏社会で巨額の賞金がかけられていた。女賞金稼ぎのナディは、メキシコの田舎町でエリスを見つけるが、他の賞金稼ぎからエリスを守っているうちに、なりゆきでエリスとともに南の地を目指すことになる…。

エリスとナディは壊した機材を弁償するため、ダイナーで働く羽目に。店主のフリーダはナディが賞金稼ぎであることを知ると、つれない態度を取る。いっぽう、エリスの後を追う賞金稼ぎは、二人がダイナーにいることを嗅ぎつけ…。

雨の中、山道で立ち往生してしまったエリスとナディは、近くの空き小屋に転がり込み、雨宿りをすることに。だが、二人にジープを盗まれたオカマの賞金稼ぎコンビが、二人の後を追って小屋の近くまで迫っていた…。

オカマコンビに追われ、修道院に逃げ込んだエリス＆ナディ。追い詰められた二人を救ったのは、年老いた修道院長と修道女たちだった。いっぽう情報局では、会計監査課のジョディが、密かにローゼンバーグの行動を内偵し始めて…。

ジープの修理のため、とある山間の村に立ち寄ったエリス＆ナディ。村の娘・リタは、ナディに自分を町に連れて行ってくれと頼むが、ナディは取り合わない。行商人のホセは、そんなリタにとある相談をもちかける…。

町に到着したナディは、伊達男のマリアッチであるミゲルと再会する。いきなりミゲルの顔面にパンチを見舞うナディ。少女時代、ナディはミゲルから金を騙し取られたことがあったのだ。だがミゲルはめげる様子もなく、ナディを再び酒場へ誘う。ミゲルの厚顔ぶりに呆れながらも、どこかミゲルのことが気になるナディだが…。

野宿続きのエリスとナディは、ちょっと贅沢してホテルへ泊まることに。そこで、リカルドの帰りを待つリリオと出会った二人は、妙になついてくるリリオの相手をする羽目になってしまう。そのころリカルドは、なぜかL・Aの後を追っていた…。

マフィアの抗争に殺気立つ町で、流れ弾を食らって負傷してしまうナディ。しかし、発動したエリスの能力のおかげで、無事に弾丸を摘出されたナディは難を逃れる。その様子を見ていたサンチェスは、エリスをマフィアのボス・エンリケの屋敷に連れて行き…。

追手から逃れようとするうちに、うっかり廃坑に紛れ込んでしまったエリスとナディ。そこで彼女たちは、伝説の「銀の十字架」を探し続ける奇妙な少女・イリスと出会う。イリスからガソリンと水を分けてもらったお返しとばかりにイリスの発掘を手伝をすることになった二人。だが、そんな廃坑に賞金稼ぎが現れて…。

街角でチンピラにからまれていた男・アントニオを救ったナディとエリスは、アントニオと妻のマルガリータが経営するタコス店で世話になることに。二人のラブラブっぷりに呆れながらも、暖かい眼差しを向けるナディ。だが、アントニオにはマルガリータに言えない秘密があった…。

南へ向かうエリスとナディは、ナターリアという女を魔女として崇める怪しげな村を通る羽目に。そこでナディは、ナターリアがかつて世間を騒がせた超能力少女・ナスターシャであることに気づく。いっぽう、ナターリアはエリスに不思議な能力があることを知り…。

とある町に着いたナディとエリスは、妙な扮装を身にまとった刺客たちの襲撃を受け、車を蜂の巣にされてしまった。だが、運良く改造バンを見つけて、それに乗り込む二人。その改造バンの持ち主で、妄想気味の武器オタクだった青年・オルテガは、エリスに惹かれて、二人に協力を申し出るが…。

謎の追手の猛攻を逃れて、エリスとナディはようやく目指す地にたどり着いた。しかし、そこは荒れ果てたゴーストタウン…。廃墟の真ん中にそびえる塔に、なぜか引きつけられるエリス。そこに特殊部隊の兵士たちが現れ、銃撃戦の中でエリスとナディははぐれてしまう。一人きりになったエリスの前に現れたのは…。

かつて、森と湖に囲まれた山荘に、ハインツと検体であるエリスが暮らしていた。成長とともに自我が芽生えていくエリスにとまどうハインツ。そんな彼に、ローゼンバーグは示唆を与える。やがて、エリスとハインツはお互いに研究者と検体の立場を越えた感情を抱くが、それはローゼンバーグの仕組んだ悲劇の幕開けだった…。

政界との癒着が暴かれ、失脚するローゼンバーグ。ブルーアイズは、そのあっけない幕切れに疑問を抱きながらも、エリスを回収しようとする。いっぽう、エリスの出生にまつわる真実を知ってしまったナディは、エリスにそのことを話すべきかどうか躊躇していた。そこに、リカルドとリリオが現れて…。

ブルーアイズとの契約を破棄して、自らの意思でエリスと行動をともにすることにしたナディ。だが、ブルーアイズに銀行口座を凍結されてしまい、ナディの手持ちの金が底をついてしまう。そこで、手っ取り早く現金を稼ぐため、やむなくバイトを始めるナディとエリス。だが、そんな彼女たちの前にL・Aが現れて…。

しょせん急場のバイトも身につかず、ナディは手っ取り早く賞金稼ぎで金を稼ぐことにした。そこで、賞金首のゲレーロを追うことにするナディ。だが彼女は、ローゼンバーグの失脚によってクライアントを失ったリカルドも、同じターゲットを狙っていることを知り…。

ささいな行き違いから、エリスの機嫌を損ねてしまうナディ。しっくりこない雰囲気のまま、二人は謎めいた老人がたった一人で切り盛りする宿にたどり着き、その宿で一夜を過ごすこととなった。ところが、まるでナディたちの後を追ってきたかのように、リカルドたちがその宿を訪れて…。

ひょんなことから夫婦と勘違いされたナディとリカルドは、高級レストランでのディナーを楽しむ羽目になった。いつもの軽口をたたきながらも満更でもなさそうなナディの様子がなんとなく面白くないエリス。いっぽう、エリスの回収を企むブルーアイズ一派は、ナディたちの動向を把握し、レストランを監視していて…。

警察官に言いがかりをつけられ、留置場に放り込まれてしまったナディ。そんなナディを助けようと警察署に乗り込もうとするエリスに対し、リカルドは冷静になれと説得する。しかし、警察官の背後ではL・Aが糸を引いていて…。

エリスの強行確保に踏み切れずにいたブルーアイズ。その状況を知ってブルーアイズが故意に作戦を引き延ばしているのではと疑う議長は、ナディを排除してエリスを確保するようにとブルーアイズに最後通告を与える。やむなく、ライフルを抱いてナディ狙撃をもくろむブルーアイズだが…。

謎めいた老人から魔女の村にまつわる伝説を聞き、その村がウィニャイマルカに違いないと確信したナディは、エリスとともに魔女の村へ向かうことにした。いっぽう、機が熟したことを悟ったローゼンバーグは、恋人を残して現地に旅立ち…。

エリスの発動に巻き込まれ、負傷してしまったナディ。そんな彼女に、ブルーアイズは秘められた魔女の秘密とローゼンバーグの目的を話す。過去の確執を超え、互いの真意を確かめ合うナディとブルーアイズ。だがそんな中、これ以上ナディを巻き込むことを恐れて、エリスは一人姿を消してしまい…。

ついに姿を現したローゼンバーグに、傷ついたナディでは抵抗することができなかった。そんなナディの危機を救い、ローゼンバーグを撃とうとするリカルド。だが、エリスのために真実を知りたいナディは、彼を止める。そして、その場を逃れたローゼンバーグは、L・Aにリカルドを倒すようにと命じて…。

最後の決着を二人だけでつけようと誓いあったエリスとナディは、ついにウィニャイマルカに辿り着いた。しかし、待ち構えていたローゼンバーグの罠にはまったエリスは、覚醒を始めてしまう。意識が薄れていく中、エリスがナディに頼んだこととは…。

全てが終わり、残された人々はそれぞれの生き方を見出し、新しい生活を始めていた。それぞれの旅を終えて、自分たちの居場所を見出した人々。でも、何かが足りない。それに気づいたとき、人はまた新たな世界を求めて旅立つのだった…。