舞台は近未来。続発するレイバー犯罪に対抗するために、警視庁はパトロール・レイバー隊を設立。そして、このパトレイバー隊に入った新米警官が、高校を卒業したての女の子、泉野明。彼女は、レイバーの操縦担当となり、難事件に挑むのであった!?

ニューヨーク市長を護衛する第2小隊。しかし厳重な警備をかいくぐり、テロリストの時限式ランチャーが市長を狙う。解体を任された遊馬の、イチかバチかの大バクチ＝ロングショットがはじまった！

まってましたの怪獣退治！ 東京湾に謎の巨大生物出現。マッドサイエンティスト、平田博士が生み出したモンスターがレイバーに迫る！ レイバー隊VSモンスター、決戦の時は近い!!

再訓練を命じられた野明たちが富士の隊員養成所で体験した不思議な出来事とは？ 少女の幽霊、闇の中を彷徨うレイバーの亡霊…。一体、ここで何が起きたというのか!?

冬期休暇を迎えた特車隊。しかし、庁舎の周囲には不穏な人影が…。折しも、東北縦貫道でレイバー犯罪発生！ 恐るべきクーデター計画が日本を、そして特車隊をのみ込もうとしていた。

クーデター勃発！ 甲斐の率いる反乱軍が東京の中枢を支配した。核ミサイルを武器に日本支配を謀る反乱軍に、後藤隊長率いる特車二課は奇襲作戦をしかける。日本の運命をかけた戦いのクライマックスだ！

国際レイバーショウに参考出展される軍用レイバーがテロリストに盗まれ、さらに何者かによってトレーラーごと盗まれた。犯人の目的は一体…。特車二課の面々は地元警察と捜査に乗り出すが、犯人は意外な人物だった…。