舞台は東京・新宿。《力》に目醒めた若者たち、龍麻、京一、葵、小蒔、醍醐。彼らの《力》の目醒めと時を同じくして、街では奇怪な事件が起こり始める。次々に人が殺され、その死体が検死室から消えてしまうのだ…。そして、街を護るべく、五人の魔人が立ち上がった。

桜舞う季節、真神学園に転校生 緋勇龍麻がやって来た。龍麻にただならぬ気配を感じた京一はいきなり木刀で龍麻に切り掛かる。闘いでお互いの理解を深める二人。その様子を見ていた醍醐が自分も龍麻と闘いたいと言い出して、旧校舎に行ってみると…。

カラスが人を襲う事件が多発していた。事件を解決したい気持ちはそれぞれにあるのだが、一つにまとまらない。龍麻と京一が事件を追って現場を歩き回っていると、現れた男（雨紋）が問答無用で攻撃をしてきた。雨紋も龍麻たちと同じ《力》を持つ者であった。

三ヶ月前、突然《力》に目覚めた雨紋と亮一。それから程なくして亮一が姿を消し、カラスが人を襲う事件が起こり始めた。今回の騒動が亮一と関係があるのではと思い、事件を追っていた雨紋。亮一を止めるため、雨紋と京一たちは一丸となって戦いに挑む。

龍麻たちの常人離れした戦いを目撃してしまい、アン子はショックで自室に閉じこもってしまう。心配する葵。その頃、街では謎の連続高校生昏睡事件が起きていた。その昏睡事件について一部の高校生たちの間で、噂が囁かれていた…あいつの呪いだと。

昏睡状態となった葵を助けようと、アン子は情報をかき集め、事件について調べ始める。都内で連続する謎の高校生昏睡事件、被害者はすべて中学時代に嵯峨野という少年を虐めていた元同級生であった。しかしなぜ、葵が？ 京一たちが嵯峨野の部屋へ踏み込むと…。

《鬼道衆》に襲われ、深手を負った如月。幼い日、葵を護り、東京を護る事を使命と知った、あの頃を思い出す。祠へと向かう途中、如月は葵を切なく見つめる。葵の命を必ず護ると誓いを立てる如月。祠では九角と《鬼道衆》が龍麻たちを待ち構えていた。

心新たに戦う決意をする龍麻たち。人気のない場所で《力》を鍛えるべく訓練を始めたりと、五人は少しずつまとまりつつあった。そんな折、街で多発する怪奇事件の中で目を引くものがあった。運動部員が次々と蜂に襲われ、右腕を引きちぎられるというのだ。

先の一件以来、小蒔は弓が引けなくなってしまった。皆と共に戦えない己自身に苛立ち、悔しさに涙する。そんな小蒔を救う事ができない醍醐。そして葵は自分の無力さを痛感し、苦しんでいた。それぞれの想いは錯綜し、やがて宿命の渦にのまれて行く。

龍麻と美少女のデート現場がアン子にスクープされる。彼女はカラス襲撃事件で両親を失った被害者であったが…。一方、己の《力》の正体を知り悲しみにくれる葵は九角の手中に堕ちてしまう。すべての事件は《菩薩眼》を覚醒させるための殺戮であった。

龍麻は九角の罠に掛かってしまった。うなだれ謝る紗夜に龍麻は分かっていたと告げ、九角と対峙する。その頃、行方知れずとなった葵を追っていた如月、小蒔、醍醐は劣勢極まる戦いを強いられていた。《鬼道衆》と、《菩薩眼》を発動させた葵を相手に追いつめられるが…。

九角との戦いで傷ついた龍麻は京一によって助けられ、桜ヶ丘中央病院へ運ばれた。皆の前で、《菩薩眼》である葵を殺そうとした事を告白した如月に、小蒔は激昂する。龍山の口から語られるかつての九角家と江戸幕府の戦い、そして《菩薩眼》の宿命とは…。

嵯峨野の協力を得て、九角復興の儀式の場へ踏み込んだ龍麻たち。《鬼道衆》との戦いの最中、葵の刀を受けた龍麻は血を流しながらも葵に語りかける。必ず護ってみせるから、と…。すると突如として消えて行く八握剣の光、静まり返る街。葵が正気を取り戻した…。

等々力渓谷での戦いから二週間後。すっかり平穏な学生生活を送る龍麻たち。進路について悩んでたりと普通の学生として過ごしていた。戦いも終わり、皆それぞれの生活に戻って行くように思われた。しかし、死んだはずの九角が再び龍麻たちの前に現れ…。