鑑定士のアインは、今日もパーティ仲間に冷遇されながらダンジョンを探索している。そんな中ヘル・ハウンドという強い魔物の群れに遭遇してしまう。仲間に裏切られ、囮にされて絶体絶命になるアイン！

ヘル・ハウンドの群れに襲われて奈落へ落ちたアインを助けてくれたのは、世界樹の精霊であるユーリとその守り手であるウルスラだった。ユーリは、「アインに力を貸して欲しい」とウルスラに頼む。

ユーリから『精霊の義眼』をもらい、ウルスラの特訓を経て強くなったアイン。地上を目指す彼にユーリは同行を望む。その後両目を更に強化されていざ出発となる時、アインはユーリにあることを問いかけるのだった。

地上に生還しユーリの姉妹を探すアインは、銀鳳商会のジャスパーが教えてくれたダンジョンへ。そこには数々のトラップで待ち構える人物がいた。そしてダンジョンにはかつての仲間・ゾイドの姿もあって!?

ピナと黒姫が仲間に加わった。そんな中アインは冒険者ギルドを訪ねるが、鑑定士を見下す周囲の空気に辟易する。しかしマスターのミーガンはアインをジョブだけで判断せず、後日SSランクの魔物討伐を彼に依頼する。

世間の評価が上がるアインは、ベヒーモス戦を経て自身の境遇を振り返り悩み始める。一方ゾイドの前に現れた謎の女は、彼の心情を巧みに利用する。ユーリとピナの前に突如現れる魔物。その正体はなんとゾイドだった！

謎の女・エキドナは、魔族にアインの殺害を依頼する。ユーリの姉妹を捜すアインは、新たな情報を求めて王城の禁書庫へ。王と司書に認められた者しか入ることのできない禁書庫で、アインはひとりの少女と出会う。

ミーガンの依頼で、ニグンという貴族が治めるレーシック領の魔族退治を引き受けたアイン。早速領地を訪れた一行は、疲れ切った姿の領民達が、生贄として幼い少女を魔物に差し出す現場に居合わせるのだった。

満身創痍になりながらも魔物の大群に挑むアインの姿を見て、領民達は奮い立つ。一方、歪んだ形で領民を守ろうとする若き領主ニグンは、鏡の中の『友達』の言葉を信じ、アインこそが魔族だと言い放つのだった。

魔族シャドウの下衆な企みで絶望したニグンは体を乗っ取られてしまう。アインは領民を守りながら魔族と対峙するため劣勢を強いられる。それでもあがくアインと、心の闇に堕ちたニグン。その後二人が取った行動は…!?

エキドナは、五貴族筆頭魔族のイオアナにアイン討伐をけしかける。一方、アイン達の前にユーリの二番目の姉・クルシュが現れた。末妹メイの世界樹が魔族に狙われているらしい。早速救出に向かうアイン達だが!?

メイは幼く、アインを見て大泣きしてしまう。精霊姉妹が再会を喜ぶ中、アインはユーリ達との出会いに思いを馳せる。自身も前向きに変わる事ができたと感謝し、今後も皆を守り抜きたいと、ウルスラに決意を伝える。