命懸けのデュエルの果てにクリスタから「クリスタルカード」を託されたウィンは、カードに秘められた謎を調べるため、ニイカと共にとあるカードショップへと向かうことに。一方その頃、都内では「人々の心臓が抜かれる」という怪事件が起こり始める。事件の裏には「黒き死神」と呼ばれる男――黒城凶死郎の姿があった。

父の残したメモをもとに「黒き死神」黒城凶死郎について独自に調査をしていた九十九矢ワユミ。ウィンとニイカもまた、病院から姿を消した宮井を探しクリーチャーたちが暴れる世界へと向かう。そこには正気を失いウィンのクリスタルカードを狙おうとする宮井の姿が。襲われる二人の前に、ついに黒城凶死郎が現れる。

ウィンのクリスタルカードをオークションサイトに出品したのは、パートナーの葉山メグルではないかと疑い始めたワユミは、彼が経営するカードショップで怪しげな隠し扉を見つける。一方、黒城との戦闘の影響で右腕が動かなくなり入院しているウィン。見舞いに来たニイカの帰路を心配していると、意外な人物からの連絡が入る。

イミッシュ・イツァヤナの中に取り込まれてしまったニイカと黒城。イミッシュは黒城の膨大な闇のマナを奪うため、彼の中にある絶望の記憶を映し出す。一方、メグルとの命を懸けたデュエルに挑むウィンは、黒城のマナを吸い取り強化されていくイミッシュを前に苦戦を強いられていた。