放送部に所属する高校生、遠藤碧人と小林詩帆乃は、困惑していた。実況と解説を付けながらプレイしていた乙女ゲーム『マジカルに恋して』のメイン攻略キャラ・ジークヴァルトに、自分たちの“声”が聞こえていたから。「神々よ！ エンドー様、と、コバヤシ様...とおっしゃるのでしょうか？」 リアルとゲーム世界が交差する、ファンタジー・ラブストーリー開幕。

乙女ゲーム『まじこい』登場キャラ・ジークヴァルトに突然“声”を届けられるようになった遠藤くんと小林さん。自分たちを“神”と崇めるジークヴァルトと協力し、悲惨な運命を辿るリーゼロッテを救うため、今日も実況と解説付きで『まじこい』をプレイ。まずは、ツンデレなリーゼロッテの心の内を読み解く術を、ジークヴァルトに伝え始める。

『まじこい』のゲーム実況に励むと共に、高校野球をテレビ観戦していた遠藤くんと小林さん。遠藤くんには怪我で野球の道を諦めた過去があった。小林さんの言葉をきっかけに勇気をもらった遠藤くんは、改めてリーゼロッテたちの“最高を超えた最高のハッピーエンド”を目指して奮起。一方ゲーム内では今日もリーゼロッテのツンデレが炸裂し、そんな彼女にジークヴァルトだけでなくフィーネまで魅了されつつあった。

フィーネとバルドゥールの関係性に変化が生まれる中、学園は夏休みに突入。リーゼロッテは、ジークヴァルトのアシストによって、実家であるリーフェンシュタール領にフィーネを招き入れることに成功する。一層友情を深めるリーゼロッテとフィーネだったが、その一方、視察で各地を巡らなければならないジークヴァルトは、リーゼロッテと会えない日々が続き…。

リーゼロッテの実家であるリーフェンシュタール領に、激しい爆発音が鳴り響いた。リーフェンシュタール侯爵らが取り押さえた不審者の正体は、フィーネの母エリーザベトだった。彼女の襲来によって明らかになったのは、リーゼロッテとフィーネがいとこ同士だという驚きの真実。ゲームのどのシナリオとも違う形での種明かしに遠藤くんと小林さんも画面に釘付けになる中、エリーザベトがフィーネ出生の秘密を語り始める。

現実世界では、遠藤くんと小林さんのデートがようやく実現。『まじこい』内ではツンデレなリーゼロッテの本心を十分に理解したジークヴァルトが、彼女のかわいらしさに日々悶えていた。さらにバルドゥールがフィーネへ熱い恋心を告白するなど、3組の関係が大きく動き始める。そんな中、フィーネがふいに覚醒。遠藤くんと小林さんの“声”がフィーネにも届くようになる。

リーゼロッテは“古の魔女”の悪夢に悩まされ、精神的に追い込まれていた。ついにはジークヴァルトを避けるようにまでなってしまうが、そんな彼女の様子を見たジークヴァルトはリーゼロッテへの想いを確かなものにしていた。一方、恋する2人を目にして悶絶する遠藤くんと小林さんは、誰一人も死なせずに、“古の魔女”を倒す方法を本格的に相談。ジークヴァルトとフィーネに、最高の戦力を集めるよう“神託”を授ける。

フィーネのために“古の魔女”を倒すと約束したバルドゥールをはじめ、リーゼロッテを守るための戦力が揃いつつあった。あと必要なのは、攻略の難しい『まじこい』の年上キャラ、レオンの助け。昔、レオンから師匠として慕われていたエリーザベトが説得に向かうが、彼はエリーザベトへの憧れを告白しつつも、ある葛藤を抱えていた。神々である遠藤くんと小林さんでさえ知らぬところで明かされる想いとは――？

“古の魔女”への怒りとジークヴァルトへの愛をメラメラと燃やし、自らも戦うために立ち上がる決意をしたリーゼロッテ。想いが通じ合ったジークヴァルトとリーゼロッテの姿を見て遠藤くんと小林さんも大歓喜するが、現実の世界では、放送部として文化祭の準備にも追われる日々。遠藤くんは、小林さんから男として意識されていないのではと周囲に不安を吐露する。

感謝祭当日、つまり“古の魔女”との決戦の日がやって来た。華やかな感謝祭の場に、ジークヴァルトのお印であるレナの花を髪に飾って現れたリーゼロッテ。ジークヴァルトだけでなく、遠藤くんと小林さんも、一際美しいリーゼロッテにうっとり。舞踏会ではバルドゥールとフィーネが永遠の愛を誓い合うなど、それぞれが束の間の甘い世界を味わいながらも、刻一刻と“古の魔女”との対決が近づいていた。

ついに“古の魔女”が姿を現し、瘴気がリーゼロッテを飲み込もうとしていた。自分を置いて逃げるよう必死に訴えるリーゼロッテ。ジークヴァルトは「心優しくツンデレで、この世で一番愛おしい君！」と叫び、遠藤くんと小林さん、そして仲間たちも懸命に彼女への想いを伝える！ 愛の力で古の魔女を撃退することはできるのか――。そして明かされる古の魔女の正体とは……!?

ジークヴァルトからリーゼロッテへのプロポーズが成功。遠藤くんと小林さんの喜びも束の間、小林さんの姉・千夜乃が誘拐されてしまう。その犯人は、人間の女性エーファへの愛をこじらせた神、クオンだった。夫の強行をなんとか止めようとする女神リレナだったが、クオンはあらゆる手を使って遠藤くんと小林さんをピンチに陥れる。リアルとゲームがつながった今、それぞれの恋と戦いの結末とは――？