小惑星に建造されたフロント、フォールクヴァング。ヴァナディース機関のラボでは、ガンダム・ルブリスの稼働実験が行われていた。評議会から課された条件をクリア出来ないままのルブリスに、焦燥感を募らせるテストパイロット、エルノラ・サマヤ。――その日は、彼女の娘が4歳を迎える誕生日だった。

宇宙産業の大手ベネリットグループが経営する、アスティカシア高等専門学園。水星からの編入生スレッタ・マーキュリーは、学園での新生活に胸を躍らせていた。だが到着間近、彼女は宇宙を漂う一つの影を発見する。

グエルとの決闘に勝利したスレッタ。しかし彼女のモビルスーツ、エアリアルには、禁止された魔女の技術、GUNDフォーマットを使用している嫌疑がかけられる。一方ミオリネは、父デリングにより退学の危機に直面していた。

決闘の再試合を強いられるスレッタ。エアリアルの廃棄処分を取り消すため、ミオリネの退学を回避するため、二人は協力関係を結ぶ。一方、対戦相手のグエルにとっても、この決闘は絶対に負けられない戦いだった。

グエルからスレッタへの、突然のプロポーズ。困惑したスレッタはパニックになり、その場から逃げ出してしまう。皆がグエルの行動に驚く中、地球寮の生徒の一人チュチュは冷ややかな視線を送っていた。

ペイル・テクノロジーズがエランを利用して、エアリアルの秘密に迫ろうと画策する。何故か自分に優しく接するエランのことが、スレッタは気になっていた。そんな中スレッタはある日、エランから外出の誘いを受ける。

エランとの決闘を承諾したスレッタ。エランの豹変した態度に、彼女は戸惑いを隠せない。決闘の場所はフロント外宙域。推進ユニットを持たないエアリアルは、機体の増強を余儀なくされる。

エランと連絡が取れないまま茫然と日々を過ごすスレッタのもとに、ベネリットグループからインキュベーションパーティーの招待状が届く。ミオリネは行く必要なしと冷たくあしらうが、スレッタはエランとの再会を期待して……。

急遽始動した、株式会社ガンダム。社長となったミオリネは、地球寮のメンバーを社員として巻き込んでいく。だが、突貫で作られたため、事業内容は決まっていなかった。ミオリネはガンダムの呪いを解くきっかけを求めて、プロスぺラを訪ねる。

シャディクの策略により、株式会社ガンダムの起業は暗礁に乗り上げた。ミオリネは会社の命運を懸けて、彼に決闘を申し込む。決闘の条件は6対6の集団戦。しかし、地球寮にはモビルスーツもパイロットも足りず……。

シャディクとの決闘から二ヶ月。少しずつ軌道に乗り出した株式会社ガンダム。事業と学業を両立しながら、スレッタは充実した日々を送っていた。一方ミオリネは、多忙な社長業に邁進する中、フェンと思いがけない再会を果たす。

改修中のエアリアルを引き取るため、学園を出航する地球寮の一同。目的地は、ベネリットグループの巨大開発施設プラント・クエタ。だがスレッタは、ミオリネとのすれ違いにまだ思い悩んだままで……。

プラント・クエタを襲う、二機のガンダム。スレッタと分断されてしまったミオリネは、合流を目指し施設内を駆ける。一方、スレッタはミオリネを救うため、前へと歩みを進める。