21世紀半ば、日本は4つの経済圏によって分割統治された。隷属国となった日本に生まれた少年・椎葉アモウは、鬱屈した毎日を過ごす中で、ある日、草むらに捨てられていた自律思考型AI『ガイ』と出会う。

オセアニア軍の襲撃を振り切ったアモウは、ガイ・ケンブとともに逃亡の日々を送っていた。慣れない毎日にアモウの疲労は溜まっていく。空腹に耐えかねたある日、アモウは山の中で小さな畑を見つけて……。

アジア軍に襲われたアモウ達の危機を救ったのは、見たことのないAMAIMだった。その戦闘力は凄まじく、たちまちアジア軍の無人機部隊を倒す。そしてアモウ達の元に謎のAMAIMからデータが送られてきて……。

『八咫烏』のキャンプ地を襲う正体不明の黒いAMAIM。突然の事態に逃げ惑う隊員達。訳もわからず反応できなかったアモウの横で、ガシンが黒いAMAIMを睨みつけて呟く。「あいつは、あの機体は……！」

リサの故郷にやって来たアモウとガイ。そこでリサの旧友たちに迎え入れられたアモウは、彼らの優しさに触れ、心に温かいものを感じる。しかし、その街でもアジア軍による日本人への理不尽な抑圧が行われていた。

ケンブ、ジョウガンの修理パーツを受け取るため、アジア自由貿易協商圏の街に来たアモウとガシン。その最中、街に攻撃を仕掛けてくるオセアニア軍。住民を避難所へと誘導するアジア軍だったが、多くの日本人が逃げ遅れてしまい……。

3人目のパイロット、シオンと合流を果たしたアモウたち。シオンのパートナーAI、ナユタを含めた3人と3AIで賑々しくも新本部を目指していく。その頃、北米同盟軍のブラッドは特命を受けてゴーストを追っていた。

八咫烏の本部から遠くない場所に、戦禍を逃れた日本人家族がやって来た。しかし彼らの住む場所は水も電気も通っていない廃村。アモウたち八咫烏のメンバーは、彼ら大家族の生活環境を整えるために活動を開始する。

アモウたちと買い出しに来ていたガシンは、そこで兄同然に育った末永ユウセイと再会する。八咫烏を離れたユウセイは日本人ための自治区を作り、その運営を行っていた。ユウセイの姿を嬉しく思うガシンだったが……。

ジェルマンの依頼を受け、アモウ達は東北で活動しているレジスタンス組織の救援に向かうことになった。その船上、末永のことがあってガシンの表情は晴れない。そんな彼らを、アレクセイ・ゼレノイ少佐が待ち受ける。

接触してきたジェルマンから、ブラッド達はゴーストの潜伏先を知る。警戒しつつも真偽のほどを情報局に確認させるブラッド。一方で宇堂達は、日本海側のアジア軍の動きが、これまでとは異なることを察知していた。

ゴーストは隠岐の島にいる――その情報を手にした宇堂達は、調査の末、アジア軍がゴーストと戦闘し撤退したこと、日本人達が島に取り残されていることを知る。彼らはゴースト討伐と日本人救出のため準備を進める。

ケンブ達3機がかりでもゴーストを倒しきれなかった。しかも時間が経つにつれ、ゴーストはケンブ達との戦い方を学習し、猛烈にこちらを攻め立ててくる。アモウたちは熊井たちの協力を得て、逆転のための作戦を練る。

隠岐の島での戦いから8ヶ月が経った。北米軍は自律思考型AI搭載機を実戦投入、その支配領域を拡大させ、治安維持の名のもと日本人への弾圧を強めていた。ガシン達は戦っていた。「知らない誰かを守るために」と。

突如現われた未確認のAMAIM、それに乗っていたのはアモウとガイだった。再会を喜ぶシオンや熊井たち。しかしアモウは、どこかよそよそしく多くを語ろうとしなかった。そんな彼らに部隊を補充した北米軍が迫る。

ユーラシア圏と北米圏が接触する境界線の一角、そこで北米軍を押し返しているユーラシア軍部隊があった。アレクセイ・ゼレノイ率いる部隊だ。味方の窮地を救うため出撃していくブラッドたち。開発中の新型機を携えて。

ガシン達に問われ、彼らの気持ちを察して8ヶ月間の出来事を話し始めるアモウ。アモウはミスズが代表を務めるAI開発機関の予備施設にいた。束の間、平和な時を過ごすアモウ。しかし、そんな彼らに悲劇が襲いかかる。

ユウセイからの救援要請を受けて東北の地を訪れたアモウたち。そこには親日家のユーラシア軍人が作った日本人保護区があった。だが、北米圏拡大によって前線と接触。アモウたちは保護区を守るため北米軍を迎え撃つ。

『八咫烏』一同に新たな任務が下りる。だがそれはガイ、ケイ、ナユタに決して知られてはいけない特別な任務だった。アモウたちの様子に気づいたガイたちは、様々な手段を駆使して、その秘密を暴こうと奔走するが――。

勢いを増す北米軍に対抗するため、大ユーラシア連邦、アジア自由貿易協商、オセアニア連合が協力体制を築いた。彼らは北陸地区を解放し、「日本の中に新しい日本を作る」という提案を元に『八咫烏』へ参加を打診する。

新日本協力機構の最初の仕事は北米同盟との交渉だった。その予備会談のゲストとして東京に足を踏み入れるアモウ。しかし会談が行われる直前、北米同盟側の代表である政治家が何者かによって狙撃されてしまう。

軟禁されていたアモウとアレクセイはブラッドの手引きによって脱出を果たした。2人はきな臭さを感じつつも、一路、北陸を目指す。宇堂達は２人を救出するため、北米軍は捕縛するため、それぞれに部隊を差し向ける。

新日本協力機構軍との交戦を経て、北米軍は北陸への大攻勢作戦へと舵を切った。極東方面軍総司令官も日本に到着する。アモウたち新日本協力機構は馬﨑を失った傷を癒やす間もなく、次なる戦いへの準備を急ぐ。

ついに新日本協力機構軍と北米軍の戦闘が開始される。戦力はわずかに北米軍の方が上。その不利を覆すように各所で善戦を繰り広げるガシンたち。だがアモウの乗るケンブ斬の前にブラッド操るゴースト搭載機が現われる。

機体損傷が酷く、ガイもダメージを負ったケンブ斬。戦況も新日本協力機構軍劣勢に大きく傾いている。しかし絶体絶命のアモウの周りに3体のI-LeSが集まり、いま全員の力をケンブ斬に宿らせ、強大な敵に立ち向かう。