怪伐軍入隊の日を迎えたユイトとナギは、互いに士気を高め合う。 一方、カサネは頻繁にみる奇妙な夢を気にかけていた。 入隊早々、町には怪異が出現し、幼い少女が絶体絶命の危機に晒される。ユイトは待機を命じられるが……。

キョウカ隊とセト隊は、新人歓迎合同訓練を行う。そこで突如ユイトはカサネに集中攻撃される。訓練が終わったのも束の間、出撃命令が下される。向かった先で、ナオミは超脳力により、カサネに迫る危機を予知する――。

任務遂行中、胸を撃たれたナオミに異変が生じる。動揺のおさまらないユイトやカサネ達だったが、息つく間もなく次の出撃命令が下される。しかし現場に向かった一同を出迎えたのは、意外なものだった。

理由も分からないまま、同胞と戦うことを余儀なくされたユイト達。その最中、ナギが奇妙な言動を見せる。ユイトとカサネは、突如現れた異空間に吸い込まれ、異様な光景を目の当たりにする。

スオウの街はサイネットがダウンし、怪異が暴れまわり、混沌とした様相を呈している。ことの首謀者であるカレンは、ニューヒムカ国民に対し自らの行動の理由を語る。命令を受けて評議会議長である父・ジョウの警護へ向かったユイトは、そこで最悪の事態に巻き込まれる。

カサネたちキョウカ隊のメンバーは、荒廃したクナド高速輸送道路で目を覚ました。しかし、なにか様子がおかしい。カサネはそこで、ある人物から、これまでに起こった事の謎を解き明かす驚きの事実を告げられる。

体調に異常を感じたユイトは、怪伐軍病院へ行く。そこには、行方をくらませていたナギの姿があった。ナギを追って一同は怪伐軍病院の旧館に向かう。そこはユイトとともゆかりのある場所だった。

一緒に来るようにナギへ説得を試みるユイト。しかしその時、予期せぬ事態が起こる。ユイトがフブキから旧怪伐軍病院の秘密を知らされる一方で、カサネはナオミに会うため、特異生命研究施設へ向かう。

怪伐軍の離脱兵を捜索する任務を与えられたユイト隊。その中で、一同は特異生命研究施設にたどり着く。カサネと邂逅するユイトだったが、二人の立場は大きく違っていた。

ユイト達はナギの記憶データを手に入れるため、再び旧怪伐軍病院へ向かう。一方カサネは、ユイトとクナドゲートの関連性が科学的に示されたことを受け、改めて50年後のユイトの言葉が事実であることを思い知る。進むべき道に迷うカサネ。そんな時、キョウカから一つの提案がなされる。

旧怪伐軍病院の秘密を知ったために、反逆者として追われる立場になったユイト。一方、ナオミを救う手立てを見つけるための道を探るカサネ。異なる場所にいながら、両者はともに月を信仰する宗教自治区・トゲツへ向かうべきか思い悩んでいた。果たして、トゲツはふたりに何をもたらすのか――

トゲツにて、ユイト隊はニューヒムカの成り立ちやクナドゲートに関する、衝撃的な情報を知る。にわかには信じがたい話に戸惑う一同。一方、カサネは朦朧とした意識のなかで、自らのルーツを思い出す。同時に、幼いころ母親のように慕っていた人物に関する記憶もよみがえる。

トゲツのメインコンピュータ・ベイブに脳を乗っ取られそうになるユイト隊。強力な追っ手にあい、戦いを余儀なくされるカサネ隊。両者は久しぶりの再会を果たし、互いに知り得たことを共有する。しかし事実を信じきれないでいる一同に、カゲロウが意外な言葉を投げかける。

カゲロウの口から、断絶の帯や怪異の正体、レッドストリングスが生み出された理由などが語られる。トゲツの企みを止めなくてはいけないと悟り、ユイトとカサネはようやく目的を同じくする。

トゲツの企みを止めるべく、スオウへ戻ったユイト隊。しかしスオウでは、ナギがユイトを待ち受けていた。戦いを経て、一同はカイトと対峙し、二千年前からのスメラギ家の使命について知ることとなる。

スメラギ家の使命を達成するためなら国民の命を犠牲にすることも厭わないと言うカイト。ユイトたちはその映像データを公表するため、アラハバキへ向かう。一方、カサネたちは人間由来怪異を兵器利用しようとする怪伐軍と対峙していた。そこに意外な第三勢力が現れ、三つ巴の戦いに発展する。

アリスの身に起こったことを知ったカレンは、レッドストリングスを奪うため、ユイトの元へ向かう。ユイト隊全員で応戦するも、カレンは圧倒的な力を見せる。一方、カイトの謀略は市民に知れ渡り、スオウ京は混沌とした様相を呈し始めていた。

アリスを救うため、カレンがレッドストリングスを発動したと知ったフブキは、ユイト達にカレンとの過去を語り始める。それはフブキ、カレン、アリスの温かい思い出であり、繰り返される悲劇の序章でもあった。

ジョウを殺したのは自分であると告白するカゲロウ。それを聞いたユイトとの戦いの中で、カゲロウはジョウ最期の本当の顛末と、自らにとってかけがえのない存在について語る。その後、ユイトたちはトゲツの企てを止めるため、ベイブに侵入する。そこで現れた人物に、ユイトとカサネは瞠目する。

ベイブ最深部にたどり着いた一同。しかしベイブからクナドゲートについての情報を引き出すことは叶わなかった。ユイトが死亡する以外の、クナドゲートを消滅させる方法を求めて、カサネはある人物の元へ時間跳躍する。

ユイトとカサネは、ワカナから次元のもつれを解き、クナドゲートを消滅させる方法を教わる。しかしそれには大きな犠牲がともなうことを、二人は知る由もなかった。

最後の次元のもつれを解くため、ユイトはカイトと会う。ヤクモの宿願のためにユイトの脳を奪おうとするカイトに対し、ユイトは偽りのない胸の内を語る。ユイトの言葉は、カイトに届くのか。

ユイト達は最後の次元のもつれを解くため、カレンが眠っていると思われるスメラギ陵へ向かう。そこに広がっていたのは、世にも異様な空間だった。そして現れる仮面の男。彼はカレンなのか、ヤクモなのか。

アリスを救う。その一念に支配されているカレンは、レッドストリングス脳力を手に入れるため、ユイトとカサネに襲い掛かる。最強の超脳力者であるカレンと、最後の戦いが始まる！

ユイト達は、最後のもつれを解くと同時に、断絶の帯をも消し去ろうと試みる。しかしそれには、自らの脳とアラハバキを繋ぐ必要があった。皆に希望を託されたユイト達は、激しい苦痛に襲われながらも世界の運命に抗い続ける。

クナドゲートと断絶の帯が消滅し、幾ばくかの時が過ぎた。ユイトとカサネは、それぞれ異なる道を歩もうとする。自らが切り開くべき未来に、心躍らせながら。