都会から遠く離れたコンロン村で暮らす少年ロイド。村では一番弱いけれど物語で憧れた英雄のようになりたい彼はアザミ王国士官学校の入学試験を受けに王都へとやってきた。まずは村長の知り合いであるイーストサイドの魔女・マリーのもとを訪れ身の上話をするが、自信のなさとは裏腹に彼の語る話はどれも常識離れなものばかりで……。

士官学校入学試験に落ちてしまったロイド。ひどく落ち込んだものの、来年もう一度試験を受けることを決意し、アルバイト募集で見つけた「クロムの食堂」へと向かうのであった。だが、ロイドが落ちるわけがないと考えていたセレン、リホ、メルトファンはロイドの試験解答を確かめる。そこで彼の異様な実力を改めて知った彼らはロイドの捜索を開始する。

ロイドとアランの決闘を直前で止めたマリー。それをきっかけにマリーとクロム、かつての主従は再会した。アザミ国王を操り隣国ジオウへの宣戦布告をもくろむ黒幕を止めるため二人は活動を開始する。一方、セレンとリホは王女探しの情報を求め、情報屋として知られる魔女・マリーの店を訪れるが、二人を出迎えたのはもう一人の探し人ロイドだった……。

王を操っていた正体が“魔王アバドン”だったことを知って固まるマリー。だが直後にこの事態を解決するチャンスに気づく。しかしそのとき、アバドンによってモンスター化されたメルトファンにセレンたちは追い詰められ、街はイナゴモンスターで溢れかえり、楽しい建国祭は惨状に変わる。この絶体絶命の窮地にロイドは勇気を振り絞ってついに動き出す。

魔王アバドンの脅威も去り、ロイドも晴れて士官学校に通えるようになった。ロクジョウ魔術学園との交流試合に向けて、魔術を磨く士官候補生だが、そこへロクジョウの学園長であるロールが現れる。彼女とは旧知の仲のリホだが久々の再会なのになぜか浮かない顔をする。そんなリホを気に掛けたロイドは、マリーの助言で彼女をデートに誘うのであった。

ロクジョウとの交流試合、勝者には副賞として聖剣が与えられると知って、ロールは自らが試合に出場することを宣言する。コリンは向こうのルール違反に対抗し禁じ手にしていたロイドの出場を決断。そしてある事情で負けられないリホはコリンに回復魔法を教えて欲しいと志願するのであった。それぞれの因縁が交差し交流試合がついに幕を開ける……。

地方貴族から人気を集める、街道外れの高級ホテル「レイヨウカク」。しかし、近頃は人手が足りずに困っていた。そんな中クロムの紹介で連休中、ロイドはレイヨウカクへとアルバイトに行くことに。そこでオーナーから最近ホテルの周りで謎の昏睡事件が起きていることを知らされる。さらにホテルには事件の真相を調べる貴族も訪れていて……。

高級ホテル「レイヨウカク」の周りで起こっている昏睡事件を巡って、支配人のコバ、地方貴族のスレオニン、セレンの父はお互いを疑いつつも調査を続けていた。一方でホテルマンとして事件を止めたいロイドはリホとセレンと共に調査を始める。そこへロイドが心配なマリーとアルカ、トレントの違法栽培を調べるキノン姉妹までホテルを訪れ……。

アザミ王国の近郊のダンジョンに大蛇が出現し、国王直々の依頼で候補生たちは大蛇を討伐しに行くことに。ダンジョンへの苦手意識があるロイドも修業の一環として仲間と共に討伐へ。同時にアルカとマリーも大蛇を狙うソウとショウマを追ってダンジョンへ向かったが、そこには怪しげな薬を服用したミコナがロイドへの復讐の炎を燃やしていて……。

コンロンの守護獣ヴリトラを復活させるために、ロイドの故郷である最果ての『ラストダンジョン』前に存在する伝説の村「コンロン」へ出発する一同。途中でドワーフの王ユーグと合流し、ついに村へ到着するがそこで目にしたのは、あまりに規格外な住人の生活っぷりで……。その裏ではアザミ王国は敵国であるジオウ帝国との御前試合の準備に追われていた。

ヴリトラの不安定な姿が続くと、アルカの力は制御不能となり、さらにラストダンジョンの奥に眠る魔王たちの封印も解かれかねない。そんな事態を防ぐため、ロイドたちはラストダンジョンへと向かい、どうにかヴリトラの復活の儀式を終える。ヴリトラの完全復活までアルカの力が封じられる中、ユーグはアザミ王国で行われる御前試合に興味を示す。

ついにアザミとジオウの友好を祝した御前試合が執り行われる。だがその矢先、ジオウの王を名乗るソウがアザミ王に世界を掌握するため同盟を組まないかと申し出た。断るアザミ王だがユーグがモンスターをスタジアム中に放ち、観客全員が人質に。この事態を止めようとリホたちは奮闘するが、ソウとショウマには同盟とは別の目的があるようで……。