水文明の使者キャップと超GRゾーンをめぐり、ジョーの新たな物語が幕を開ける。闇文明に浸食される水文明を救う術を求めキャップ。ジョーカーズを生み出すジョーに可能性を感じたキャップは水文明救出の手助けを求めるのだった。

ある日、遊園地のような建物を発見したジョーとキャップ。中に入ってみるとそこは、謎の研究に没頭している10人の科学者たちが集う研究所だったのだ…

突然発生した自然文明の水不足問題。火文明が原因だと疑われたボルツは原因を突き止めるため水源を探る事に。そこで水を塞き止める謎の栓を発見したボルツは栓を引き抜くだが…

自分を人間だと思い込むデュエルウォーリアのルブブ。観光客だと言い張るルブブに対しジョーはルブブの頭が機械で出来ている事を伝えるが、混乱したルブブは巨大化し町を襲いだすのだった…

街で川守田ハカセを発見したジョーとキラ。なぜかももちゃんの事を覚えている川守田ハカセに理由を聞くため2人は後を追う事に。しかし、そこで明らかになったのは驚きの研究内容だった…

ひょんな事からお見合いパーティーに興味を持ったジョー。しかし、お見合いパーティーが何なのかわからないジョーは新たなジョーカーズ「パッパラパーリ騎士」を生み出し独自のパーティーを催すのだった！

ラーメン地獄村にあるという「禁断のラーメン」を求め、ジョーたちは村へと旅立つのだった。そこはかつての人気ラーメンパーク跡地だった。果たしてジョーは禁断のラーメンを食べる事が出来るのか!?

消えたジョーを探す為、犯人らしき金田一ハカセとデュエマで対決するキャップ。果たしてキャップはデュエマに勝利しジョーを見つけだせるのか!? そして「禁断のラーメン」とはいったい何なのか…

力子先生の代わりとしてジョーのクラスにやってきたのは、なんとカバまろだった。言葉を喋れないカバまろに対し荒れる生徒たちだったが、ある事をきっかけに生徒が次々とカバ化していくのであった…

水文明で遊んでいたジョーとキャップは、傷だらけで倒れている水文明クリーチャーを見つけるのだった。それが闇文明の侵略者によってつけられた傷だと知ったキャップは、状況を分析するため水文明中枢部へと向かうのだが…

ギャップの思惑により、ゼーロとの真のデュエルに挑むジョー。闇の強大な力を前に劣勢のジョーは切札のジョラゴンを引き当て反撃の一手を繰り出すのだった！

ある日、ジョーの通う学校で生徒が行方不明となる事件が発生。なんと、事件の原因はジョーが蹴り倒した石碑に封印されていた大妖怪が引き起こしたものだった。みんなを助ける為、ジョーの大妖怪退治が幕を開ける!!

突然始まったジョーと神楽坂ハカセのデュエマ。しかし、途中で相手が消えたり、パンツをドローしたりとグダグダのまま進むデュエル。果たしてこのおかしなデュエルの原因とはいったい…

ゼーロを封じ込めるバリアの材料となる魚クリーチャーを集める為、急遽水文明で開かれた文明対抗釣り選手権！ ジョー、キャップ、ボルツによる激しい釣りバトルが勃発する!!

とある地下デュエマ場にて、史上最強の『デュエキング』の称号を賭けたデュエマグランプリの幕が開ける。歴戦のデュリストらが激闘を繰り広げる中、決勝に勝ち進んだのは現・主人公の切札ジョーと、かつて侵略と禁断のカリスマと謳われたあの男だった!!

釣り選手権で優勝賞品としてゲットしたお城を改造すべくボルツ達は水文明に行くことに。しかし、先回りしていたゲジスキーに城の警備システムを乗っ取られ、警備ロボから攻撃を受ける事に…

ある日、便秘のデッキーから飛び出してきたお尻ケイサツのボス・オケツ団長。オケツ団長からデッキーの尻の中で暴れる凶悪な尻テロリスト集団を倒す為、捜査依頼を受けたジョーは三度、デッキーの尻の中へ飛び込むのであった!!

デュエマの夏はツッパリの夏！ ジョー達ツッパリ番長7人が集結、ツッパリ激戦区を制覇する大番長を決める熱き闘いが繰広げられる！ 友情、裏切り、青春、決闘、全てが詰まったこの夏一番の大乱闘デュエマの幕を開ける!!

今回はなんと、デュエマ史上初の10本立て！ 主人公のジョーはもちろん、ジョーカーズ、ガイアハザード、博士たちがハチャメチャなショートストーリーを展開していく!!

ジョーが生み出したジョーカーズがあんな所やこんな所で実は活躍していた!? 数々のデュエマシーンの裏で奮闘するジョーカーズに注目し、実はがんばったジョーカーズ大賞を決めることに…

キャップの兄・ギャップの狙い、それはゼーロの力を利用して水文明をリセットし滅びる事のないデータ世界として復活させる事だった。ギャップの目的を阻止すべく、水文明の未来を賭け激しい兄弟デュエルの幕が開ける…

倒したはずのギャップが新たな切札とともに復活を果たした。兄と水文明、大切なものを守るためにキャップは苦悩しながらも再び兄とのデュエルに挑むのだった…

遠く離れた文明の外側で前代未聞の大異変が起きた。突如発生した全文明を覆いつくすほどの巨大なドラゴン型の星雲・ドラゴンズゼロ。五文明が侵略を受ける中、ゼーロはドラゴンズゼロに降り立つのだった…

ギャップ、そしてゼーロに対抗する力を得る為、キャップはジョーが水文明クリーチャーを作れるようにデッキーをパワーアップさせる。そして、ジョーは水の力を持つあの相棒を生み出すのだった！

新たな切札を作り出したジョーの前に、ゼーロの配下である闇執事が姿を現す。デッキーの魂を人質にとりジョーにデュエマの勝負を持ち掛けるのだった。果たして闇執事の真の目的とはいったい…

迷子になっていたウラギリハカセを連れて研究所を訪ねたジョー。しかし、研究所では伊集院ハカセの極秘データが盗まれる事件が勃発。ジョーは新たなジョーカーズを生み出し犯人捜しを始めるが…

大人に憧れるジョーは、大人になれるジョーカーズを生み出す。しかし、いざ変身したその姿は中年おじさんだった。大人の気持ちを体験できる夢の国「オトナーランド」で社会の荒波に揉まれる大人の洗礼を受けるのだった！

公園で遊んでいたジョーとキラは草むらでウラギリハカセを見つける。3人でかくれんぼの最中キラとウラギリハカセは森で迷子になってしまう。一方、研究所ではジョーの研究データが盗まれる事件が発生するのだった…

ゼーロを倒す為パワーアップすべくジョー達は「ゴールデンマスターズジム」に向かう。様々なトレーニングをこなしたジョー達は互いにデュエマで力試しをする事に…

ゼーロンを成長させる為にジョラゴンを欲するゼーロ。ゼーロに代わりジョラゴンを狙うギャップは、キャップになりすましジョーに近づくのだった…

キャップを救う為、ギャップとのデュエルに挑むジョー。激しさを増すデュエルの一方で、水文明の秘められた過去が徐々に明らかになるのだった…

ジョーとキャップはお互いのブラザーの絆を強くすべく、数多の兄弟が頂点を目指し、そして敗れ去った伝説の塔『TTタワー』に挑むのだった。

遂にゼーロのドラゴンが誕生しようとしていた。さらに強大な力を得ようとするゼーロを止めるべく闇文明に向かおうとするキラ。そんな時、かつて光文明のデュエルマスターであった父もゼーロと対決していた事を知るのだった。

遂にキラVSゼーロによるデュエマの幕が開けた。キラの猛攻により次々とシールドを失うゼーロ。あと一歩のところまで追いつるキラだったが、ゼーロの切札が立ちはだかるのだった…

ゼーロの攻撃により汚染をうける火文明。そんな火文明で今、新たな事件が発生していた！ クリーチャーがゾンビ化し文明中を埋め尽くしているのだった。果たしてボルツはゾンビたちから文明を守る事ができるのか!?

キラが消えた事にショックを受けたジョーはデュエマから離れていく。一方、ジョラゴンはゼーロンに対抗する為にキャップとともに水文明でパワーアップを目指す。そんな中、るるに闇文明の魔の手が迫るのだった…

ジョーのデュエマの相手はなんとゲジスキーの毒で催眠状態となったるるだった！ 果たしてジョーはるるを助ける事ができるのだろうか…

ゲジスキーとの闘いで突如暴走してしまったジョラゴン。ゼーロと戦う為にジョラゴンの力が必要なジョーは困惑してしまう。そんな中、相棒ジョニーが帰ってくるのだった…

文明の力を混ぜた禁断の力により生み出された新たなジョニー。ある決意を胸にジョーはパワーアップした切札を手にシャチョーやウサギ団とデュエマをしまくるだった…

新たな切札を手にゼーロの元へ向かおうとしたジョー。しかし、ゼーロのいる宇宙へ行く手段が無い。悩むジョー達の元に通りすがりの宇宙人アルマゲドンが現れるのだった!!

アアルカイトに乗り宇宙をいくジョー達。しかし、重力装置の故障で機内は無重力状態になるのだった。そんな中、一人また一人と姿が消えていくのだった…。いったい何が起こっているのか!?

ついにゼーロのいる竜頭星雲にたどり着いたジョー。闇文明の侵攻を防ぐため、ゼーロとの最終決戦に挑むジョー。果たしてゼーロを止める事ができるのか!?

ついにその全貌が明らかとなったゼーロの切札カード零龍。その恐ろしい能力に対してジョーは、相棒のジョニーとジョギラゴンと共に最後の力を解き放つのだった…果たして勝負の行方やいかに!?

ゼーロを倒した事で蘇ったキラだったが、なんと記憶が無くなってしまっていた。キラの記憶を戻すべく、ジョーはこれまでのキラとの思い出を振り返って聞かせるのだった。

ゼーロを倒した事でクリーチャーワールドの平和は保たれたかに思えた…。しかし、水文明の未来はまだキャップとギャップ2人の間で揺れ動いた。ゼーロなき今、最後の決着をつける為に兄弟デュエマの幕が開ける!!

ゼーロ戦以降、物思いにふけるジョラゴン。心配するジョーはどうやらジョラゴンが恋の悩みを抱えている事を嗅ぎつける。そこで、ジョラゴンの為にひと肌脱ぐ事にしたのだが…

ジョニーとジョラゴン、かけがえのない2人の相棒を失ったジョー。そんな中、自然文明の大長老からジョーに手紙が届く。自然文明を訪ねたジョーはももちゃんと一緒に大長老の元へと向かうのだった…

ジョーと共に自然文明の大長老から『レインボーの力』を授かったボルツ。火文明で修行中のボルツだったが、ひょんなことから火文明クリーチャーの「ロック・クロック・六九」の反感を買いデッキをロックされてしまうのだった!!

このところジョーに惨敗中のシャチョー一行。シャチョーはジョーにデュエマで勝利する為、父親の財力をフル活用し学校をデュエマ決戦場へと造り変えてしまうのだった!! そして、今ここに全校生徒対抗のデュエマ超天決戦の幕が上がる!!

復活したキラだったが相変わらずジョーのことだけ思い出せずにいた。さらに、ジョーとの記憶を無くした事で以前の独りよがりの正義を貫く昔のキラに戻ってしまったのだ。そんなキラとついに衝突したジョーはキラの記憶を取り戻す為に真のデュエルを行うのだった…

記憶を失ったキラを元に戻す為、真のデュエルで衝突する二人。キラの切札サッヴァークを使いついにキラを追い詰めるジョー。果たしてジョーの熱い想いはキラに届くのか…そして、二人の勝負の行方は!?