ジョーの新たなる冒険が幕を開ける！ ある日キラを追ってたどり着いたのは、未開の地“自然文明”だった。そこは一面に木々が生い茂り、たくさんの植物や昆虫のクリーチャーが暮らしていた。はしゃぎまわるジョーだったが、不用意な行動からトラブルに…。

ジョーに続き自然文明に足を踏み入れたボルツ。合流したジョーと共に遊び回っていたが、自然文明ではタブーである火を使ってしまう。あわや大火事になろうとしたその時、自然文明ガイアハザードの1人カブト鬼が現れるのだった!!

ももちゃん一家からピクニックに誘われたジョー。イラストレーターの父を持つももちゃんとお絵かき大会をする約束をしたのだが、二人とも肝心の画用紙を忘れてきてしまう。ジョーは自由に紙を生み出せる「ガヨウ神」を作るのだが…。

ジョー行きつけのうまいラーメン屋の味を盗むべくスパイを企むシャチョー。企みに気づいたジョーと親父が阻止するもシャチョーの逆恨みを買ってしまうのだった。ラーメン屋のお客を横取りするためライバル店を立ち上げたシャチョー。お客争奪を巡るグルメ大戦争が勃発する!!

山で出会った少年トンボと謎の少年トテントを町で見かけたジョー。声をかけるが凄い勢いで逃げられてしまうのだった。トンボたちがデュエルウォーリアではないかと疑い2人の後を追跡するジョー。怪しすぎる行動を繰り返す2人の正体とはいったい…

商店街の福引で旅行を当てたるるは、ジョーとぴょんこ姫たちとクルージング旅行を楽しんでいた。しかし、ひょんな事から無人島に吹き飛ばされてしまったジョー。孤島に取り残されたジョーの生き残りを賭けた無人島サバイバルが始まる!!

どんな事にもOKしか答えられなくする恐るべき能力を持った「オッケーBros」。生みの親であるジョーはおろか、街中の人々を完全なるイエスマンへと変えていくのだった。そんな状況に目をつけたウサギ団は、ジョーが持つレアカードを要求するが…

自然文明に流れ落ちる謎の黒い星。触れた者をどこかへと消し飛ばす星の正体、それはゼーロが仕掛けた罠だった。何も知らないトンボは黒い星に触れ闇文明へと一人飛ばされる。そこに待ち受けていたのはゼーロとの闇のデュエマだった…。

自分の考えたヒーローが映画出演できる「最強ヒーローコンテスト」。映画デビューを目指し、ジョーは今まで作ったジョーカーズの中から1人代表を決める事にするのだが…

ジョーの前に姿を現したゼーロの手下ゲジスキー。自在にクリーチャーを作り出すジョーに興味を持ち、実験と称し次々とジョーカーズを毒で襲っていくのであった。ついにはデッキーまでもその毒牙にかかり悲しみにくれるジョーの前に、あの頼れる熱い男が駆けつける…

新作ゲームを求めショッピングモールに向かったジョー。なぜかそこに居合わせたのは自然文明ガイアハザードの一人ミノマルだった。ジョーが作り出したゲームのクリーチャー「キング・ザ・スロットン」を攻略すべくタッグを組んでゲームに挑戦するが…

「ゼーロと友達になる」そう言い残しミノマルは自ら黒い星に触れ闇文明へ出向くのであった。待ち構えるゼーロと対峙するミノマル。破壊と和平を賭けた真のデュエルが幕を開ける。果たしてミノマルの願いは叶うのだろうか…

激しさを増すミノマルVSゼーロによる真のデュエル。ミノマルはマスターカードで応戦するも、戦いの最中でも劇的な成長を見せるゼーロの前に徐々に追い詰められていくのだった…

いつもの平穏なジョーカーズ島でそれは起きた…。突如何者かに殺害されたデッキー、後頭部の殴られた跡にはラーメンの器の模様が…。探偵になりきるジョーとオバケになったデッキーが捜査に乗り出す。そんな中起きた第二の犯行、そして、闇に潜む黒い影。犯人はいったい…

カブト鬼にデュエマの借りを返すため、ボルツは自然文明に乗り込み真のデュエルを挑むのだった！ 互いの切り札を使い激しくぶつかり合う両者。一進一退の攻防が繰り広げられるデュエマ。果たして勝利はどちらの手に…

ジョーとカブト鬼がついに激突!! 互いの信念をぶつけ合い激しい戦いを繰り広げる2人。追い詰められたジョーの耳に届いたのはアイツの声だった…

待ちに待った夏休み！ 超大作の映画を作るべく、ジョーはデュエマ映画化計画を始動させるのだった！ 一番の目玉である最強の敵役オーディションを開催したジョー。集まったのは一癖も二癖もあるあいつらだった！無事に映画は完成できるのか!?

夏休みの自由研究にとデッキーに半ば強引にプロレス観戦に誘われたジョー。たまたま居合わせたウサギ団とシャチョー達のいざこざから、なぜか3対3のプロレスデュエマ合戦へと発展してしまう！

ジョーの相棒デッキー。彼にはまだまだジョーの知らない秘密が隠されているのだった。腹痛にもだえるデッキーを救うため、ジョラゴン出産以来2回目となるデッキーのお腹の中に足を踏み入れるジョー。なんとそこには謎の池が出現しているのだった…

カバまろのくしゃみにより何故か自然文明へワープしてしまったウサギ団。流れ着いたのはガイアハザードの一人、でんでんが侵入者用に罠を仕掛けたテーマパークだった。何も知らないウサギ団は高額時給につられうっかり入り込んでしまう…

1年間の町内清掃を賭けた運動会が開催される。白組のジョーはボルツを助っ人として呼び出すが、シャチョー率いる赤組はその財力を活かし世界レベルの助っ人シンタローをスカウトしていた。圧倒的な強さを見せるシンタローだが、その正体はデュエルウォーリアだった…

自然文明の秘宝を求めて冒険にでたジョーとボルツ。案内役として生み出したジョーカーズ「ジャンゴ・ニャーンズ」のガイドで自然文明を突き進むジョー達だったが、その道は長く険しいものだった。2人は秘宝を手に入れることができるのか!?

自然文明を破壊すべくゼーロが生み出した闇卵。それを仕掛けるべく自然文明に向かったゲジスキーだったが、危機を察知した女王の指示によりハニーQが立ちはだかるのだった。闇文明の侵略を阻止すべくハニーＱの秘められた力が明かされる！

真の力を解放したハニーQに敗れたゲジスキー。しかし、ハニーQはゲジスキーの仕掛けた闇卵に気付く事は出来なかった。同じ頃、遂に探し求めていた伝説の剣「メシアカリバー」を手に入れたキラ。そんなキラの前にまたしてもあの男が姿を現すのだった…

デュエル中にどこか余裕を見せるゲジスキー。なんと、キラの母親を人質として捕らえていたのだった。動揺するキラに対してゲジスキーの猛攻が続く…

おこづかい目当てに謎の工場にお手伝いに来たジョー。しかし、そこはゲジスキーが仕掛けた闇の瘴気を生み出す工場だったのだ！ 同じくおこづかい目当てで来ていたウサギ団は偶然にも工場の仕掛けに気付くのだが…

自然文明から遊びに来ていたミノマル。なんとか自然文明に帰そうと必死になるジョーをよそにミノマルはどんどんももちゃんと仲良くなっていく。いつまでたっても帰ろうとしないミノマルにジョーは、デュエマ勝負を仕掛けるのだった…

自然文明に未だかつてない危機が迫っていた。突如、自然文明に姿を現した闇の巨大生物メガロ・デストロイト。自然文明に毒ガスを撒き散らし大地を汚染しているのだった。異変に気付いたジョーとミノマルが止めようと突撃を試みるが…

最優秀賞には世界一周旅行が贈られる書道コンクール。ジョーは新たなジョーカーズ「ふでがき師匠」を作り書道の練習に励むのだが…

自然文明の汚染も止められず、ミノマルも行方不明になり落ち込むジョー。そんなジョーから自然文明の危機を知らされたキラとボルツ。ジョーに代わり自然文明を救うべく乗り出すのだが、侵入者と勘違いされガイアハザードと衝突する事に…

友の為に戦うキラ、ボルツに対して自然文明の為に戦うハニーQ、でんでん。激しくぶつかり合うデュエマの結末はいかに！ そして、ジョーは行方不明のミノマルを発見するのだが…

シャチョーが持っていたVRゴーグルに憧れたジョーは、最高のVR体験をすべく新たなジョーカーズ「Vチャロン」を作り、VRゲーム世界に入り込むのだが…

自然文明を汚された悲しみと怒りから、ミノマルは怒りの戦士ミノガミへと生まれ変わった。そして、その怒りはかつて敗れたゼーロへと向けられるのだった。ミノガミVSゼーロによる自然文明の存亡を賭けたデュエルが幕を開ける。

自然文明で相棒ジョニーの形跡を見つけたジョー。ジョニーへの募る思いを胸に自然文明を探索し続けるジョー。果たしてジョニーと再会する事はできるのか!?

ジョニーが探していた宿敵、それはジョーが闇工場で敗れた相手メッサー・シュミットだった。1人で乗り込むジョニーを追って、ジョーも再び闇工場へと向かう。待ち構えるメッサー・シュミットに対して、ジョー＆ジョニーのコンビがついに復活する!!

闇文明に人質にとられていたメッサーの仲間を救うべく、ジョーは闇の工場長ゲオルグとのデュエマ対決に挑むのだった。パワーアップしたジョニーを使い終始ゲオルグを圧倒するジョーだったが…

覚醒したミノガミの力は凄まじく、自然文明の大地をも破壊していくのだった。ミノガミの暴走を止めるべくカブト鬼が説得に向かうもその声が届く事はなかった。そして、禁断のガイアハザード同士のデュエマが幕を開けるのだった。

ミノガミとカブト鬼のデュエマが激しさを増す一方で、自然文明を救う鍵である姫の正体がももちゃんだと知ったジョー。文明に連れて行こうとするトンボたちを振り切り、混乱するももちゃんを励ます為にクリスマスパーティーを開くのだが…

ジョラゴンは生まれて初めての正月ムードを味わうためデッキーの中へと里帰りし出てこなくなってしまった。ももちゃんを捜すのになんとしてもジョラゴンの力を借りたいジョーは「ジョーカーズ新年会」を開きジョラゴンの気を引こうと試みるのだった。

ミノガミとバラギアラの暴走は続き壊滅状態の自然文明。ジョーはミノガミを止める為、ジョニーと共にジョラゴンの新必殺技を生み出す特訓を始めるのだった！

荒れ果てた自然文明に追い打ちをかけるかのようにゼーロまでもが自然文明に侵入してくる。各地で起こる衝突。混乱が続く中でキラとボルツの助けを借り、ついにジョーとミノガミのデュエマが幕を開ける！

バラギアラを使ったミノガミの凄まじい猛攻がジョーを襲う。絶対絶命の状況でジョーは特訓で生み出した新必殺技を放つのだった!!

るるからたくさんお手伝いを頼まれたジョーは、新たなジョーカーズ「名犬機ワンコピー」で自分のコピーを大量に作り出し、お手伝いを肩代わりをさせようとするのだが…

2月14日、ジョーの街では尊敬する相手にふんどしを贈るハッピーふんどしデーの催しが行われていた。しかし、誰からもふんどしを貰えないジョーは新たなジョーカーズ「ベタボメガホン」で自分を宣伝しようと試みるが…

水文明で新たな力が目覚めていた…。ゼーロの前に突如現れた水文明からの使者キャップ。そして、謎のゾーンを使うキャップVSゼーロのデュエマが幕を開けるのだった。

南の島で遊ぶジョーの前に現れた謎の少年キャップ。自らを水文明のデュエルマスター候補だと名乗り、ジョーに新たな力「超ガチャレンジゾーン」を伝授するのだった！

ジョーはジョラゴンをメカ化しパワーアップさせようとするも、今のデッキーでは力に耐える事が出来なかった。そこでデッキーは自らの尻強化の為、遠く離れた「メカの星」を目指して宇宙の旅に出るのだった…

デッキーが激しい戦いの末手に入れた鋼鉄のケツ「鉄ケツ」を使い、新たなジョラゴンを生み出そうと試みるジョー。様々なトラブルにあいながらもついに完成するのだった!!

ジョーとキャップが遊んでいる所に出くわしたキラは、キャップから超GRゾーンを教わり切札のサッヴァークをパワーアップさせる。同じ頃、街ではシャチョー達が怪しい考古学者を見つける…

ジョーがミノマルの暴走を止めた事により自然文明は平和を取り戻したかに見えた。しかし、闇の侵攻により力を使い果たした女王は再び倒れてしまう。自然文明を救う為ガイアハザード達は姫であるももちゃんを連れ去ろうとするのだった…。

自然文明の存続を左右するももちゃんをめぐり、ジョーとミノマルの本気のデュエマが幕を開けた。友達を守りたい想い、文明を救う使命、両者の思いが激突する!! そして、最後にももちゃんが選ぶ道とはいったい…