女神官は冒険者となったその日に、ゴブリンに攫われた娘を助け出すため、新米の冒険者たちと共に森の洞窟へと向かう。モンスターの中でも最弱と言われるゴブリンだったが、洞窟に仕掛けられた罠にはまり彼女たちは絶体絶命の危機に陥ってしまう。その時、全身を鎧で覆った銀等級（序列三位）の人物が女神官の前に現れた。淡々と手間を惜しまずゴブリンを退治していくその男は、自らを“ゴブリンスレイヤー”と名乗るが…。

鎧を着た銀等級の男、ゴブリンスレイヤー。手段も選ばず、ただひたすらにゴブリンのみを退治し続けている彼は、辺境の街のギルドを利用する冒険者の多くから敬遠されていた。ゴブリンスレイヤーに助けられて以来、一緒にゴブリン退治をしている女神官は、彼と行動を共にしていくうちに、ゴブリンスレイヤーの持つ信念や悩みを徐々に理解していく。

ゴブリンスレイヤーの元に、妖精弓手、鉱人道士、そして蜥蜴僧侶が尋ねてきた。彼らはゴブリンスレイヤーに、世界を滅ぼそうとしている魔神王が復活したことを告げる。魔神王の軍勢の討伐に協力するよう妖精弓手たちから依頼されたゴブリンスレイヤー。だが彼は討伐に興味を示さなかった。そこで妖精弓手たちは…。

古代の遺跡に潜入したゴブリンスレイヤーたち。そこは魔神王の軍勢であるゴブリンたちの根城になっていた。妖精弓手たちと協力し、淡々とゴブリンたちを退治していくゴブリンスレイヤー。しかし突然、遺跡の奥よりゴブリンたちを統べていた“オーガ”が現れる。圧倒的な強さで蹂躙されるゴブリンスレイヤー一行。ついに“オーガ”の振るう戦鎚がゴブリンスレイヤーを捕らえた…。

遺跡での激戦を経て辺境の街に帰還したゴブリンスレイヤーたち。傷を癒したゴブリンスレイヤーは幼馴染である牛飼娘と辺境の街のギルドに向かう。ギルドでは巨大鼠に武器を奪われた新米戦士と見習聖女に戦い方のアドバイスをする。そんな折、ゴブリンスレイヤーはギルドの受付嬢からある依頼を受ける…。

突如ゴブリンスレイヤー宛にゴブリン退治の依頼が届いた。その送り主はかつての魔神王を打ち倒した“剣の乙女”だった。ゴブリンスレイヤー、女神官、妖精弓手、鉱人道士、蜥蜴僧侶の一行はさっそく水の街に向かう。風光明媚な水の街だが、昨今不審な事件が多発しているという。多くの人たちが暮らす街の地下には下水道が通っている。そこにゴブリンが潜んでいると睨んだゴブリンスレイヤーたちは、早速地下水路に侵入する。

水の街のゴブリン騒動が人為的に引き起こされたものだと考えたゴブリンスレイヤー一行は、地下水路の探索を進めていく。地下墳墓まで到達したゴブリンスレイヤーたちだったが、そこでゴブリンの大群に襲われる。何とか窮地を凌いだものの、ゴブリンたちの猛攻は止まらない。そしてついに、ゴブリンスレイヤーたちの前に、小鬼英雄（ゴブリンチャンピオン）が現れた。

小鬼英雄との戦闘で深く傷つき、生死の境を彷徨うゴブリンスレイヤー。剣の乙女は女神官と協力し、奇跡の力によるゴブリンスレイヤーの蘇生を試みる。その頃、地下水路の探索を進めていた妖精弓手たちは、ゴブリンとは全くことなる未知のクリーチャーと遭遇する。未知のクリーチャーの圧倒的な攻撃力により、一度は攻略を諦めた一行だったが…。

祭壇に設置された巨大な鏡。地下水路に大量発生したゴブリンの群れ。そして度々現れるゴブリン以外のクリーチャー…。ゴブリンスレイヤーたちは今回の騒動の核心に迫っていく。地下奥深くでは、以前ゴブリンスレイヤーたちを苦しめた小鬼英雄が彼らを待ち受けていた。だがゴブリンスレイヤーには、ゴブリンを一網打尽にする起死回生の作戦があった。

辺境の街まで帰ってきたゴブリンスレイヤー一行。世界は勇者が魔神王を打ち倒したという知らせを受け祝賀ムードになっていた。ゴブリンスレイヤーも一見いつもと変わらない淡々とした生活を送り始める。しかし彼もまた、仲間たちとの交流を通して少しずつ心情に変化が生まれはじめていた。

日課の見回り中に大量のゴブリンの足跡を発見したゴブリンスレイヤーは、ゴブリンの大群が今夜中に牛飼娘の牧場に押し寄せることを予見する。牛飼娘に逃げ出すよう説得するが、彼女は、ゴブリンスレイヤーの“帰ってくる場所”を守るために牧場から離れようとしない。牧場を守るためゴブリンスレイヤーは一人、辺境の街のギルドに向かう。

小鬼王（ゴブリンロード）率いるゴブリンの大軍勢と辺境の街にいる冒険者たちの戦いが始まった。敵の大群に立ち向かう妖精弓手、鉱人道士、蜥蜴僧侶をはじめとしたギルドの仲間たち。しかし更なる強敵が冒険者たちに襲い掛かる。苛烈を極める戦闘の中、ゴブリンスレイヤーは一人、小鬼王の前に姿を現す…。