楢崎町には「消えない虹」と「Gift」という不思議な現象があった。Giftは町で暮らす者が使える生涯一度の魔法のような不思議な力。贈る側と受け取る側の合意で生まれる奇跡。天海春彦はそんなGiftの奇跡を受け入れ、あたたかく見守ってきた。その春彦が2年生になった春、彼にも新しい出会いと再会が訪れる。

義理の妹・深峰莉子と再会した春彦。莉子は、亡き春彦の母の遠縁で、かつて春彦 の父・壮一に引き取られて春彦と暮らしていた。ところがある事情から莉子と春彦は離れ離れになっていたのだ。数年ぶりの再会を喜ぶ春彦と莉子、そして霧乃。しかし消えない虹を見上げる莉子は、なぜかもの憂げな表情を浮かべていた。

春彦のクラスに編入された莉子。二人が血のつながらない兄妹だと判明するや、男子の嫉妬の視線が春彦に集中し始める。そんなある日、ショッピング中の莉子の写真が、突如雑誌のグラビアを飾るというハプニングが。言い寄る男子の急増に、困惑気味の莉子。彼女を心配しつつも春彦は、苛立つ心を隠しきれなくなっていた。

Giftが作る猛暑で、かりそめの夏を迎える楢崎町。さっそく春彦の悪友こと江戸真紀が、友人一同を集めた海水浴を企画した。これは春彦と莉子に仲直りの機会を与えようという真紀の心づかいだった。莉子への想いとは裏腹に、気持ちをうまく伝えられない春彦。最後の手段とばかりに真紀は肝試し大会を開くが……。

剣の稽古に励む綸花に向けて、熱い視線を注ぐ少女が一人。彼女の名は里緒奈美。春彦たちと同じ志摩野学園の2年生であり、綸花を応援する熱心なサポーター(ストーカー？)だった。TPOを選ばない奈美のアプローチに、さすがの綸花もタジタジ。綸花は奈美を自重させるため、春彦に恋人のフリを演じてもらうが……！

今年の春から起きたもう一つの不思議「偽Gift」。それは箒に乗った魔女っ子が、偽Giftの魔法で願いを叶えてくれるというものらしい。仲直りした春彦と莉子の様子を、哀しげに見つめる霧乃。彼女もまた春彦への想いをうち明けられず、悩んでいた。そんな霧乃の前に、偽Giftを携えた魔女っ子が現れて……。

霧乃が魔女っ子と出会った翌日。ことあるごとに莉子の姿が亡き母と重なって見えてしまう春彦は、霧乃の話からその原因が偽Giftだと気づく。偽Giftの効果を解くべく、魔女っ子を捜す春彦。その胸中で春彦は問い続ける。莉子を大切に思う気持ちは本物？ 彼女に母の面影を重ねていただけなのか、それとも……。

偽Giftの一件を通じて、莉子への想いを新たにする春彦。一方、霧乃も偽り続けてきた自分の気持ちを春彦に伝えようとする。修学旅行の前日。決意を込めた瞳で春彦と莉子を呼びとめた霧乃は、修学旅行で向かう恋愛成就で有名な寺のお守りを春彦から欲しいと告げる。そんな霧乃を前に、春彦が選んだ答えは？

修学旅行でお互いの気持ちを確かめあった春彦と莉子。春彦は、一番大切な相手として莉子を選んだこと、恋愛成就のお守りは贈れないことを霧乃に伝える。それが春彦の出した答えだからと、二人を祝福しようとする霧乃。そんなある日、霧乃は春彦の話から、あの消えない虹が莉子の贈ったGiftだと知ってしまう。

Giftは奇跡にも等しい魔法のような力。それをきっかけに結ばれる恋もある。だからこそ大好きな人には決して贈らないこと。霧乃と莉子は、幼い頃に約束したはずだった。やがて霧乃は、莉子の誠意を確かめるように、ある残酷な選択を突きつける。「思い出を返して」霧乃の差しだす手が、莉子の手と重ね合わされて……。

莉子は、今まで春彦と過ごしてきた日々の思い出をすべて失ってしまった。その記憶、春彦との思い出を引き継いだのは霧乃。これまで使う人を幸せにする奇跡こそがGiftの力だと信じてきた春彦。莉子の記憶と笑顔を取り戻すため、そして霧乃の心を救うため、春彦はGiftがこの町に存在する理由、Giftの謎に挑む。

楢崎町にあるGiftと呼ばれる不思議な現象。それは町に住む者が使える生涯一度の奇跡。はたしてGiftはいつ生まれ、なぜ存在するのか。その謎を追い求める春彦は、ついに「Giftが誕生した日」の秘密を知る。大切な人の笑顔と、途切れた絆をもう一度取り戻すため、春彦は揺るぎない決意を固める。そして――。