時は幕末。横浜で、侍と外国人の喧嘩に巻き込まれた子どもたちを救ったことから、秋月耀次郎は遊山赫乃丈率いる旅一座と出会う。だが、この旅一座の真の狙いは「敵討ち」の相手を捜すことにあった。やがて、横浜の裏社会で行われる闇のオークションに、仇の男が現れるという情報を入手した一座は、会場内に潜入するが…。

闇のオークション会場内にて、仇敵・針尾玄藩を逃がしてしまった赫乃丈一座であったが、針尾が長岡藩士・河井継之助の護衛役を担っているという情報を得た。江戸に向かう山中の街道を決戦の舞台に選んだ赫乃丈一座は、仇敵の到着を待つ。助太刀を買って出た耀次郎も加わり、赫乃丈一座、悲願の仇討ち舞台の幕が上がる！

一座悲願の仇討ちは成った。一座に安堵感が漂う。だが、蒼鉄が描いた次回作は、赫乃丈の両親暗殺を演目にしたものだった。復讐劇は終わったはずだと抗議する赫乃丈。しかし、蒼鉄はまだ何も終わってはいない針尾玄藩の後ろにこそ真の敵は居ると告げる。そして、新作芝居にその名を載せ、おびき寄せる作戦を提案する。

新作芝居は、横浜の街で大反響を呼ぶ。だが、復讐劇の真の仇・中居屋重兵衛は、一座の芝居を阻止するべく刺客を放った。耀次郎を用心棒に迎えた赫乃丈一座も、これを迎え撃つ。敵の得物は飛び道具。果たして、一座は無事芝居の幕を開けられるのか？ かくして、張り詰めた緊張感の中で、開演を告げる柝が鳴り響く。

「覇者の首」の呪力によって、最強の刺客を作り出した中居屋。一方、遊郭「石鶴楼」の饗宴に招かれた赫乃丈一座は、華麗な演舞を披露していた。動乱の世を忘れさせるかのような、束の間の華やかな彩り。勝海舟や英国大使パークスの顔にも笑みが浮かぶ。だが、そのとき、中居屋の放った刺客たちが、「石鶴楼」を襲う！

遂に蒼鉄が真の仇・中居屋重兵衛の名を台本に載せた。仇討ち芝居の終幕に向けて、気合が入る一同。そんな折、「石鶴楼」に立て篭もっていた「天狗党」の反乱が起こる。イギリス軍が鎮圧に出動し、華やかだった遊郭は、炎上する戦場に変わっていく。そして、千秋楽を迎えた一座の元にも、再び守霊鬼の襲撃が…！

中居屋が放った守霊鬼の襲撃から一ヶ月。蒼鉄は秋月の故郷、高麗の里にいた。一方、品川の薩摩屋敷では東征軍の江戸攻めを前に西郷隆盛を訪ねた勝海舟との直接会談がとり行われようとしていた。「江戸城無血開城」という平和的結論が導き出されようとしたそのとき、突如、薩摩屋敷に「覇者の首」を携えた中居屋が現れる。

中居屋が持ち込んだ覇者の首の呪力により、勝と西郷は自分の本性を剥き出しにして斬り合っていた。覇者の首封印の命を受けた耀次郎も魔の波動を追い、勝と西郷の会談場所を目指すが、その行く手に神無が立ち塞がる。 一方、蒼鉄の指示で薩摩屋敷に潜入した赫乃丈一座の面々は、真の仇である中居屋重兵衛と出会う。

旧幕臣派が上野の寛永寺に立て篭っていた頃、耀次郎を訪ねて潮座へとやって来た坂本龍馬の妻、おりょうが、横浜港に寄港したグラバーの船から降り立つ。だが、耀次郎の姿はすでに横浜になく江戸の町にあった。東征軍が占領した江戸の町で、耀次郎が助けた侍は、病に侵され、死に場所を求めて彷徨う沖田総司であった。

慶応四年五月十五日、上野・寛永寺において、遂に彰義隊と東征軍とがぶつかり合う。戦場に向かおうとする沖田を必死に食い止めようとする耀次郎。その頃、東征軍の新型兵器と共に、おりょうも江戸へと辿り着いていた。おりょうは戦火に煙る上野山を見上げ、「龍さんが生きていたら、こんなことには…！」と嘆く。

赫乃丈一座は、龍馬の妻・おりょうによって届けられた蒼鉄からの台本を頼りに、品川宿へとやって来た。そこで町火消し・新門辰五郎の協力を得て、仮設舞台を建てる一座。一方、品川沖に停泊する榎本艦隊の船上に、蒼鉄の姿があった。そして、戦費が整わず、未だ出航できずにいた榎本武揚の前に、ある男が現れて…。

蒼鉄が書き起こした新作芝居は、江戸の地でも評判となっていた。一方、品川の地で耀次郎に再会した赫乃丈は、おりょうから託された坂本龍馬の言葉を彼に伝える。そのとき「月涙刀」が「覇者の首」の魔力を探知する。薩摩屋敷より「覇者の首」を持ち去った蒼鉄を追う神無も駆けつけ、耀次郎、神無、蒼鉄が再びまみえる。

蒼鉄から届いた台本には、役者として中居屋重兵衛、秋月耀次郎の名が記されていた。その頃、英国公使パークスは兵士たちに「覇者の首」破壊の命令を下していた。一方、海上では、出航を前に榎本武揚が最後の決断を下しかねていた。このとき、品川沖を舞台に一座本懐の瞬間と「覇者の首」封印の瞬間が訪れようとしていた。

尊い犠牲の元、一座念願の仇討ちは遂に果たされた。一座は仲間を失った哀しみを乗り越え、それぞれの道を歩き出そうとしていた。一方、またしても「覇者の首」封印を果たせなかった耀次郎は、北に向かった「覇者の首」を追い、旅路を急ぐ。一座の解散を決意した赫乃丈もまた、己が想いを見極めようと、耀次郎の後を追う。

一座と別れた耀次郎たちの姿は日光街道にあった。鳥羽・伏見から広がった戊辰の戦火は北へと拡大し、下野国・宇都宮宿もまた、焦土と化していた。だが、そこに暮らす人々は力強く生き、木賃宿に響く旅芸人の小唄に乗せて、赫乃丈の舞が人々に束の間の笑顔をもたらす。そんな折、耀次郎の元に聖天からの密書が届き…。

新政府軍を迎え撃たんとする会津藩は、少年や老人、女性たちまでもが城に立て篭もり、徹底抗戦の構えを見せる。会津から米沢へと抜けようとする耀次郎たちは、新政府軍に追われる白虎隊士の少年に出会う。彼らの窮地を救った土方歳三は、山中を彷徨う少年の行き先を詰問する。しかし、少年は目的を語ろうとしなかった。

榎本率いる旧幕府艦隊が仙台・松島湾に入港した。その頃、仙台城では、奥羽越列藩同盟の諸藩の代表者が集まり、軍議が開かれていた。しかし、新政府軍の猛攻の前に、彼らの戦意は阻喪明らかに及び腰だ。一方、東照宮にて見つけたもう一本の月涙刀に自らが選ばれたと確信した赫乃丈は、耀次郎との運命を再認識するが…。

仙台藩は遂に新政府軍へ恭順の方針を決定、旧幕府軍は仙台からの撤退を余儀なくされる。戦う意思のある兵士たちは、松島湾に停泊する旧幕府艦隊の元に集結する。彼らを収容する開陽丸の前に、チーム神無が操る艦が突っ込んできた！ 混乱する開陽丸の甲板で、耀次郎、赫乃丈が「首」にとり憑かれた榎本と対峙する！

松島湾を出奔した旧幕府艦隊は、最果ての地、蝦夷に辿り着く。そこは、大雪に覆われた極寒の大地であった。箱館へ入った土方一行は、五稜郭を拠点に蝦夷地攻略の策を練る。一方、領国を追われた松前藩士は「遊軍隊」を組織し、起死回生を図る。そして高松凌雲が仕切る箱館病院には、秋月を失い失意に暮れる赫乃丈がいた。

「覇者の首」が取り憑いた榎本武揚率いる旧幕府軍は、蝦夷での支配権獲得のため、遂に松前城攻略の火蓋を切って落とした。最果ての地に流れ着いた旧幕府軍は、「共和国」の樹立を宣言。総裁となった榎本武揚の傍らには、世界をにらむ戯作者・茨木蒼鉄の姿があった…！ 蒼鉄の見つめる先やいかに…!?

共和国軍海軍奉行・荒井郁之助は、横浜で旧薩摩藩士・黒田了介と接触していた。東征軍参謀を務める黒田は、「ストーンウォール号」共々の共和国への亡命を提示する。旗艦「開陽丸」を失い制海権を脅かされることを恐れた共和国政府は、ストーンウォール号を受け取るため、「回天」「高雄」「蟠龍」の三隻を出航させて…。

新国家設立の野望を抱く共和国政府の背後より、新政府軍の奇襲作戦が開始された。一方、一座が勢揃いし、耀次郎の無事を信じる赫乃丈にも笑顔が戻りつつあった。そんな折、蒼鉄は今こそ己が宿命を知るときだと彼女を北の戦場にいざなう。そして、「覇者の首」が取り憑いた榎本武揚の前に、再び耀次郎が立ち塞がる！

神無たち特殊部隊は「覇者の首」が取り憑いた榎本武揚暗殺を果たせなかったため、パークスに階級を剥奪され、任務解除を命じられた。途方に暮れる神無。そこには、双子の兄を失い、失意に暮れるクイーンの姿も共にあった。己が誇りを取り戻すために、神無たちは今再び箱館の地を目指す。榎本武揚の命を奪うために。

「覇者の首」の魔力を目の当たりにした土方は、蒼鉄の底知れぬ野心に脅威を覚える。やがて、新政府軍本隊が遂に蝦夷の地に上陸。箱館の街は、未曾有の混乱に巻き込まれていく。一方、五稜郭では榎本が赫乃丈を伴い、「覇者の首」の強大な力を発動させる。耀次郎の眼前で大地が唸り、五稜郭に異変が起ころうとしていた!!

赫乃丈との対決を決意した耀次郎の前に、神無が立ち塞がった。魔城と化した五稜郭を攻め滅ぼさんとする新政府軍と共和国軍の熾烈な戦いの最中、箱館山を舞台に、耀次郎と神無が最後の決着を着けようとしていた！ そして、今。歴史の表舞台に再び返り咲かんとする一族の悲願が、蒼鉄の野望が遂に完成しようとしていた！

魔城五稜郭内部に突入した耀次郎。だが、そこに待ち受けていたのは守霊鬼と化した旧幕府軍の兵士たちの群れと、「覇者の首」の守り刀となった赫乃丈だった。二つの月涙刀がその雌雄を決するべく今、三度相まみえる！ 「永遠の刺客」としての宿命をまっとうせんと決意した耀次郎は、赫乃丈との一騎打ちに臨む！