ある日、ちはやは更衣室に傷ついた小動物姿のナツキを見つける。ちはやに助けられたナツキは次第に元気を取り戻し、突然家を飛び出した。ちはやがナツキを追いかけていくと、そこには“種人間”と化した醜い人間の姿が…。その時、ナツキの首に付いていたヘキサグラムが激しく点滅し、ちはやは魔法戦士に変身してしまう。

突然魔法戦士にされたことに怒り出すちはやに、少年の姿となったナツキは自分の使命を話し始めた。しかし、ナツキが人間に変身したのは自分の「キス」の力だと知り、初めてのことにショックを受けたちはやはナツキに強くあたってしまう。ちはやが魔法戦士になることを断ると、ナツキは姿を消してしまった。

ナツキと協力して“種”を探すことになったちはや。だが、ナツキは再び動物の姿に戻ってしまい、何を言っているのかさっぱりわからない。困ったちはやはとりあえず、ナツキが地図で示した秋葉原に行ってみることに。そこへ、ちはやに気がある隣のクラスの鈴原剛がやってきて一緒に秋葉原に行くことになってしまう。

今日はさやかの家でのお泊り勉強会。スパルタ勉強会に、ちはやたちがぐったりしていると、突然カバンに隠れていたナツキが飛び出した。すぐに後を追ったちはやが目にしたものはまたしても“種人間”。油断した隙に身動きが出来なくなってしまうちはや。そんな時、どこからか甲高い笑い声が！ 一体、彼女は何者なのか!?

今日は日曜日。ちはやの母のお店「エンジェルキッス」はたくさんのお客さんで混み合っている。ちはやがお店の手伝いに行くと、従業員の戸野村がバイトの子が急にこられなくなって人手が足りないと困っていた。そこでちはやは、人間形態の那津樹にお店の手伝いをさせることに。そんな時、突然ちはやが倒れてしまう…。

ちはやのクラスに城之内という新しい教師が赴任してきた。そのころ、ロボット研究会の部員たちが学生ロボット格闘コンテストの準備で盛り上がっていた。優勝のために必死になっている部員たちは周りの迷惑も気にせず、校内でロボットを走らせている。校内を暴走するロボットがちはやたちの更衣室にも入り込んできて…。

ナツキをピンチから救ってくれた謎の男は、これ以上“種”をめぐる事件に関わってはいけないとちはやに警告して姿を消した。ぐったりしたままのナツキを心配するちはや。そんな時、ナツキのヘキサグラムが点滅し、二人は“種人間”を倒しに向かうことに。しかし、そこには既に魔法戦士セルリアンブルーの姿が…。

銘鳳学園で美少女コンテストが開かれることになった。にわかに沸き立つ女生徒たち。美由利に巻き込まれ、ちはやとさやかも参加することに。審査用の写真撮影のため写真部に集まる参加者たち。撮影は無事終了。しかしその夜、事件は起こった。“種人間”の気配を感じ、学校に向かったちはやとナツキは、そこで…!?

押入を片づけていたちはやは母のアルバムを見つけた。そこには絵美そっくりの女学生＝若き母の姿が。そして父の写真がないことにちはやは落ちこんでしまう。その夜、“種人間”が出現した。戦うカーマイン。追って現れたセルリアンブルーは相変わらずの高飛車かに見えたが、カーマインとの信頼は確実に生まれ始めていた。

ちはやは、母から父の写真を見せられる。初めて見る父の写真にうれしさを隠せないちはや。だが、そこでもっと重大な秘密が明かされた。そのころ那津樹は女王ツユハからベルガモット捕獲の命を受けていた。どこか釈然としない那津樹。また、葉津那とさおり、城之内と小嶋絵美の間でもそれぞれ決意を表すやりとりが…。

カレンデュラとカーマインの戦いはベルガモットの介入により、カレンデュラが撤退しベルガモットも姿を消した。ちはやはベルガモットが写真で見た父にそっくりだったことが気になって仕方がない。そんな時、ヘキサグラムが点滅し始めた。しかし、那津樹たちはちはやの変身を回避しようと妙な行動をとる。

ベルガモットの正体がわかったちはやはセプティムに懇願し、ナツキとフェンネルの居る闇の世界へ向かうことになった。ベルガモットの結界の張られた入り口までたどり着いた一行。だが、ちはやだけがまるで誘い込まれるように入り口に吸い込まれてしまう。中で捕らえられたちはやはフェンネルから事件の真相を聞かされる。

“種”の力にのみ込まれたカーマインが、新たな力を得て覚醒した。自分の存在をかけてちはやを守る決意をした那津樹は、新しいヘキサグラムの力を解放した。しかし正気を取り戻したちはやの目の前には微笑みながら消えゆく那津樹の姿が…。悲しむちはやの前に現れたフェンネルとの最終決戦！ 果たしてちはやの運命は!?