戦国時代末期、天下統一を目前にした織田信長は明智光秀に、羽柴秀吉の援護を命じる。道中、老ノ坂で、光秀はひとり軍列を離れ酒呑童子の首塚に立ち寄った。そこで彼を待ち受けていたのは、6年前に死んだはずの妻・ヒロ子であった。

織田信長が本能寺で果てた後、三河へ帰る途中の徳川家康の宿に、一人の伊賀の下忍が忍び込む。信長に味方する家康を討とうというのだ。しかし、謎の客人にことごとく邪魔されてしまう。それでも彼はひとり入浴中の家康をみつけ襲い掛かかるが……。

諸国武者修行中の林崎甚助は、若侍・山田八右衛門と共にもののけ退治を請け負うことに。生贄に差し出された娘のそばで甚助はもののけから見えなくなるという秘薬を体中に塗り、退治に臨む。

幕末の京都、雨の夜に見かけた沖田総司に心引かれた瓦版屋の娘・お駒は、彼のことを調べて瓦版に書きたいと壬生通いを始める。しかし、なかなか沖田の素顔を知ることはできない中、夜の祇園で「もうすぐ剣の時代は終わる」と語る狐面の男と出会う。