ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまい…。

シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュは、謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍のナイトメアを奪い、カレンたちに指示を与えていく。そこに見慣れぬ嚮導兵器ランスロットが現れ…。

第三皇子クロヴィスのもとからアッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこでルルーシュと対面したカレンは、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主が彼ではないかと疑っていた。そんな彼女に対してルルーシュは、ギアスの力で欺くことに成功する。その頃、クロヴィス皇子殺害の犯人として、スザクが捕らえられていた。

シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。ブリタニア人たちの見守る中、ゼロはクロヴィス皇子殺害の犯人であると自ら名乗り出て…。

学園内の自室で、ギアスの能力を与えた少女・C.C.と再会したルルーシュ。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.は彼の自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれてしまう。

アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しなかった。そのような中、ルルーシュが自室に隠していたゼロの仮面を奪われてしまう。ルルーシュは仮面を奪った犯人を追うが…。

サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマゲットーに向かうルルーシュ。ギアスの力でサザーランドを奪取したルルーシュは、ブリタニア軍を後退させるが…。

河口湖畔のホテルで、日本解放戦線のメンバーが人質を取り立てこもる事件が発生。人質の中にはアッシュフォード学園の生徒会メンバーと、ブリタニア帝国第三皇女ユーフェミアの姿があった。ユーフェミアを救うとコーネリアに宣言したルルーシュは、カレンたち「黒の騎士団」を率いて人質救助に向かうが…。

弱者の味方として活動を展開していく黒の騎士団。イレヴンの間では英雄扱いとなるが、カレンもまた世の中を変えるために、ゼロは必要だと感じていた。そのような状況下、世直しの一環で、イレヴンの間で蔓延しているという薬物「リフレイン」の密売現場に潜入する黒の騎士団。カレンはそこである人物の姿を見る。

日本解放戦線の本拠地がある成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山に向かう。コーネリアの攻撃に壊滅していく日本解放戦線の部隊。ルルーシュはこの戦争で奇跡を起こすと宣言し、日本初のナイトメア紅蓮弐式を出撃させる。

ナリタ連山でコーネリア部隊を孤立させることに成功した黒の騎士団。ルルーシュはついにコーネリアの懐に飛び込み、投降を命じる。だが、スザクの操るランスロットの猛襲に、戦況は一転、黒の騎士団は撤退を余儀なくされる。ゼロを追うスザクだったが、C.C.の未知なる能力によって行動を封じられてしまう。

思い切ってルルーシュをデートに誘うシャーリー。だが、ルルーシュは黒の騎士団メンバーとともに「キョウト」の代表と対面するため、富士鉱山へ向かっていた。キョウトの代表は、ゼロの素性を問いただす。一方、シャーリーを思わぬ悲劇が襲う。

ナリタでの戦闘によって起こったある事実が、ルルーシュやカレンの心を苦しめる。信念を貫きブリタニアと戦っていく決意をしたルルーシュは、黒の騎士団を率いてコーネリア軍へ向け出撃する。その途中、スザクの操るランスロットと一騎打ちになったルルーシュは、そこで居るはずのないシャーリーの姿を見てしまう。

シャーリーに秘密を知られたのではないかと疑い、彼女の後を追うルルーシュ。C.C.にどう始末をつけるのかと問われるが、答えを持たなかった。その頃、シャーリーはナリタでマオという謎の男と出会う。彼は人の思考を読むギアス能力者だった。シャーリーは彼に操られるまま、ある罪を償うため死を選ぼうとする。

ルルーシュとの契約を破棄して、マオの元へ戻ると言い出したC.C.。ルルーシュの制止を聞かず、彼の元から去っていく。C.C.はマオの目的が自分であることを知っていた。そして、責任を取るために再びマオと会うことを決意したのだ。指示されて向かった遊園地でC.C.は、マオに銃口を向けるが…。

警察に撃たれたはずのマオが生きていた。ルルーシュに復讐を誓ったマオはナナリーを誘拐し、制限時間内に彼女を救い出せるかどうかゲームをしようとルルーシュに持ちかける。危機を察したスザクは、ルルーシュと共に彼女の救出に向かう。何とか彼女を発見した二人だが、そこには巧妙なトラップが仕掛けられていた。

ブリタニア軍に捕らえられた藤堂中佐を救うため、四聖剣が黒の騎士団に協力を求めてきた。ルルーシュは彼らに藤堂の身柄奪還を約束し、チョウフ基地を攻める。その途中、ルルーシュはランスロットの猛撃に遭うが、黒の騎士団の新たな戦力がその攻撃を凌ぐ。遂に追い詰めた宿敵。だがそのパイロットはスザクだった！

ユーフェミアの騎士となったスザク。C.C.はスザクにギアスをかけるようルルーシュに提言する。それを拒み、ユーフェミアに奇襲を仕掛ける黒の騎士団。この危機にランスロットが出動するが、ルルーシュは自らを囮にそれを待ち受けていた！

式根島から離れたところにある孤島・神根島で目覚めたスザクは、カレンと遭遇し、彼女が黒の騎士団のメンバーであることを知る。そんな頃、神根島に漂着したルルーシュは、そこでユフィと出会う。一方、島内の洞窟では、シュナイゼルたちが謎の遺跡の調査を行っていた。この三組が遭遇した時に起きた出来事とは…!?

元枢木政権のメンバーだった澤崎敦がフクオカ基地を占拠し、「日本」として独立を宣言した。だが、それは中華連邦の傀儡に過ぎなかった。それに対し、ゼロは賛同せず、逆に黒の騎士団による真の独立国家をトウキョウに立ち上げると謳う。その頃、騎士を辞退したスザクは、単身ランスロットでフクオカに出撃するが…。

世間が澤崎政権壊滅の話題で持ちきりとなっている頃、アッシュフォード学園では学園祭が開催されていた。政情不安を吹っ飛ばすかのように、生徒会メンバーを始め学生たちは大盛り上がり！ だが、ユーフェミアの闖入により事態は思わぬ大騒動へと発展していく。

ユーフェミアの発案で、行政特区の立ち上げが決定した。驚喜するイレヴンたち。その記念式典にガヴェインで登場するゼロ。ゼロとして、そして兄としてユフィと対峙するルルーシュ。その時、それは起きた！

惨劇の式典会場。大混乱に乗じてトウキョウ租界に大攻勢をしかける黒の騎士団。ユーフェミアを救出すべく会場に突入したスザクはそこで…。エリア11と日本の未来をかけた戦いが始まった。

一斉蜂起したイレヴンたちを率いてブリタニア政庁を目指す黒の騎士団。それを迎え撃つべく出陣するコーネリア。その租界が突如崩落した。地盤を支える構造体自体を破壊するという恐るべき手段でブリタニア軍に大ダメージを与えたゼロは、混乱に乗じて敵本陣に突入する。そこにスザクも参戦。今、最後の血戦の幕が開く！

死闘の末にコーネリアを追い詰めたルルーシュ。だが狂乱のジェレミアが乱入！ 戦場が混乱する中、さらにナナリーの身に…。C.C.の助言を受け神根島へ向かうルルーシュ。果たしてそこが終焉の場所なのか！