「ケロロ さらば愛しきケロロ！ であります」家がネバネバしたエイリアンの巣のようになっていて驚いた冬樹たちは、ケロロを真っ先に疑うが…。
「ケロロ 滅亡へのカウントダウン であります」タンスの角に小指をぶつけて痛がる夏美を見たケロロは、ペコポン侵略にそれを利用しようと自走型タンスを開発する。

「ケロロ 新装開店スマイルセール！ であります」ケロロ小隊はケロン軍本部に地球侵略の期日を切られると、ケロロは侵略出来るプランを考える。
「桃華 お花見でラブラブ大乱戦！ であります」桃華は冬樹とラブラブな仲になるため、その桜の木の下に立った男女が結ばれると言う伝説の桜を西澤邸に持ってきて…。

「冬樹＆夏美 勝手に侵入者 であります」コソコソしていたケロロの後を付けていた冬樹と夏美は、突然消えたケロロを探すうちに地底都市に入り込んでしまう。
「ギロロ 趣味の時間 であります」ケロロは小隊を趣味のために一週間の有給休暇とするが、ギロロには趣味が無く色々と自分で趣味探しを始めるが…。

「夏美 恐怖の身体検査 であります」冬樹たちの学校で身体検査が行われることを知ったケロロは、こっそり生徒たちを測定し優秀な人材を探そうとする。
「冬樹＆夏美 姉弟大戦争！ であります」夏美と冬樹の兄弟喧嘩を止めようとするケロロ。だが、止めるのではなく、両者に思いっきり勝負をさせて…。

「タママ 独占！オトナの時間 であります」ガラクタの山で居眠りをしていたタママ。目が覚めると自分の尻尾が無くなっているのに気が付き…。
「冬樹＆桃華 ドクタークルルの島 であります」ゴールデンウィークに冬樹は桃華から誘われて南の島に行く。その途中、ケロロがうっかり緊急脱出ボタンを押して…。

「ケロロ ママ殿癒し系大作戦 であります」秋に肩タタキをしたケロロは秋から感謝され、お駄賃をもらった。それに味をしめたケロロは…。
「ドロロ 沈黙の暴走銀河特急 であります」ドロロの母親の乗った電車が原因不明のトラブルで暴走してしまう。列車ジャックの可能性があり、ケロロたちは救出に向かう。

「ケロロ すこしふしぎな特効薬 であります」正体不明の病気になったケロロ。いつもと様子の違うケロロをみんなで色々と看病して…。
「ケロロ すべての道はスターフルーツへ続く！ であります」高値で買えないお気に入りの果物「スターフルーツ」を楽に入手できるよう、ケロロは侵略会議でプランを練るが…。

「小雪 忍流パジャマパーティー であります」夏美は小雪を誘って「パジャマパーティー」をすることに。楽しそうにしている夏美たちが気になるギロロは…。
「夏美 ドッキリ家庭訪問！ であります」家庭訪問の日、秋は仕事で遅れると言う。仕方なく先生を迎える夏美だったが、そこへ秋に化けたケロロが現れる。

「クルル＆サブロー 出会いはお絵かきガチンコ勝負！ であります」
サブローの持つ実体化ペンのすごさを目撃したケロロ軍曹はクルルにもう一本ペンを作ってもらおうとするのだが…。

「ケロロ 戦え僕らのウェットルキング であります」夏美が大のなめくじ嫌いと知ったケロロは、「対日向夏美用兵器ウェットルキング」を開発して…。
「夏美 帰ってきたウェットルキング であります」意外な弱点により敗れたウェットルキング。しかし湿気の多い日に力を発揮するため、再度夏美の戦いを挑む。

「ギロロ あだ討ちするはわれにあり！ であります」タラバサワ人の兄弟に襲われたギロロ。どうやらミドリ色のケロン人がギロロを仇と教えたらしいのだが…。
「ケロロ またまたまたダソヌ☆マソ？ であります」ダソヌ☆マソの妹と名乗るダソヌ☆マリは小隊の元でバラドルの修行させてくれと訪ねて来て…。

「ケロロ ニョロロ対メカニョロロ であります」宇宙TV局「イベンタ大賞」に応募するため、ケロロは監督となり撮影を始めるのだが何かが足りず取り直してしまう。
「ケロロ ニョボと共に去りぬ であります」撮影で使ったメカニョロロを捨てるのはもったいないケロロはペット用のロボに改良して可愛がるが…。

「ケロロ ピカフロをねらえ！ であります」一番風呂に入ったことがないケロロ、いつも一番風呂の夏美に一番風呂を譲れと迫り…。
「モア おじさま日記 であります」ギロロは、なまけ気味のケロロに文句を言う。ケロロは自分が一生懸命やっている証拠を見せるためモアの日記で証明しようとして…。

「ケロロ 七夕に願いを！ であります」七夕の日、短冊を二人で書いた冬樹と桃華。冬樹の願いごとが気になる桃華は冬樹の短冊を手に入れようとして…。
「ケロロ 復活！怪傑ドーパミン であります」ケロロたちは、ケロロ音頭を流行らせるために伝説のラジオ番組「怪傑ドーパミン」を復活させるのだが…。

「幽霊ちゃん 学校へ行こう であります」夏美を怖らせようと、お化けの格好をして学校に潜入したケロロ小隊。だが、幽霊ちゃんを残して小隊の面々は寝てしまい…。
「クルル カレーの曹長さま であります」カレーで一儲けしようと企んでいたケロロは、肝心のカレーの味に失敗して店をつぶしかけてしまう。

「ギロロ 壮絶！夏合宿 であります」夏美たちとキャンプ場でバッタリ出会った小隊の面々。ギロロは小雪が夏美と一緒にいることが気になり…。
「ケロロ 土曜の丑の日をつかまえろ！ であります」夏バテして弱っている夏美にうなぎを食べさせまいと考えたケロロたちは、町中のうなぎを買い占めようとして…。

「ケロロ 土井中海岸リターンズ であります」土井中海岸に訪れた冬樹たち。夏美は賞品欲しさに男性水着コンテストに冬樹を無理矢理出場させて…。
「桃華 ひと夏の経験 であります」偶然、人生ガ二度アレバ銃の光線を受けてしまった桃華。大人になった桃華は恥ずかしがって冬樹と会うのを避けるのだが…。

「ドロロ くの一カララ シュシュッと参上！ であります」
サイボーグとなったバイパーが再び、ドロロの家を訪れるが、ドロロは出かけていなかった。その時突然、カララと友達のチロロがドロロに修行の成果を見せようとやって来るのだが…。

「クルル 呪いのDVD であります」クルルのDVDソフトを勝手に持ち出したケロロ。そのDVDをケロロは再生してしまい…。
「夏美 何がなんでも禁止よ！ であります」夏の暑さでイライラする夏美は、色々な禁止令を発動していた。ガンプラ禁止令を逃れようと考えたケロロは、夏美に取り入るのだが…。

「日向家 里帰り であります」日向家のみんなとケロロ小隊の面々は秋の実家、秋奈の家にやって来た。そこでケロロは次々と恐ろしいものに出会い…。
「タママとカメ であります」秋の実家に来ていたタママは近くの山でトレーニング中にノロマなカメと出会う。もくもくと歩き続けるカメが気になるタママは…。

「ケロロ 夏の宝物 であります」
ネットサーフィンで偶然、ドイナーカ星を見たケロロ軍曹は幼い頃の夏休みを思い出す。ケロロの夏の宝物、幼い頃の海賊バイパーの宝を探した夏の思い出を回想するのだが…。

「ケロロ 仁義なき回転寿司！ であります」人気の回転寿しのお店にランチを食べに来たケロロ小隊の面々。ところが平日のランチはお寿司の数が少なくて…。
「ケロロ 恐怖のザ・モスキート であります」ガラクタを整理中のケロロは、物質転送ポッドを見つける。ケロロは取りあえず試してみるのだが…。

「ケロロ＆夏美。 勇者はどっちだ?! であります」
ケロロ軍曹は侵略期日が迫り、現実逃避したくてクルルが発明したゲームの世界に入れるマシンを使ってRPGワールドに突入するのだが…。

「ケロロ こっそり月旅行 であります」侵略期日も残り18日となりあせるケロロ軍曹は、冬樹と夏美を連れて月に行き、タイムリミットカウンターを捨てようとするが…。
「ギロロ 台風侵略作戦決行！ であります」ケロロ軍曹はクルルの作ったマシンで台風の脅威を体験して侵略計画に使おうとするが…。

「ケロロ 最後は本気で神頼み？ であります」
侵略期限がついに9日にせまり焦るケロロは、最後の手段とばかりにおゲロ様の祠の前に行き、神頼みをするのだが…。

「キルル 破滅の使者 であります」
落雷のせいで壊れたタイムリミットカウンター。その拍子にカウンターの中から現れたのは伝説の破壊神・キルルであった…。

「ケロロ小隊 全員再起動！ であります」侵略期限をうやむやにしたケロロ小隊はコピーロボットに仕事を任せてデレデレと毎日を過ごしていたが…。
「ガルル小隊 かく戦えり であります」ケロロ小隊のコピーロボットの仕業で各惑星に被害が出て、その近くに居合わせたガルル小隊の面々が現場に行くが…。

「ギロロ 秘密の休日 であります」ギロロから突然の休暇届けを受けたケロロ軍曹は真面目なギロロの休暇の理由が気になり休暇中のギロロを尾行するが…。
「梅雄 運動会を支配せよ であります」運動会が近づきゆううつな冬樹だが、運動会の日曜日には裏でケロロたちが天候を操り雨を降らせようとしていた。

「ドロロ キッカケが大事！ であります」地球にやって来たルネ星人は、ケロロ小隊の面々をターゲットにする。だが、ケロロ小隊の面々は…。
「夏美 私の青い鳥 であります」夏美は家に飛んで来た喋る青い鳥を可愛がるが、秋は動物嫌い。夏美は何とか家で飼うため、ケロロに鳥を匿ってもらおうとする。

「アリサ 闇の狩人 ハロウィン大騒動！ であります」
冬樹は夢で不思議な少女の夢を見るのだが、夢と同じく最近ペコポン社会に紛れ込んでいる宇宙人たちが襲われる噂が広がっており…。

「ケロロ 風邪をひいたらアフレコだ!? であります」ある朝、ケロロは普通に目をさますが、ふと自分の声が出ないことに気付き慌てふためく。
「冬樹&クルル 秋葉原を行く であります」冬樹のパソコンが故障してしまった。それを見ていたケロロは、クルルたちと秋葉原へパソコンのパーツを探しに行く。

「カララ＆チロロ 七五三に753さん！ であります」突然、空からカララとチロロがやって来.た。どうやら753さんを和ませられず追いかけられ、逃げて来たらしく…。
「ケロロ たかが1粒されど1粒 であります」お米を大切にしないケロロに、ドロロはクルルと協力してお米の大切さを教えようとする。

「秋 温泉で大合戦！ であります」勤労感謝の日に、日向家とケロロ小隊の面々は日帰りで露天風呂に出かける。だが、温泉には猿が入っていて…。
「ケロロ それいけ！ケロロパン であります」手作りのパンを作った夏美。だが、ケロロはケロン星のパンの方がもっとおいしいと、ケロン星のパンを作って…。

「ケロロ ただいま！と言うまでが遠足だ！ であります」ケロロたちは日向家を誘って遠足を企画する。だが、買い出しに行ったケロロは、限定のガンプラを見つけて…。
「ケロロ 愛と悲しみのスキヤキ であります」遠足が失敗に終わったケロロ小隊。彼らは、スキヤキで挽回しようと材料の買い出しに行くが…。

「ケロロ ケロロショー であります」侵略をサボっていたケロロたち。このままではいけないと、自分たちの強烈なキャラクターを使って侵略しようと企む。
「冬樹＆散世 KGS再び であります」ケロロ小隊のスクープをかぎまわる、吉祥学園新聞部の月神散世。だが取材したメモをケロロに拾われてしまう！

「556 奥東京市は男の戦場 であります」
宇宙探偵の556。地球に来てから未だ事件の一つも依頼されたことの無い556の元にネコを探して欲しいと言う依頼が届く。その頃日向家では異変が起きていた！

「ケロロ小隊 年末調整大作戦 であります」年も終わりに近づき、侵略予算を大量に余らせてしまったケロロ小隊の面々。彼らは一斉に予算を使い切ろうとするが…。
「ケロロ ある男の戦い であります」ガンプラやマンガ、DVDなどのコレクションに囲まれるケロロ。そろそろ片付けようと手をつけるが…。

「ケロロ 奥東京氷河期 アリサが出た！ であります」
西澤グループ主催のクリスマスパーティーに向かったケロロたち。ところが、奥東京市全域が猛吹雪に見舞われてしまう。

「ケロロ お正月を返して！ であります」お正月を寝過ごしたケロロ。1月5日に起きて焦った彼は、お正月恒例のイベントをしようと動き始める。
「ギロロ 仕事初めはペコポン侵略！ であります」ケロロは人が変わったかのように、小隊全員を集めて侵略会議を始める。だが、ギロロはケロロを信用出来ず…。

「ケロロ 奇跡!?ケロロの父 であります」突然、ケロロ父から電話が入り今からそっちに出かけるとの連絡を受けたケロロ。慌てて父を迎える準備をするが…。
「日向家 沈没!? であります」ケロロは、ガンプラのジオラマ作りのために地面を掘り出す。その拍子に、地下から泥水が吹き出してきて…。

「ケロロ 鉄仮面伝説 謎のデカ耳 であります」
ひょんなことから、ウサギを拾って来てしまったケロロ。ところが日向家は秋が大の動物嫌いのためペットを飼うことができない。冬樹の提案で、学校のウサギ小屋で飼うことにしたのだが…。

「ウレレ 売れっ子侵略者 であります」中々すすまないペコポン侵略にケロン軍本部は、プロの売れっ子侵略者・ウレレをケロロ小隊へ派遣してきて…。
「ケロロ そしてやっぱり誰もいなくなった であります」ケロロ小隊全員に556から手紙が届く。そこには556の家にケロロを招待するとあったが…。

「冥 おぼえていますか？ であります」
夜に天体観測をしていた冬樹は、ケロロ小隊が敵性宇宙人らしき物体を退治しに行くのを見かける。だが、次の日冬樹がケロロにそのことを尋ねるとケロロは覚えておらず…。

「ポール 執事の一分 であります」西澤家の執事を引退する決意を固めたポールは、世界中から後継者を募集することにしたが…。
「ギロロ くれたのは誰？ であります」バレンタインデーにギロロは、テントの前に学校の机をおき夏美からのチョコを待っていた。すると、その机にチョコが入っていて…。

「小雪 時代劇ワンダーランドに君と であります」時代劇ワンダーランドにやって来た夏美たち。小雪と夏美は『まぼろしチュー兵衛さま』目当てで来たのだが…。
「ケロロ 怪傑チュー兵衛さまに飛びつこう！ であります」『まぼろしチュー兵衛さま』に飛びつくことが出来なかったケロロ。心残りなケロロは…。

「アリサ エイリアン対モンスター であります」
宇宙人街で緊急発表があり、多くの宇宙人失踪はアリサの仕業の可能性が高いと宇宙警察のポヤンから連絡が入る。だが、それを聞いたケロロ小隊は…。

「ギロロ 旅立ちのとき であります」
ケロン軍本部からの通達を受けたギロロ。別小隊の隊長となって別の惑星侵略に行かなくてはならなくなるギロロだが…。

「散世 ホワイトデーをチェック！ であります」冬樹の動向をチェックしていた散世。冬樹がホワイトデーのお返しを一個多く買っていることに散世は気付き…。
「冬樹　ご利用は計画的に　であります」こっそりケロボールを使って遊んでいた冬樹。だが、ケロボールを落とした拍子に変なスイッチを押してしまい…。

「ケロロ 出没！アド星ック天国 であります」
全宇宙で人気のテレビ番組『出没！アド星ック天国』の制作に携わったとしてみんなをリビングに集めたケロロ。そして、そのことを自慢するケロロであったが…。

「ケロロ　ケロケロ作戦 第100号 であります」
小隊全員を集め、次回の作戦が記念すべき100回目の作戦だと皆に告げたケロロは、ねぎらいの会を開く。そこでケロロたちは、作戦を練るのだが…。

「ケロロ さらばケロロ軍曹 であります」
超巨大侵略獣からペコポンを守るため、ケロロ小隊は戦いを挑む。果たして、ペコポンとケロロたちの運命はいかに!?