12年前、リムガルド王国で起こった事件は大きな謎を残したまま、人々の記憶から忘れ去られようとしていた。時は流れ、ユイとレナの二人姉妹はエナストリア皇国で平穏な日常をおくっていた。そんなある日、1体の巨大メカがエナストリアを襲う。この日を境に少女達は運命の渦へと巻き込まれていくのだった。

埠頭での戦闘の翌日、事件の真相には触れないまま、ユイはエナストリア女皇として記者会見に応える。気丈に振る舞うが、レナの告げた、リムガルド・フォールとの繋がりと今回の事件の真相にユイは戸惑う。レツに励まされ元気を取り戻すが、そんなユイの前に、イングリッドと名乗る謎の女性が現れる。

敵レガリア・ギアを退けたかに見えたアレクト。しかしレナに突如異変がおこり、気を失ってしまう。アレクトに追撃を加えようとするヨハン。そんな中ティシスが現れ、アレクトに斬りかかる。レナがなんとか意識を取り戻すと、ティシスはそれを見て決着をつけず去ってしまう。事件の翌日、祭りの準備で賑わう街でユイとレナはサラとティアと出会う。

2度の事件以降、ユイ達は調査を続けていた。建国記念日を間近に控えたある日、リムガルド王国侍従武官であったアーベルがユイとレナのもとを訪れる。「レナ様の身柄を私に委ねて頂けないでしょうか」 アーベルの提案に対し、レナを渡すことはできないとユイは断固として拒否するが、アーベルはユイにその覚悟を問うのだった。

自分達の弱さと向き合い、皆に支えられていることに気づいたユイとレナ。二人はアーベルにもう一度会うことを決め、ある計画を立てる。悩みながらも自分らしいエナストリア皇国女皇としての在り方を見つけるユイ。そして建国記念日当日、決意を固めたユイとレナはアーベルと再び対峙する。

ひとときの休息を楽しむユイ達のもとに、レガリアを名乗る者から謁見の申し出が舞い込む。ユイ達は申し出に応じ、アフマルガルド共和国大統領タラキの案内のもと、古より聖域と崇め奉られてきた場所へ向かう。そこで多くのレガリアの残骸を目にした一行は、さらに足を進めた先で、エンキのレガリアのロウと契約者のリューと出会う。

旧リムガルド王国へ向かう途中、空を飛ぶヨハンのレガリア・ギアの襲撃を受けたユイ達。慣れない空中での戦いながらもヨハンを退け、無事地上に降り立つ。ユイ達は12年前の事件が起きた施設に辿り着くが、そこにケイが現れる。ケイに導かれ施設の奥に進むとイングリッドが待ち受けていた。

イングリッドの言う“共鳴”の意味を考えるユイ。レナとティアはケイを助け出そうとする中で、12年前のケイの記憶に触れ真実を知る。一方、レナとティア抜きではレガリアの力を十分に発揮できず、ヨハンに追い詰められていくユイとサラ。絶体絶命のその瞬間、イングリッドがある意外な行動に出るのだった。

アレクト、ティシス、メガエラの3体の力でヨハンを撃退したユイ達は、イングリッドとケイをエナストリアに迎え入れる。戸惑うイングリッドだったが、ケイに促されてひとときの団欒を過ごす。イングリッドはユイに、ユイの母との思い出やアーベルのことを語る。そしてユイの母からの手紙がたった一つの心の支えだったことを。

ユイが目を覚ますとそこは自分の部屋だった。レナ達は見当たらない。アオイに訊ねると、何故かレナ達のこと自体を知らないと言う。それどころか、気づくと今度はユイ自身が皆から忘れられ始めていた。帝居にも入れず、アオイとも連絡がつかなくなり、親友のレツでさえも自分のことを覚えていない事実にユイは愕然とする。

ルクス・エクスマキナに残されたメガエラは、3体の巨大レガリア・ギアを相手に苦戦を強いられていた。しかも、その内の一体には、ヨハンに体を操られたサラとティアの姉・ノアが乗っていることも判明する。レナによく似た謎の少女の力借りて、ユイとサラとティアがその場に駆け付けるのだったが…。

ティシスとメガエラの活躍で、捕われた人々の魂を解放することに成功する。しかし、ヨハンが召喚したレガリア・オフルマズドの圧倒的な力の前に為す術もない。これまでかと思われたその瞬間、黒い球体が現れオフルマズドの攻撃を無効化する。球体の中から現れたのは、最早助からないと思われていたアレクトだった。

巨大な殻を捨てヨハンのレガリア・オフルマズドは真の姿を見せる。対するアレクトは黒い炎に包まれ、限界を迎えていた。サラ、ティア、イングリッド、ケイ、ノアも見守ることしか出来ない。絶望的な状況の中、諦めかけるレナ。だがユイは違った。皆の思いを明日に繋げるために、ユイとレナは最後の戦いに挑む。