ケータのクラスに、幼なじみのヒノキが転校してきた。学校を抜け出し、地下遊園地で発生した大量死亡事件の調査に向かうヒノキ。ケータもまた、その事件現場に迷い込んでしまった。ケータは成り行きで、ヒノキとともに調査用ロボット・覚醒人1号に乗り込むことになるが…。

突如現れたベターマン・ラミアは、巨大生物ネブラへと変貌、覚醒人を護るかのように戦った。戦いが終わった後、有限会社アカマツ工業へ連れて行かれたケータは、覚醒人のヘッドダイバーとなることを依頼される。そして、回収されたベターマンのデータを解析する作業が始まった。

デュアルカインドとしての資質を調査するため、ケータはアサミ、ヒノキとともにモーディワープ本部へと向かっていた。しかし、空中の輸送機内部でも、何者かの陰謀がケータたちを襲う。襲い来るのは、機内を占拠したダミー人形たちである。そこへ、またもベターマンが現れた。

検査の結果、ヘッドダイバーとなったものの、ケータは普通の日常に戻っていた。だが、モーディワープ本部から帰ってきて以来、ヒノキがなぜか素っ気ない。放課後の校舎内で、そんなヒノキに、ガスバーナーを持ったマスク姿の男が襲いかかる。ケータは必死に駆けつけるのだが…。

モーディワープ・フランス支部から帰国したヤナギ、カエデとともに、ボトム・ザ・ワールドの再調査が開始された。だが、ケータとカエデが乗る覚醒人が地下深くへ呑み込まれてしまう。その後を追ったヤナギとヒノキのフランス製ニューロノイド・ティランに、覚醒人が襲いかかる。

すべての元凶たる事件が起こったアジャンター石窟を再調査するため、ケータたちはインドへやってきた。しかし、先行していたモーディワープの調査隊はすでに行方不明だ。石窟へと脚を踏み入れたケータたちを襲う、悲しい幻覚の数々。そして、巨大な怪生物ベヘモットが現れた！

ベヘモットの前にネブラは敗れた。さらに不気味な生物に襲われたケータを、鎧のように大トカゲをまとった少女が救う。覚醒人とティランで地上への脱出を目指すケータたちに、またも追いすがってくるベヘモット。だが、ベターマンの新たなる姿フォルテが、ベヘモットを迎え撃つ。

インドへの旅がたたって入院してしまったサクラを、見舞いに行くケータ。しかし、看護婦たちが毒液に浸した鋭い爪で、いきなり襲ってくる。怪しい女医の魔の手からサクラを救い出したケータは、暗い部屋に逃げ込んだ。だが、そこには新たな異形の怪物サラマンダーが潜んでいた。

アルジャーノンの被害者を収めたカプセルが、海上に運び出されたらしい。だが、海上保安庁の巡視船が連絡を絶ち、調査を依頼されたケータたちが出航する。しかし、ヒノキとカエデのティランが海の怪生物レヴィに捕まってしまう。サクラがケータとともに覚醒人に乗るのだが…。

覚醒人の検査に立ち会うため、深夜までアカマツ工業で待機させられるケータとヒノキ。しかし、いきなり停電が起こり、闇の中に蟲の大群が現れた。蟲たちはモーディワープの作業員を食い尽くし、ケータたちに襲いかかる。追いつめられたアカマツは、オヤジの意地を発揮する！

ケータやヒノキの神経は、限界に近づいていた。アカマツ工業もモーディワープとの契約を打ち切ることになり、ケータとヒノキの後任のヘッドダイバーも決定した。覚醒人とティランの引き渡しのため、ホタルイカへ向かうケータたち。だが、アサミの消息が途絶えたとの連絡が届く。

アサミは北海道のBPLにいるらしい。新ヘッドダイバーと特殊部隊を送り込むモーディワープ。覚醒人を現地で引き渡すため、同時に釧路を目指すケータたち。だが、蟲の大群に襲われ、モーディワープの部隊は全滅してしまう。不時着したケータたちは覚醒人で蟲と戦うことになる。

BPLを舞台に、覚醒人とメデューサ、ティランとヘラクレス、ネブラとイカロスの戦いが続いていた。ようやくUMAに勝利し、これまでの事件に決着をつけるべく、ついにBPLに乗り込んでいくケータたち。そこで彼らが見たのは、アニムスの花が栽培されている光景であった。

梅崎博士の眼前で動きを封じられたラミアを救ったのは、もう一人のベターマン、ルーメであった。バイオキノコに続いて、ベラドンナまで焼き尽くすルーメ。しかし、最強のUMA、キングベヘモットが出現する。哄笑する梅崎博士を倒したのは、意外にもチャンディーであった。

釧路でかわした約束の通り、ケータとヒノキは鎌倉へデートにやってきた。初デートにぎこちない二人だったが、ヒノキはケータを家族と暮らしていた家へ連れて行く。そこへ現れる、謎の老人ヤクスギ。そして、ラミアはもう一人のベターマン・ボダイジュと再会していた…。

ラミアとボダイジュはネブラとトゥルバになり、死闘を繰り広げていた。一方、ヤナギがアカマツ工業から無断でティランを運び出す。フランスで行方不明になったという初期型ティランが迫っているのだ。初期型ティランのドゥジには、ヤナギとの悲しい因縁が秘められていた…。

ボダイジュとの戦いに傷ついたラミアは、セーメの呼びかけに応える余裕もなく、眠りについた。だが、それは恐ろしい悪夢に囚われた瞬間であった。ラミアだけでなく、ケータやヒノキたちもまた、出口のない悪夢に苦しめられる。その精神攻撃に気づいたのは、ヤクスギであった。

アカマツたちは、カクタスの遺体が安置されている富士樹海の生医学材料センターを訪れていた。その近くのキャンプ場には、ケータとヒノキもやってきていたが、助けを求めるメッセージが届く。あわてて、センターに駆けつけた二人に、人肉を喰らおうとサクラやアカマツが迫る。

学園祭目前で忙しいケータやヒノキたち。ミラーハウスの準備をしながらも、二人の仲は近づきつつあるようだ。その頃、株式会社超人同盟の代表取締役である魔門という人物が、カエデをヘッドハントしようとしてきた。アカマツやサミは、魔門が一連の攻撃の黒幕であると気づく。

カンケルと遭遇したボダイジュは、すでに滅ぼされてしまっていた。一方、アカマツたちはケータとヒノキには知らせずに、超人同盟の本社ビルに乗り込んでいく。それぞれの能力で罠を突破していくアカマツたち。だが、超人同盟は警官隊を操り、アカマツ工業を襲撃させていた。

亜ブラフマンはヤクスギを倒したものの、ポンドゥスの実を喰らったパキラ老によって、滅ぼせられていた。だが、そこへ出現したカンケルがパキラ老を滅ぼしてしまう。錯綜する状況の中、ケータたちは魔門を追う。しかし、魔門はカエデの力を利用して、ついに真ブラフマンとなる。

真ブラフマンを巻き込んだヤクスギの自爆は、辺りを瓦礫の山と化していた。だが、それでも真ブラフマンは滅びていない。ヒノキに真ブラフマンの分析を頼み、ヤナギとカエデはティランで絶望的な時間稼ぎの戦いを挑む。二人に信頼されたヒノキは、ついに正面から戦う決意をする。

一時の平和の中、アカマツ工業ではクリスマスパーティが行われていた。その中で、ヤナギとカエデは子供ができたことを発表、その場でささやかな結婚式が挙げられた。そのパーティからの帰り道、ケータはヒノキを自宅に誘う。だが、現れた謎の男に、ヒノキはさらわれてしまう。

サクラのリミピッドチャンネルによって、ヒノキが連れ去られた場所はモーディワープ本部であることがわかった。だが、本部は数時間後に、国連軍による空爆で消滅させられることになっていた。それでも旅立つケータたち。しかし、そこにはブロッサムの部隊が待ち受けていた。

リンカージェル貯蔵槽で、ケータはヒノキを見つけ出した。そこに現れた魔門がアルジャーノンの真実を語り出す。真ブラフマンとなった魔門を倒す、ベターマン・ラミア。だが、今度はカンケルが出現し、ネブラの身体を貫く！ ついにカンケル発生の真実とその正体が明らかになる。

脳内のロリエの協力で覚醒人を動かしたケータは、カンケルに立ち向かう。さらに、アサミは自分たちこそがアルジャーノンの発生源であったことを知らされていた。そして、ついに国連軍によるモーディワープ本部への空爆が開始された中、ラミアは最強最大の姿へと変身する！