中学生になったリクが初めて出会った地流闘神士ヤマセ。ヤマセは式神ツクモを降神させ、ソウタロウが闘神符で守る社を襲撃する。リクは神操機を手に、コゲンタを召喚する。

意識不明で入院したソウタロウ。リクとコゲンタに関心を示す同級生リナ。地流ウジヤマがリクたちに襲いかかり、それを見つめる謎の式神の姿が…。

モモ・リナと共に印を探しに出たリクたち。しかし、そこには地流ミササが待ち構えていた。リクは新しい印を見つけられるのだろうか。

マサオミから新たな印の場所を聞くリクたち。そこへの道でイソロク使いのテルと出会う。地流二人組もテルを追って現れた。苦戦するコゲンタにイソロクも加勢する。

地流を裏切ったソーマに追っ手が出される。追いつめられたソーマたちの戦いに、リクが参戦。その頃、ユーマとランゲツはマサオミ・キバチヨ組と激しい戦いを繰り広げていた。

ソーマはリクと暮らす事になった。リクは伏魔殿の外周部で闘神符を発見。追ってきたゴンパチと式神ライデンに対して、闘神符をうまく使う事ができるか。

ボート部で来たダム湖で、新たな印を発見。しかし、式神ミソヒト相手にその技が発動しない。焦るリクだが、リュージの助言を思い出す。

安穏としたリクにあきれ、飛び出すソーマ。そこへ地流の追っ手キリヒトと式神ミンゴベエが迫る。自分を守るリクに、ソーマは兄の姿を重ねる。

コゲンタがリクに「百鬼滅衰撃」の印を教える。それはコゲンタの「気力」を消費する危険な技だった。そんな技は使えないと、リクは闘神士としての勉強を始めるが、新たな敵イゾウと式神フジは強敵だった。

ソウタロウの言葉に従い、京都に旅立ったリクとコゲンタ。訪れた天流ゆかりの新太白神社で、リクはナズナという巫女に出会う。

天流闘神士テルと再会するリク。地流はイゾウに部下二人、シノノメとカスミをつけて送りこんできた。苦戦するコゲンタにイソロクとホリンが加勢に入る。

伏魔殿を探索するマサオミはヤクモに出会う。一方、リクたちの元に修行を終えたユーマが襲来。ランゲツに追いつめられ絶体絶命のコゲンタに異変が起こる。

気力を使い果たしたコゲンタは休息する。その間、モモたちと京都散策に出かけるリク。コゲンタはリクと出会ってからの日々を回想する。

ナズナが月の勾玉を持って天神町に来た。伏魔殿に入った彼らは同じく伏魔殿捜索中の地流モズとカンナに遭遇。彼らが探していたのは「闘神石」という不思議な石だった。

地流の目的は闘神石を集めての鬼門構築。ソーマはミカヅチの野望を阻止すべく、伏魔殿に入るリクに同行する。そこで兄ユーマの許嫁ミヅキと再会する。

修行を続けるテルがリク・ソーマと伏魔殿へ。そこで出会ったのは地流のモズ・キクサキ・イゾウ。その頃、別行動のマサオミも独自に伏魔殿の探索を続ける。

リクについて伏魔殿に来たボート部一行。そこで出会ったのは水中戦に長けた地流ムツキとダイカン。リクとコゲンタは地流のコンビプレイに苦戦を強いられる。

今日も練習に余念がないボート部一同。そこへマサオミがやって来て、強引にリクを伏魔殿へと連れ出す。訪れたそこは巨大な城塞が建ち並ぶフィールドだった。

テルの求めに応じてやって来たのは温泉宿。その街では妖怪ドバエが出没していたのだ。リクたちは人々を守るために、闘神士本来の仕事＝妖怪退治に取り組む。

伏魔殿に進入したリクたちの前に現れたのはイゾウ。雪辱に燃えるイゾウは地流本部から持ち出した闘神石をフジに埋めこみ、強制的に大降神を引き起こしたのだった！

マサオミはリクの危機を知ると、ナズナたちと伏魔殿に向かう。その頃、リクは遭遇した謎の闘神士タイシンに追われていた。絶体絶命の危機に陥ったリク。そこに闘神機を構えた男が現れた。

伏魔殿で修行に励むリクは、美しい庭園のフィールドに遭遇する。不思議と見覚えがあったその場所に、闘神石を探しに来た地流ガイタツと式神ナナヤが現れ、その場所を破壊しようとするのだった。

漏れ出る妖怪を気にもかけず、大鬼門完成に力を結集するミカヅチ。雪辱に燃えるユーマはリクとコゲンタに戦いを挑む。

眼を覚ましたリクは、コゲンタと出会ってからのすべての記憶を失っていた。大切な何かを無くしたという思いがあるリクはマサオミに教えられた名落宮へと赴く。

リクは千年前から来た天流宗家だった。ヤクモはリクに「ウツホ」という存在と「神流」という謎の流派を知らせる。名落宮に封印した零神操機を回収したヤクモにタイシンと式神マガホシが襲い掛かる。

リクは地流本部でついにミカヅチと邂逅。リクの前に立ちふさがるのはユーマとランゲツ。激しい必殺技の応酬の果てに、大降神化する二体の式神。そこへマサオミが現れる…。

大鬼門のせいで季節はずれの雪が降る。マサオミは神流の仲間にリクの説明をする。リクは妖怪・土蜘蛛と遭遇し、退治する。そして、なぜかモモとリナが神操機を持って…。

地流は大鬼門に続き、四部長が各所で「四鬼門」の開放を目指す。伏魔殿では記憶を失ったミヅキがユーマを恐れ、マサオミが幼い日を回想する。そして式神ヤタロウがヤクモに襲いかかるのだった。

鬼門で出会った地流スバルと式神ホウシュンは、別れたくないばかりに戦いを避ける。流派を越えた絆が生まれたかと見えたその時、タイザンが現れ…。

四鬼門の一つ、四国八十九カ所目の霊場に飛ばされたリクとコゲンタ。待ち構えるのはナンカイとナマズボウ。三十年コンビの実力にリクたちは大苦戦。

伏魔殿をさまようユーマと記憶を失ったミヅキ。ソーマは飛鳥家の悲劇をリクに語る。ユーマの前には神流闘神士のショウカクとゼンジョウが立ちふさがる。ユーマはミヅキを守る事ができるのか。

秋だというのに夏の浜辺でバイトにいそしむテル。その浜で、砂が砂金に変わる事件が発生。妖怪・邪宝船の仕業だ。それは宝物で人々を惑わし、近づいたところを捕らえてしまう恐ろしい妖怪だった。

授業参観が迫る。沈みがちになるリクの前に地流ムラサメが現れ、リクの両親を伏魔殿で保護したと伝える。ソーマたちは罠だと警告するが、ムラサメの申し出を受ける事にするリクだったが…。

伏魔殿から帰還しようというユーマたちの前にはマサオミが立ちふさがる。ミヅキだけは送り届けるから倒されろというマサオミに、ユーマは激昂。ランゲツとキバチヨの激しい戦いが始まる。

帰還を果たしたユーマはミカヅチと戦い一蹴される。一方、ボート部は全国大会進出を決める。そこへ地流ムツキとマドカが現れ、式神コウフクを疑似大降神させ、リクたちへ襲い掛かる。

折れるはずのない虎鉄が折れてしまった。リクたちは虎鉄を直すため、琵琶湖に近い幽海山を目指す。そこで彼らを出迎えたのは闘神士を持たないはぐれ式神の“玄武のコロク”だった。

地流大鬼門に異変が起こり、駆けつけたユーマにミカヅチは「タイザンを倒せ！」と一喝。一方のリクはマサオミに連れられ、四鬼門の一つ恐山に赴く。守る地流クレヤマとの激しい戦いが始まる。

千年前の真実に打ち負かされるコゲンタ。九州の筑豊では地流を陥れたタイザンをユーマが打ち破るが、神流墓所で戦うヤクモの眼前で、ウツホの封印に異変が起こる。

ミカヅチ＝イツムの力の前にユーマが窮地に。そこへ現れたリク・コゲンタと力を合わせるが、逆に撃破され、神操機を破壊されてしまう。しかし、二人の式神との絆は新たな力を…。

新たな力を手にしたコゲンタとランゲツ。しかしイツム＝ミカヅチは逆式化したそのままに大降神する。迎え撃つリクたちはそれぞれの式神との堅い絆で極神操機を通し、究極の力を発動させる。

ミカヅチを倒し、ようやく節季は元に戻る。皆が去り、寂しさを覚えるリク。一方、ユーマは、父と衝突。勘当された彼が向かった先は天神町。わだかまるものを抱えた二人が極神操機を構えて対峙する。

ウツホが復活し、地上では人々が石化していく。問題を解決するため、伏魔殿に入ったリクは神流のタイシンとゼンジョウを圧倒する。だが、それを見たマサオミの神操機が極神操機へと生まれ変わる。

超降神どうしの戦いはウツホに制止され、引くマサオミ。地上ではボート部が社に避難。ウツホを目指すリクとユーマの前には、ショウカクとタイザンが現れ、タイザンは千二百年前の「事件」を語る。

ユーマとはぐれたリク。そこへショウカクが現れ、リクたちがウツホの封印を解いたのだと明かす。リクを追うヤクモたちは妖怪に追われる女性を保護したが、そこに現れたマサオミに戦いを挑まれる。

捕らわれたナズナを助けるためにソーマが走る。ついにフサノシンを大降神させ、救出に成功。そこにテルも駆けつけるが…。ウスベニに対峙するヤクモの前にマサオミが…。

四大天の力を得たウスベニにヤクモは苦戦。変わり果てた姉。マサオミはウスベニを倒す。ついにウツホは世界を滅ぼすべく行動を開始する。

信じたものに裏切られたマサオミはリクと再会。変わらぬリクの態度に慰められ、決意を新たに。空を支えるヤクモを守るべくソーマたちが戦う。ボート部も戦う（？）。

ショウカクが四大天の力で襲いかかり、守るソーマたちにユーマとランゲツが加勢。元の天流宗家にして千年前の事件の張本人ライホウがリクとコゲンタの前に立ちふさがる。

ライホウの罠、それはウツホの作りし甘やかな幻影。しかしリクは惑わされる事なく、ユーマと共に戦う事を選ぶ。一方、マサオミも兄とも慕うタイザンに戦いを挑む。

リクとユーマにソーマたちが合流。しかし、次々と式神を降神させるウツホは、ホリンやフサノシンさえ意のままに操り、圧倒する。そして、リクとユーマだけが取り残され…。

リクとユーマに、マサオミが共闘する。道具のように式神を使うウツホを追いつめる。ウツホの記憶が暴走し、リクは彼の絶望を知る。ウツホの怒りに、コゲンタとランゲツ、キバチヨも消滅し…。

生身でウツホに対峙するリクとユーマ。消滅したはずの自然が蘇り、式神たちが元に戻る。ウツホは自らの非を悟り、すべてを旧に復する。そして、戦いを終えたリクとコゲンタは…。