このみの両親に頼まれて、一晩だけこのみを預かることになった貴明。彼は現在一人暮らし中だった。貴明にカレーを作ったり、高校の制服を見せたりとはしゃいでいたこのみも、夜になると急に寂しさを覚え、貴明の布団へと潜り込む。そして、ついに高校の入学式。このみは貴明との高校生活を夢見ながら高校へと向かう。

雨宿りのために友人の向坂雄二宅にやって来た貴明は、そこで絶世の美女と出会う。その後、その美女に圧倒されっぱなしの貴明だったが、ふとその女性のことを思い出す。その女性とは、幼い頃によく遊んだ雄二の姉・環だった。思わず逃げ出そうとする貴明に環は「ただいま〜」とうれしそうに抱きつくのだった。

クラス委員長になった愛佳は、図書館に関するアンケート実施や書庫の整理などをがんばっていた。そんな彼女を見るに見かねて、貴明は書庫の整理を手伝い始める。お互い「異性が苦手」という共通点を見つけた二人は仲良しに。そんなある日、愛佳は図書委員長から委員以外の人間には整理を任せられないと言われてしまい…。

自転車での激突など、立て続けに貴明が関わってきた由真は彼の自分に対する挑戦状だと勘違いし、張り合い出す。だが彼女は勝負事で貴明に勝利しても心が晴れない様子。家業を継ぐため、退屈な勉強に耐える日々を送っていた由真は、それが重荷になっていたのだった。そんな彼女を元気づけるために親友の愛佳は…。

UFOやUMAを研究する同好会「ミステリ研究会」を設立した花梨は、新入会員の勧誘に苦戦中。そんな花梨が目をつけたのは貴明だった。アンケートと称して入部届けにサインさせ、強引に貴明を入部させてしまう花梨。さっそく貴明と共に裏山にUFO探しに出かけた花梨。だが、二人は道に迷ってしまい…。

貴明たちの学校にるーこと名乗る少女が転入してきた。彼女はグラウンドに絵を描くなどの奇行で目立っていた。そんなるーこに着目した花梨は、貴明に彼女の調査を命じる。るーこの尾行を開始した貴明は、そこで野良猫の世話を焼く彼女の優しさを知る。貴明は彼女をそっとしておくように花梨に告げるが…。

「ミステリ研究会」会長の花梨は天体観測会を企画する。会員の貴明は、彼女に頼まれて参加者を集めることに。一方、花梨は以前から興味のあったるーこを観測会に誘うのだった。そして観測会当日、花梨は集まった面々に、UFOを呼ぶことが観測会の真の目的だと告げる。花梨は戸惑う皆をよそに、UFOを呼ぶ儀式を行い…。

ある日、通りすがりの貴明に助けられた珊瑚は、すっかり気に入り彼を捜すことに。一方、貴明におんぶされている珊瑚を見た瑠璃は、彼を痴漢だと決めつけ、珊瑚とは別の目的で彼を捜し始める。先に貴明を発見したのは瑠璃。痴漢の容疑で職員室へと連行された貴明は、瑠璃が珊瑚の双子の妹だと知らずに大混乱に陥り…。

貴明のことが許せない瑠璃は、彼に決闘を挑むものの、珊瑚に止められてしまう。瑠璃は通じぬ想いを胸に秘め、一人悲しみに暮れていた。そんなある日、雄二の提案で貴明と珊瑚が遊園地へ行くことに。雄二は瑠璃も誘うのだが、彼女はその誘いを断ろうとする。でも結局、瑠璃も渋々同行することになって…。

姫百合家で働くことになったメイドロボのイルファ。珊瑚はイルファを貴明と瑠璃に紹介した。イルファに無関心な瑠璃に対して、貴明はイルファを女の子として扱っていた。そんな貴明をからかう瑠璃だったが、逆にイルファにたしなめられて気分を害してしまう。その晩、イルファが瑠璃の仕事である料理をしてしまい…。

環は野点の開催を計画し、貴明たちに参加を約束させる。貴明と交流のある女の子を訪ねて、招待状を渡す環。その帰り道、偶然貴明と会った環は、幼い頃によく遊んだ河原に彼を誘う。昔話に花を咲かせる二人。だが、もう子供の頃とは違うという環は、翌日の野点の時、一同を前にしてあることを告げるのだった。

貴明の教室で、珊瑚と仲良くする貴明を目撃してしまったこのみ。その後、さらに悪いことにこのみは、珊瑚と瑠璃とのダブルデート中の貴明を目撃してしまう。翌日、貴明とまともに顔を合わせれなかったこのみ。まだ貴明のことで迷っているこのみは、母の外出により貴明と二人っきりになってしまい…。

朝の出来事以来、貴明とこのみの間でギクシャクした関係が続いた。そんな折、貴明に母親から連絡が入り、大学進学を機に父親の赴任先に行くよう促される。悩む貴明の前に環が現れ、高校生活が終わったらこのみと二度と会えないかもしれないと忠告される。貴明は環の言葉で目が覚め、このみに思いを伝えようと走り出し…。