リンナ・ヤマザキは遂に念願の東京にやって来た。今日は初出社の日。先輩OLたちは気さくな人たちだし、新生活はまさにバラ色だと思っていたら、とんでもない間違いだった。凶暴化したブーマ（亜人）が突然、リンナを襲う。その時、夜の闇を引き裂き「彼女」が現れた!!

いきなり初出社の日から、すごい日になってしまったリンナだったが、命の恩人の正体を探る為、早速行動を開始した。メンバーの1人と思わしきプリスを突き止め、後を付けるも怪しき地下ブースに迷い込んだリンナ。この先にいったい何が……。

リンナはナイトセイバーズのシミュレーションを体験するも、そのバトルは尋常では無かった。メンバーの1人であるネネにその思いを打ち明けるリンナ。そんな時、街にブーマが出現。通りかかったプリスが応戦するが、丸腰だった為に苦戦を強いられる。そんな時、ついにリンナが出動する!!

初めての戦闘で張り切りすぎたリンナは、エネルギーを使い果たしてしまい動けなくなってしまった。ブーマが序々にリンナに迫る。完全にエネルギーが尽きてしまうとハードスーツに強制リセットが掛かってしまい、リンナは無防備になってしまう。絶体絶命のその時、颯爽と現れた影は……。

工場で暴れまくっているブーマに立ち向かうべく、その前に立ちはだかるナイトセイバーズ。敵のブーマは周りに置いてある工作機械や電気までも取り込み肥大化していく。苦戦するプリスたち。その頃、単独で行動していたネネは配電室に向かい、電源をカットする事でブーマを倒そうと試みるが……。

ADポリスの罠に嵌まってしまい、窮地に陥るプリス、ネネ、リンナ。既にブーマとの一戦を終えたばかりの彼女たちには残りのエネルギーもあと僅かしかなかった。プリスが単独決戦を挑むも逆に囲まれてしまい、絶体絶命のピンチにたたされる。その時、白銀のスーツに身をまとった人影が現れた!!

ある海底で実験中だった、遠隔操作用ブーマ「モート」は街をさまよっていた。それはある技師の男が、長く合っていなかった妻に出会う為に遣わしたものだった。しかし、たどり着いた先で妻の浮気現場を目撃してしまったモートは暴走。それに合わせナイトセイバーズも行動を開始するが……。

最近になって多発するブーマの失踪事件。発見されたブーマはみな何かに押し潰されているようになっている事から謎は一層深まるばかりだった。そんな中、マッドブーマが現れたとの報告が入った。ナイトセイバーズが現場に出動するが、そこに現れたのはブーマ失踪事件に関わる「奴」だった。

ある日、プリスはTVでのインタビューを受けていた。照れながらも質問に答えるプリスに、ADポリスのレオンは彼女に熱を上げていた。しかし、プリスのそっけない質問にレオンは敢え無く轟沈。その一方でマッキーは、シリアのもとを離れる事を決意していた。そしてまた、一体の暴走ブーマが現れた。その正体とは……。

ADポリスが現場に到着し、敵の巨大生物から撤退するナイトセイバーズ。ネネは戦闘中に起きたミスの事を悔やんでいた。その一方でプリスはネネをメンバーから外す事をシリアに進言していた。その頃、ADポリスでは怪物捜査を突然打ち切られていた。それに憤りを感じたレオンとデイリーは自分たちだけで捜査を開始した。

実家へ帰省したリンナは、両親の仕組んだお見合いをすることになってしまった。だが、そこに現れたのはなかなかの好青年。早くもリンナの心は動いてしまう。その一方、未来のエネルギー問題に対する期待の策「シュウハムプロジェクト」が進行しつつあった。この計画にもゲノムコーポレーションの野望の手が伸びて……。

重火器を装備し現れたブーマに対し、出動するナイトセイバーズ。その現場で、大火力を武器とするブーマに単身で立ち向かうプリスは、苦戦を強いられていた。ハードスーツのバッテリーも底をつき、ピンチが訪れる。もはやこれまでか、と思われた時、颯爽と現われた助けの手。この正体はいったい誰なのか！

シリアは中華街で、全ての事件の発端となる施設・ウイズラボの所在についての情報を得る。彼女のめざすそのラボは、震災の影響でどこか地下深くへ押し流されているのだ。一方、マッキーに不信感を抱いたネネは独自に調査を開始。その過程で彼女は、7年前の大地震に関する秘密をつかむ。その秘密とは……。

廃墟と化した地下の一角で、プリスとリンナはついにウイズラボを発見する。プリスを地上へ戻すシリアだったが、彼女は仲間たちにだまって単身ラボへと向かう。シリアは、その秘められた過去に起きた事件の復讐を果たすつもりなのだ。だがそんな彼女を、ゲノムのエージェントがひそかに監視し続けていた。

ウイズラボ内でピンチに追い込まれたナイトセイバーズ。ハードスーツを捨てることで脱出には成功するが、その途中でプリスがレオンに見つかってしまう。さらに事態は悪化し、ナイトセイバーズは解散の危機に直面する。大地震の真相だけでなく、ハードスーツの秘められた謎が明らかにされた、その時……。

ナイトセイバーズに、シリアからのSOS信号が届く。シルキードールへと向かった彼女たちは、そこでメイスンに連れられたブーマの素体・ガラテアを、そしてガラテアと共鳴するシリアを見るのだった。

ゾンビブーマが爆発的な増殖を始め、その群れはADポリスのビルを上へ上へと上がって行く。内部に取り残された数人の職員たちは、管制室でモニターしているネネのおかげで、どうにか生き延びていた。だがゾンビブーマはいくら倒しても次々に出現し、その魔手はネネの身にも迫る……。

ゾンビブーマのADポリスビル侵入に気づいたプリスたちは、レオンらと共に突入する。追い詰められていたネネと無事合流できたプリスはモトスレイブを失い丸腰となってしまう。ADポリスらの弾薬も残り少なくなり、プリスたちは脱出口までゾンビブーマたちに塞がれてしまうのだった。この危機をどう脱するのか？

廃墟と化した東京。そこに取り残されたレオンやプリスたちは、ブーマだけが不気味に動き回るゴーストタウンの状況を放送するが、無駄に終わる。しかし、レジスタンス活動を始めるレオンのもとへ、かつての仲間たちが続々と戻ってきた。

ネネやレオン、元ADポリスたちが苦戦している中、突如現れた巨大ブーマを倒したのは新ハードスーツをまとったリンナだった。そのパワーに驚くネネ。一方、ナイジェルとシリアの関係を知ったプリスはショックを受けて夜の東京へと飛び出してしまう。

巨大なワームブーマとの戦いは続く。新型のハードスーツをもってしても決定打を与えることはできず、苦戦を強いられるナイトセイバーズ。それでもリンナたちは、プリスが来てくれることを信じてもちこたえる。出遅れたプリスも、愛機・新生モトスレイヴを駆り現場へ急行するが、はたして間に合うのか？

シルキードールに次々と侵入してくる多数のブーマ。地下のブースに避難したプリスたちは、ハードスーツに着替えて強行突破。だが目的地に着いた彼女らが見たものは、ブーマによって変わり果てた東京の、無惨な姿だった。ブーマ化が及んでいない海浜公園に着いたプリスたちは、そこで生き残った人々と出会う。

マッキーの体に起きた、突然の異変。それを知って悲しむネネだが、マッキーを助けるべく仲間たちとともにゲノムタワーへ向かう。ゲノムタワーは霧状のナノメカシールドに覆われ、ナイトセイバーズの侵入を拒む。だがマッキーの捨身の援護により、タワーの内部に突入できたのだった。

ナイトセイバーズを迎えたのは、シリアそっくりに成長したガラテアだった。ガラテアはゲノムタワーごと変容し、女神像となって宇宙へと飛び立ってしまう。マッキーに付き添うシリアを残し、プリスたちはガラテアを追って宇宙へ！

自ら神にならんと動き出したガラテア。それを阻止せんと追ってきたプリスたちであったが、アンブレラはすでにガラテアのものとなっていた。それでも諦めないプリスたちの前に現れたのは、ハードスーツをかたどったブーマだった。

たった1人残ったプリスの前に現れたガラテア。その力の前に成す術がないプリスを救ったのは、自我に目覚めたモトスレイヴであった。進化を早めるガラテア……フェノメノンを採り込み、ハイパー化するモトスレイヴ……今、全てに終止符が打たれる。