嵐が吹き荒れる初秋の夜、雷鳴とともに3人の若者とジェネレイターと呼ばれる異形のものが現れた。再び鳴り渡る雷鳴の中、森には咆哮が響きわたり、若者の1人もまたジェネレイター形態へと進化する。時に西暦2007年9月。最新テクノロジーの粋を集めた研究学園都市・皇樹で、戦いと希望の物語は幕を開ける。

ガウル達3人は皇樹学園高等部に転入生として入り込むことに成功した。彼らは下宿先の娘であり同級生のマサミに学園内を案内してもらう。だがその途中、ガウルは1人温室に迷い込んでしまい、そこで花を愛する少女に出会った。どことなく寂しさが感じられる彼女の名は、ナツメといった。

皇樹学園の生徒は必ず何かひとつ優れた才能を持っていた。コウジやリョウと違い、何の取り柄もないガウルがなぜ転校できたのか、どうしても納得できないマサミは、探偵ばりにガウルのあとをつけまわす。一方、単独で学園のネットにアクセスしていたコウジに敵が襲う…。

リョウは、これまで自分がしてきたこと、今、自分達がやろうとしていることの矛盾に悩んでいた。だが、悩んでいる間にもタクマの理論は完成に近づいていく。その焦りからか、リョウは授業を抜け出し、単身タクマの研究室に忍び込んだ。しかし、その様子をモニターの向こうから見つめている目があった。

人間の存在とはヒトの遺伝子の単なる乗り物なのか。愛情や友愛までもが遺伝子のなせる業なのか。恋人がもし人間ではなかったら、それでもあなたは愛せるのか。様々な思いが交錯する中、ガウルは新たな敵に向かいエクソジェネレイトする！ 時に、皇樹学園文化祭、特撮同好会主催のステージ上でのことであった。

今までにない攻撃力を持った敵、空を飛び衝撃波を操るジェネレイターとの戦いは熾烈を極めていた。そして、舞台が市街地へと移った時、ガウルはたまたま街に来ていたマサミとナツメの目の前に、空から叩きつけられてしまう。パニックに陥る2人に敵が迫った時、満身創痍のガウルの身体に何かが起きた！

七宝荘の風呂が壊れてしまい、マサミはガウル達を連れ銭湯にでかけた。その帰り道、敵を見つけたガウルは、1人別行動を取り変身する。だが、その戦いの場に突然マサミが現れ、ガウルは彼女をかばうため頬に傷を負ってしまった。やがて、マサミは生身のガウルの頬に同じ傷を発見する。

22世紀の未来。コウジ、リョウ、ガウルの3人は、クヴェレと呼ばれる組織内でジェネレイターの研究開発を行っていた。ジェネレイターとしての適正に優れるガウルを実験しているうちに、リョウはクヴェレに対する疑問を感じ、ハッキングによって隠された歴史と驚愕の事実の数々を知ってしまう。

意を決してタクマに会い説得を試みるコウジとリョウ。だが、タクマは自分の研究を止めるつもりはない。さらに詰め寄るコウジの背にリュウコの笑い声が響く。そこには瀕死のガウルが捕らえられていた。ガウルが動けない今、戦えるのはコウジとリョウしかいない！

第3次大戦の勃発まであと10日あまり。リュウコは最後の手段に出る。一方ガウル達はマサミに、今晩アパートに帰ったら自分達のことを全て話すと約束し、マサミもナツメと一緒にご飯をつくって帰りを待つと約束をする。だがその約束は果たされることはなかった……。

「これは特撮ではありません！　実際の映像です！」アナウンサーが叫び、人々が逃げまどう。見たことのない異形の怪物が街を破壊しているのだ。最後の戦い。ガウルが目指すのは、リュウコのいるセントラルマウンテン。時を同じくしてカナエがタクマに呟く。「時が来たよ……私達にも」

その時、リュウコはガウルの前に降り立ち、エクソジェネレイトを開始した。「お楽しみはこれからよ！」フェイズ5。そこには最高レベルのジェネレイターが出現していた。リングタワー上で激突するガウルとリュウコ！　……壮絶な戦いの果て、力尽きたガウルの胸に、リュウコの手が突き刺さる。