護が宇宙に去って1年余り。ある日、散歩中の華は、行方不明だった戒道と護が戦うところを目撃する。そのころ、パリでは、特別捜査官ルネが、謎の“Qパーツ”を盗み出した犯罪シンジケート・バイオネットを追っていた。GGGのガイの助けでこれを奪回するが…。

GGG宇宙センターと中国科学院からQパーツを奪った護は、残りのQパーツを求めてGGGオービットベースに現れた。すべてのQパーツを合体させ、パスキューマシンとする護。ガイは、その行動の真意を問うが、護は取り合わずガオガイガーとなって攻撃を仕掛けてきた。

GGGにやってきた戒道は、宇宙が光速以上の速度で収縮しているという恐るべき事実を伝えた。これを確認すべく三重連太陽系へ向かおうとするGGGだったが、国連は出航を承認せず、オービットベースをシステムロックされた状態でかつての仲間・風龍、雷龍たちと戦うことに。

三重連太陽系でGGGを迎えたのは、複製された地球と死んだ筈のパピヨンだった。何の手がかりも得られないまま、隊員たちは平和な時間におぼれ、戦意を喪失して勇者ロボたちのAIをシャットダウンしてしまう。そんななか、ガイの前にはソール11遊星主が現れ挑発する。

パレッス粒子に冒され戦意喪失に陥るGGG。だが、機界新種からの再生時にセミ・エヴォリュダーとなっていた命は正気を取り戻す。そして、ついに命とパピヨンの前に護が現れた。囚われの身から解放されたルネも、敵の要塞モンサンミュレルへ向かう。

レプリ・ガオファイガーの前で絶体絶命のキングジェイダーを救ったのは、洗脳が解けたレプリ勇者ロボたちだった。だが、アベルはJジュエルを凍結させ、ジェイダー、ジェイアークの動きを封じてしまう。Gクリスタルに避難した命は、護からギャレオンの秘密を聞く。

再生マシンが発動し、ソール11遊星主がジェネシック・ガオガイガーの前に立ちふさがる。そこへ、己の任務に目覚めたGGGが現れ、GGG機動部隊とソール11遊星主の死闘の幕が切って落とされた。一方、ピルナスに囚われ死地を彷徨うルネとソルダートJの間には奇跡が起こる。

レプリ地球の各地で、GGG機動部隊は死闘を繰り広げていた。形勢は二度三度と逆転する。ソール11遊星主の動力源を直接叩き、遂に撃破したかに見えたが、再生マシンを持つ遊星主たちは無数のレプリジンとして甦った。しかし、これこそがGGGの待っていた瞬間だった。