切札勝舞は、世界一のデュエリストを目指す超熱血少年。そんな彼の前に、アジア最強のデュエリスト・ナイトが現れた。この出会いこそが、勝舞の運命を大きく変えていく！

勝舞のクラスに、転校生・黄昏ミミがやって来た。ミミと一緒にデュエルを楽しむ勝舞たちだったが、そこに謎のデュエル組織「神殿」から放たれた刺客の魔の手が迫る…。

凄腕のデュエリスト、透からの挑戦を受け、血糖の場所へと向かった勝舞。しかしそこで待ち受けていたのは、黒ずくめの服を着た暗黒デッキの使い手、黒城凶死郎だった！

黒城の攻撃に成す術もなくやられた勝舞。「自分のデッキを信じろ！」…父の残した言葉に心を打たれた勝舞は、己の思いを込めたデッキで再び黒城にデュエルを挑む！

強いデュエリストを求めて、JDCが主催するデュエルマスターズ・バトルアリーナへの出場を決意した勝舞。未知なる強豪たちとの熱きデュエルが、今ここに幕を開ける！

エキシビジョンマッチに、JDC最強のデュエリスト白鳳が登場する。対戦相手は中国選手権のチャンピオン、トーバン・ジャン。さて、白鳳の恐るべき実力とは…？

バトルアリーナ準決勝の第1試合は、勝舞対蛇美羅。かつて勝舞に負けたことにより「神殿」から追放された蛇美羅は、今度こそ勝舞を倒すべく、様々な作戦を用意するが…？

バトルアリーナ決勝に進んだ勝舞と透。勝舞の熱いデュエル魂に魅せられた透は、神殿から密かに渡されたデッキを使わず、自らの「進化デッキ」で勝舞にデュエルを挑む！

バトルアリーナを制し、JDCトレーニングセンターへの入門を果たした勝舞。だがそこに、突如導師が現れる。導師は、白鳳と戦いたければ神殿に来いと勝舞を挑発し…？

勝舞から「デュエル修行は至って順調」との報告を受けたれく太たちは、勝舞に会うため神殿へと忍び込む。だが、そこでれく太たちが目にしたのは、信じられない光景だった！

50人抜きを達成し、神殿の奥へ進もうとする勝舞の前に、最終審査官・難波金太郎が立ちはだかる。マナを自在に操る金太郎の戦法に、苦戦を強いられる勝舞は…？

大激戦の末ついに金太郎を倒した勝舞は、白鵬の率いる「白い騎士団」への加入を認められる。白鳳との距離をさらに縮めるべく、勝舞は強い決意を胸に神殿の中を進む！

第一の四天衆「速攻の三国」にデュエルを挑んだ勝舞だったが、その圧倒的な速攻によりあっけなく敗れ去ってしまう。かつて味わったことのない敗北感が、勝舞を襲い…？

金太郎の熱い励ましを受け、ようやく闘志を取り戻した勝舞は、新しいデッキで三国へリベンジを挑む。速攻の極意を会得した勝舞の攻撃が、三国を激しく追い詰める！

ありとあらゆるカードを操るといわれる、第二の四天衆…その正体は何と、黄昏ミミだった！ いまいち自分のペースをつかめない勝舞に対し、ミミは容赦なく攻撃を仕掛ける！

勝舞にシールド・トリガー・デッキを攻略され、ピンチに陥ったミミの態度がいきなり豹変する。鋭い眼光を放つ、黄昏地獄拳の使い手…それこそが、黄昏ミミの真の姿だった！

第三の四天衆にしてIQ200の超天才、邪藩牛次郎が勝舞の前に立ちはだかった。しかし、そのオヤジ顔を一同に大笑いされた牛次郎は、腹を立てて勝舞とのデュエルを拒否し…？

とうとう牛次郎を追い詰めた勝舞。だが、とどめを刺そうとした瞬間、牛次郎の様子が突然おかしくなる。涙ながらに語られる彼の悲しい過去を聞き、勝舞は一気に戦意喪失…？

四天衆第四の間で待ち受けていたのは、何と黒城凶死郎だった！ 「真のデュエル」の意味を知る者たちの思惑が複雑に交錯し合う中、かつてない程の危険な闘いが、今、始まる！

黒城の切り札、『悪魔神バロム』がいきなり実体化した！ そのあまりの威圧感にただ呆然とする勝舞。二人のデュエルは、もはや引き返すことのできない禁断の領域に達していた…。

勝舞がずっと夢見ていた白鳳とのデュエルが、ようやく今現実のものとなる。大歓声が巻き起こる中、「最強のデュエリスト」の座をめぐり、いよいよ最終決戦の時が迫る！

やはり白凰はとてつもなく強かった。しかし、絶対に負けるわけにはいかない！ その時、勝舞がありったけの思いを込めて引き当てた「最後の切り札」が、奇蹟の輝きを放つ！

久々にデュエルの大会に出場した勝舞は、強者デュエリスト「鉄壁の松平」が1回戦で敗退したと聞きショックを受ける。松平を破った謎のデュエリストの正体とは、果たして…？

ジョージの正体は、強いデュエリストたちを片っ端から叩き潰していくという「デュエリストキラー」だった！ 勝舞は、ジョージに導かれるがままに真のデュエルを発動し…？

激しいデュエルを終えた勝舞とジョージの前に、元JDC幹部でジョージの師匠でもあるドクター・ルートが現れる。ドクター・ルートは、勝舞に対し真のデュエルを挑んでくるが…？

ドクター・ルートとの真のデュエルに完全敗北し、魂に深い傷を負った勝舞は、デュエル恐怖症に陥ってしまう。勝舞はこのまま、二度とデュエルができなくなってしまうのか!?