キリコとフィアナが眠りについて32年。二人のコールドカプセルが宇宙工場群コンプラントに回収、蘇生された。“触れ得ざる者”キリコ覚醒の報は、汎銀河結社マーティアルを震撼させる。聖地アレギウムの命により、類人兵器ネクスタントであるテイタニアが、キリコと接触する。

連れ去られたフィアナを追うキリコと、テイタニアの戦いが始まった。激しい戦闘によって動力部に損傷を受けたコンプラントは、惑星マナウラ地表に墜落してしまう。キリコの生存が確認されなかったため、その功績を携えたモンテウェルズは聖地アレギウムに乗り込んでいく。

次期法皇の座を巡り、モンテウェルズの功罪が長老会議で沙汰される。嫌気から議事堂を抜け出し、ロッチナという老人に出会うテイタニア。その頃、コンプラント墜落によって重傷を負ったキリコは、マナウラ軍の軍医長ゴディバに救われ、フィアナを捜すべく動き始めていた。

長老会議の大勢は、モンテウェルズの政敵グノー枢機卿へと傾きつつあった。だが、キリコ蘇生がグノーの仕組んだものと告発され、形勢は一変する。一方、巡礼者にまぎれ込んで惑星ジアゴノにやってきたキリコは、フィアナを奪回するべく、ATで聖地アレギウムに突入する。

聖地アレギウムの根本聖堂へ侵入したキリコを、新法皇モンテウェルズの命により迎え撃つテイタニア。モンテウェルズは強制的に、テイタニアの補助脳を起動させる。ネクスタントの圧倒的な戦闘能力の前に、追いつめられていくキリコ。だが、一発の跳弾が奇跡を起こした……。