いのちの糧は、戦場にある。
かつて「厄祭戦」と呼ばれた戦争が終結してから約300年。三日月・オーガスが所属する民間警備会社クリュセ・ガード・セキュリティ(CGS)は、火星都市クリュセを独立させようとする少女、クーデリア・藍那・バーンスタインの護衛任務を受ける。しかし、武力組織ギャラルホルンの襲撃を受けたCGSは、三日月ら子供たちを囮にして撤退を始めてしまう。CGSへのクーデターを決意した少年達のリーダー、オルガにギャラルホルンの撃退を託された三日月は、「厄祭戦」時代のモビルスーツ、ガンダム・バルバトスを用いて戦いに挑む。
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三日月が所属する火星都市クリュセの民間警備会社CGSは、クーデリアという少女が地球に行くまでの護衛を請け負う。地球への準備を進める最中、クーデリアの命を狙ったギャラルホルンがCGSを強襲する。
ギャラルホルンの襲撃を受けたCGSの大人たちは、三日月ら子供たちを囮にして逃げ出してしまう。残された子供たちを束ねるオルガは、ギャラルホルンと相対することを決意。ある計画を実行に移す。
三日月とガンダム・バルバトスによって、多くの犠牲を出しながらも一度はギャラルホルンを退けたオルガたち。今後の動向を話し合う中、再びギャラルホルンのモビルスーツであるグレイズがCGS基地に現れる。
自分が原因で多くの少年が命を落としたと思い悩むクーデリア。三日月はそんなクーデリアを連れ、ビスケットの祖母が営む農場に赴く。そこでは思いもよらない出会いが待っていた。
地球に向かうため、ついに火星を後にするクーデリアと鉄華団。迎えの船を待つため、シャトルで低軌道ステーションへと入港しようとするが、コーラルの率いるギャラルホルンの襲撃を受ける。
ギャラルホルンの監視の下、地球を目指すには案内役を必要とする鉄華団の面々。強力な後ろ盾を得るべく、木星圏を拠点とするテイワズとの交渉を取り付けようとする。
テイワズの輸送部門を管理するタービンズと接触した鉄華団だったが、組織の成り立ちと資産を巡り、タービンズと対立することになってしまう。
タービンズを率いる名瀬に鉄華団の力と正当性を見せたオルガ達は、あらためてテイワズとの交渉をもちかける。一方で、塞ぎ気味なクーデリアを連れてアトラはタービンズの戦艦を訪れる。
テイワズの代表、マクマード・バリストンに会うため、名瀬に連れられてテイワズの本拠地である歳星を訪れる鉄華団。そこでオルガは名瀬から意外な提案を受ける。
バルバトスの最終調整のため三日月と雪乃丞を歳星に残し、地球へ先立つ鉄華団とタービンズ。歳星での出来事はそれぞれの心境に変化を与えていた。
哨戒に出ていた昭弘とタカキは、正体不明の敵と遭遇し戦闘状態に入る。襲撃者の正体は火星から地球にかけて活動する海賊のブルワーズだった。
ブルワーズのMSパイロットの中に生き別れた昭弘の弟がいることを知った三日月とオルガ。昭弘の弟を取り戻すべく、鉄華団はブルワーズに挑む。
ブルワーズとの戦闘では敵味方ともに多くの犠牲が出てしまう。残された者は死んだ者たちが生まれ変われることを祈りながら葬儀を執り行う。
様々な困難を乗り越え、ついに地球を目前にする鉄華団。歳星でテイワズから輸送依頼を受けていた荷物を届けるべくドルトコロニー群に向かう。
コロニーでも火星同様に地球との格差は大きく、不満が高まっていた労働者たちの抗議行動が始まってしまう。次第に激化する中、鉄華団は様々な思惑に飲み込まれていく。
雇用主である会社に抗議行動を起こしたコロニー労働者は過激さを増していき、遂にはギャラルホルンが介入するまでの事態に発展する。クーデリアは知らない内にその中心へと追い込まれてしまう。
ギャラルホルンに一方的に弾圧される労働者たちを目の当たりにするクーデリアと鉄華団。コロニーの実状を前にクーデリアはある決意をする。
コロニーを後にし、遂に地球へ降下しようとする鉄華団だが、コロニーでの一件によりその術を失ってしまう。そんな彼らを支援しようと名乗りをあげた者が鉄華団に接触する。
ギャラルホルンの艦隊が行く手を遮る中、クーデリアの願いを受け、地球降下を果たそうとする鉄華団。ギャラルホルンとの戦闘は苛烈を極めていく。
地球へ辿り着いた鉄華団は、アーブラウの代表、蒔苗東護ノ介とクーデリアを引き会わすことに成功する。しかし、蒔苗をエドモントンで行われる全体会議に連れて行くことを余儀なくされてしまう。
エドモントンへの出発準備を進める最中、ギャラルホルンの襲撃を受けてしまう。執拗な追撃に対し、オルガは罠を張り巡らせて応戦する。
ギャラルホルンとの度重なる戦闘で疲弊する鉄華団だが、エドモントンへ向かう意志は強く、歩みを進める。
エドモントンを目指す鉄華団の前に、決闘を望むカルタが立ち塞がる。しかし、三日月たちはその歩みを止めることなく前に進む。
ついにエドモントンに到着したオルガたち鉄華団だが、蒔苗の会議場への到着を妨げようとするギャラルホルンの攻撃を受けてしまう。
鉄華団とギャラルホルンの激しい攻防戦の続く中、現れる新たな脅威。三日月はクーデリアたちを守るため単身これに挑む。