半年ぶりの出番とともに万事屋に戻ってきた銀時。しかし、彼を出迎えるのは、新八と神楽、そして見知らぬ金髪ストレートヘアーの男性、坂田金時。うっかり他人の家に間違ってお邪魔してしまったと思い、その場を後にする銀時…が、そこは紛れも無く自分の家。新八と神楽は、銀時のことを覚えていない様子。一体、銀時不在の間で何が起こったのか!?

誰も自分のことを覚えておらず路頭に迷う銀時は、たまと定春に助けられる。たまから金時は、銀時の弱点を全て克服した源外の作ったプラモデルという事実を知る。金時の目的は、かぶき町の住人が持つ銀時の記憶を抹消して、本物の万事屋リーダーになり代わること…銀時はたま、定春と一緒に完全超人たる金時を倒すため、仲間を取り戻すことを決意する。

新八たちから銀時の記憶を早く呼び起こそうと単独行動に出るたまの目の前に突如金時が現れる。たまが洗脳されない事実を知る金時は、彼女を追い詰める。間一髪銀時に助けられるが、怪我を負い、静かに目を閉じるたま…。銀時の表情は一変する。一方、金時はかぶき町中に、たまが銀時にやられたと知らせまわる…。今、金時による弔い合戦が始まろうとしていた。

かぶき町中の住人を敵に回したかに思われた銀時。だが、銀時の仲間たちは次々に銀時のことを思い出し、形勢が逆転したかに見えた…しかし金時から恐るべき計画の全貌を聞かされる。銀時VS金時の戦いはついに最終局面に突入する。

天女にも優るとも言われ、江戸を賑わせた伝説の花魁・鈴蘭。月詠の紹介により鈴蘭から、依頼を受けることになった銀時。彼女を迎えるべく入念に準備をするが、目の前に現れたのは話とはほど遠い一人の老婆だった。実はその老婆こそが鈴蘭本人で、銀時は彼女の想い人捜しを引き受けることになるが…。

神楽のおかげで難なく城に潜り込んだ銀時たち。厳重な警備の目をごまかすため、缶蹴りをすることになるが、銀時の蹴り上げた缶が不運にも将軍の額に命中!! なんとか証拠隠滅を図ろうとする過程で、銀時一同の前に鈴蘭が探し求めていた人物が現れる!? その人物が語る衝撃の事実とは…!?

幕府要人暗殺の濡れ衣を着せられた銀時たちは、真選組の手引きで牢を脱出。そよ姫を人質（!?）に黒幕のいる本丸へと乗り込む。ついに銀時たちは国を統べる先代将軍・徳川定定の元に参上！ 傾城鈴蘭の無念を晴らすため、一行が定定に戦いを挑む!! 定定の用心棒をしていたのは、暗殺部隊「天照院奈落」最強の男・朧であった。朧は昔の銀時を知っている様子で、二人の因縁とはいったい何なのか…!?

朧との死闘の際、身体の自由を奪われた銀時。定定によって、負傷した六転舞蔵を背負った新八たちも敵の攻撃により窮地に追い込まれるが、間一髪、真選組・見廻り組が助太刀に入る。いよいよ、銀時と朧との闘いは、最終局面へ…。

朧と定定との闘いは一件落着し、事件は収束に向かい、定定は罪に問われることとなった。冷たい牢の中、一人の男が彼を訪ねて来る…。一方、銀時たちは、傾城鈴蘭の約束を果たすため、彼女の真の想い人に対して、一芝居打つことに…。

父の墓前で道場復興を宣言するお妙。すると後ろから聞き憶えのある声が…。そこには恒道館かつての塾頭・尾美一の姿があった。ターミナルの転送装置爆発事故以来、消息不明だった尾美の突然の来訪に驚きながらも、喜ぶ新八とお妙。乗り気ではない銀さんと神楽を巻き込んで、道場再興計画が始まる!?

志村家の道場に戻ってきた尾美一、実は彼は、毘夷夢（びいむ）星人の手により戦争をひき起こすために改造された半身機械（からくり）人間だった！ それを知った銀さんは、お妙や新八に代わって、尾美一と対決する!!

かつての優しい尾美一にはもう会えないという事実を突き付けられた新八。自身で決着をつけるため、新八は銀さんの元へ向かう！ 天堂無心流の跡取りとして戦いに挑む新八は、果たして恩人である尾美一を取りもどすことはできるのか…!?

万事屋に深刻な食糧難が到来し、ついに定春のドッグフードも銀さんに奪われた！ 堪忍袋の緒が切れた定春は、家出を決意する。ふてくされながら街を歩いていると、ゴミ捨て場に子犬が置き去りにされていて…!?