クラウスとラヴィは、小型飛行艇・ヴァンシップに乗る空の配達人。ある日、ミナギスで戦う派遣艦隊指令官・マドセイン中将に家族からの手紙を届ける依頼を受ける。目の前で起きる戦艦同士の激しい戦闘をくぐり抜け、旗艦クラウ・ソラスに到着した二人だが、新たに出現したデュシス艦隊がクラウ・ソラスに襲いかかり…。

『ルール違反』である新手のデュシス艦隊の奇襲、そして戦争の『審判』である筈のギルドもそれを黙認し、混乱状態に陥ったマドセイン艦隊は次々に撃沈されてゆく。敗北を覚悟したマドセイン中将は特攻を決意、民間人であるクラウス達を退艦させようとする。しかし自分達の仕事をやりとげようとするクラウス達は…。

ノルキア杯・ヴァンシップレース開催日。操縦の腕の良さからトップ争いに躍り出たクラウス達だが、その時一機のヴァンシップのレース場墜落に巻き込まれてコースアウトしてしまう。レースを捨てて墜落機の救助に向かうクラウス。既に瀕死状態のパイロットは、クラウス達に仕事の引継ぎを依頼するが…。

少女アルヴィスを空中戦艦・シルヴァーナに届ける依頼を引き継いだクラウス達。自分達と同じ境遇をアルに感じたクラウスは、依頼を引き継いだ自分達が届けるべきだと主張する。だが、ヴァンシップ組合に調停を申し入れようとするラヴィとの間で結論は出ず、その日は暮れる。その夜、クラウス達の元に謎の戦艦が現れる。

クラウス達の前に現れた、空中戦艦シルヴァーナの異様な姿。艦長アレックスは、クラウス達を相手にせず、アルをまるで物を扱うかのように連れて行く。その態度に納得がいかないクラウスは、ヴァンシップでシルヴァーナを追う。シルヴァーナからの攻撃を回避しつつ、燃料ギリギリの状態で強行着艦したクラウスは…。

アルの件でアレックスに詰め寄るクラウスだが、逆にアレックスはクラウスに問いかける。「この空でお前は何をしたい？」一方タチアナは『積荷』が無事届いたことを報告するため、皇帝の元に向かう。だが運悪く、エースパイロット不在の折に、あの星型の機体の大群がシルヴァーナを襲った。

アルを守るためにシルヴァーナの艦載ヴァンシップで出撃したクラウスとラヴィは、その圧倒的なパワーに翻弄され続ける。彼らが機体を制御出来ない間に、星型の機体は次々とシルヴァーナに侵入、各所での白兵戦は激しさを増していった。

アナトレー軍港への入港を拒否されたシルヴァーナは、修理と補給のために、巨大カジノを併せ持つ民間の浮きドックに進路を向けた。そこでラヴィの前に現れたのは、先のミナギス海戦での仕事の時に、自分達を助けてくれた銃兵、モラン・シェトランドだった。

自由都市ホライゾンケイブでは、ヴァンシップ乗りには憧れの8時間耐久レースが開催されようとしていた。クラウスは、シルヴァーナがホライゾンケイブに向かっている事を知って、レースへの出場を願い出る。一方、ホライゾンケイブの地下では、もうひとつのケイブ名物、闇のオークションが始まっていた。

ホライゾンケイブ・8時間耐久レースは佳境に入ってゆく。一方、闇のオークション会場では…。

アレックスの行動に不信感を持ったアナトレー皇帝は、アルの引渡しとエグザイルの情報を求めて、ヴィンセント大佐率いる新型戦艦ウルバヌスをシルヴァーナに差し向けた。

アレックスがアナトレー皇帝の要求を拒否したため、新型戦艦ウルバヌスは、シルヴァーナに対して攻撃を開始する。

シルヴァーナとウルバヌスの激戦の中、砂漠地帯に不時着したクラウスとタチアナは、シルヴァーナの緊急避難用シェルターを目指す。

クラウスの父親とラヴィの父親は、国中に名を馳せたヴァンシップ乗りだった。10年前、彼らのチームは、ある重大な任務を持って、グランドストリーム超えに挑んだ。

無事救出されたクラウスとタチアナ。しかし、タチアナの雰囲気はこれまでとは微妙に変化していた。そしてクラウスは、ディーオから見せられた一枚の写真に驚愕する。ここにある筈の無いもの、何故その写真があるのか、クラウスは問い詰める。

デュシス残存艦隊は、ウルバヌス艦隊が抜けて手薄になったノルキアを越えて、アナトレーの帝都を急襲する。炎上する帝都を前に、さまざまな想いが交錯する。

炎上する帝都に君臨するデュシス残存艦隊。アナトレー軍内部には、和平の道を探る者もいれば徹底的抗戦を主張する者もいる。分裂するアナトレーの国論、アナトレーとデュシスの戦いの行方は…。

アナトレー、デュシス、両国がともに生き残ることは可能なのか。既にデュシスに制圧されたノルキアで、その可能性が試される。

同盟を結んだアナトレーとデュシスを、マエストロ・デルフィーネがあざ笑う。一方シルヴァーナとウルバヌスは、龍の牙を越えてグランドストリームへと向かった。

作戦決行は、山羊月13日の04：00。それに向けてグランドストリームでの、シルヴァーナとウルバヌスの隠密作戦は続く。

誓約の儀式まで、あと1日。ディーオにとって最も長い1日が始まった。ミュステリオンをめぐる争いも、激しさを増して行き、それぞれの虚々実々の駆け引きが繰り広げられる。

誓約の儀式が始まり、ディーオはアゴーンの試練を迎える。一方、シルヴァーナでは、ついにラヴィが自分達のヴァンシップの修理を終えた。

幼い頃に巡り合ったディーオとルシオラ。彼らはその時から主従関係にあった。しかしそれを気にしないディーオは、ルシオラに対してごく自然に接していた。

アナトレーとデュシスの同盟艦隊がノルキア上空に集結した。いよいよギルドに戦いを挑む時がやってきたのだ。一方、デルフィーネのもとから脱出したクラウス達もノルキアに帰って来た。

グランドストリームでアナトレー・デュシス同盟艦隊とギルド艦隊の戦いが続く中、エグザイルは、両艦隊に対して見境なく攻撃を開始した。

クラウスはアルとともに、グランドストリームで交戦中のシルヴァーナを目指す。