米軍と警察から追われたエイサップ・鈴木は、地上とは別の世界「バイストン・ウェル」から来た少女リュクス・サコミズと突然出会う！地上界とバイストン・ウェル、ふたつの世界をかけた戦争が始まった。

エイサップはリュクスと共にバイストン・ウェルにたどり着く。ワーラーカーレーンにいるフェラリオの長ジャコバからバイストン・ウェルの乱世を鎮める聖戦士と呼ばれたエイサップ。さらにホウジョウ国の王サコミズと対面するも投獄されてしまうが、辛くも脱出したエイサップは、オーラバトラーを盗み出すことに成功する。

サコミズに敗北したエイサップは、捕らわれた城で朗利や金本と再会した。彼らをもてなすサコミズは、そこで自らが旧日本軍の特攻機パイロットだったことを明かし、地上への帰還計画に協力を迫る。一方、反乱軍に助けられたリュクスは、父の暴挙を止めさせ、さらにエイサップと再会を果たそうと、その戦列に加わり…。

反乱軍リーダー・アマルガンを捕らえたサコミズは、フガクによる地上侵攻作戦を開始、その手始めとして反乱軍を駆逐せんとする。その作戦の内容も知らされず協力していたエイサップは、突然の夜襲で次々と倒されていく反乱軍を目撃してサコミズの非道に気付く。そんなサコミズを止めようとエイサップは独自の行動に出た。

ホウジョウ軍と反乱軍の乱戦の中、オーラロードが再び開いた。両軍は入り乱れたまま、東京湾上空に出現してしまう。しかしエイサップとサコミズは、1945年、焼夷弾で焼かれる東京の上空に迷い込んでしまう。一方、マキャベルはオーラエナジーによって世界を我が物にしようと、突如現れた異世界の軍勢に接触を計る。

ついに地上界に出たサコミズは、あまりにも変わってしまった東京に絶望し、全てを破壊しようとその猛威を振るう。鬼神の如き強大な力を行使するサコミズに恐怖を憶えたホウジョウ軍と反乱軍は、入り乱れてオウカオーに攻撃を開始した。そんな中、エイサップとリュクスだけは、サコミズを鎮めるために戦場を駆けるのだった。