一番星のレイは、宇宙のどこかにあるお宝、『究極のバトルスピリッツ』を求めて旅をしている。お供は、ちびドラゴンのムゲンとロボットのソルト。普段はのんき者でノリも軽いレイだが、バトルフィールドでは超絶かっこいいゼロに変身する。究極のバトスピの情報を求め、立ち寄ったカードバトルステーションで、宇宙を仕切るギルドのメンバー流れ星のキリガがやってくる。レイはすかさずバトルを挑もうとする。

一番星のレイは、宇宙最強のバトルスピリッツの在処を示す宇宙コンパスを賭けたバトルを挑み、灼熱のゼロに変身した。相手は宇宙を仕切るギルドの手先、銀河三羽がらすの一人、ハシブトだ。ゼロは「アルティメット・ジークフリード」のアルティメットトリガーを発動させる！

宇宙のどこかにあるお宝、究極のバトルスピリッツ。その在処を示す宇宙コンパスを持つリクトとライラは、凄腕のカードクエスター、一番星のレイとお宝探しの旅に出た。一方、コンパスを付け狙うギルドの手先、銀河三羽がらすはギルド銀河七将の一人、邪眼のアルメイダをけしかけて、コンパスを取り上げようと計画を立てていた。

惑星ガンロックにいたもう一人の銀河七将、ゴリ押しのゴーインはクリスタルを採掘する鉱山に町の子供の父親を連れ去り強制労働をさせていた。その救出を頼まれたレイはゴーインを探すが、ゴーインたちの仕掛けた罠にかかり坑道に閉じこめられてしまう。

レイは夢を見ていた。吹雪のなかで何かに呼ばれる不思議な夢だ。その日、マジカルスター咲の番組から「惑星アイスキューブでアルティメットクリスタルが発見された」というマジカル情報が発信された。

ゼロはワタリとバトルするが、手に入れた「アルティメット・ジークフリーデン」をドロー出来ないでいた。一方、銀河七将のボス、暁のバジーラの船が盗みに入られる。盗みに入ったのは女海賊、明の明星のエリスの部下ガルボだった。

レイは、惑星アイスキューブでマジダチ、カッパのトーノと再会する。トーノはマリンスポーツで有名な惑星ジャグーチの王子だ。だが、乗り込んできたギルドの男にバトスピで負け、星のお宝である青取っ手を取られてしまったという。

トーノがバトルで負け惑星ジャグーチのお宝がバジーラに取られようとしていた。レイは取らせまいとバジーラにバトルを挑む。しかし、その前に銀河七将が立ち塞がる。レイはバジーラの大事な漬け物コレクションとアルティメットを賭けた銀河七将とのバトルを受ける。

トーノは、レイたちにリゾート惑星グリーンスムージーの招待券をプレゼントして、ジャグーチに帰って行った。惑星に到着したレイたちは巨大昆虫の襲来をよけながら、少し変わったバカンスを楽しむ。だが、レイは大事なアルティメットデッキを謎の大蜘蛛に盗まれてしまう。

バカンス中のレイたちは謎のゴリラ軍団（モブボンバー）に襲われ、ライラがさらわれてしまう。そこへ現れた変装した銀河三羽がらすがレイたちに森の奥の野生の王国の事と、ライラが森の神様の生け贄用にさらわれた事を教える。

アルティメットクリスタルを、惑星グリーンスムージーの暗黒神ボンバーと通訳鳥バナーナが持ち去った。レイたちはアルティメットクリスタルを取り返すため、ボンバーを追いかける。

キリガはミロクにレイたちの持つ宇宙コンパスを奪ってこいと命じられる。一番星号の次の目的地は第二階層へのワープポイント、流星号はそこへ先回りする。

ムゲンがマジカルスター咲の超レア限定フィギュアを買ってしまったせいで、お金がなくなってしまう。レイたちは立ち寄ったカードステーションで仕事探しをする。

マジカルスター咲が惑星ASAKUSAの警察署長を務める日。銀河三羽がらすがマジカルスター咲を誘拐してしまう。マジカルスター咲の大ファンのムゲンは大激怒する！

片づけられない弟リクトを叱りながら掃除中のライラは、リクトのコレクションカードを掃除機の暴走でバラバラにしてしまう。怒ったリクトは「お姉ちゃんだって寝てる時におならして迷惑だよ！」と一番星号から飛び出してしまう。

船の墓場にあるお宝を見つけるため、サルガッソー宙域に来た一番星号。ポテッチーズ・チェーンのポテトフライにつられ、寄り道するレイたちだが、客の表情は暗い、店内の全員が流れ星のキリガにバトルで負け、手持ちのデッキ全てを取り上げられたという。

一番星号はお宝があるという船の墓場に辿り着く。そこへ昔ソルトが乗船していた海賊船COWCOW号が出現。船長ヨシと船員タダは、紫のアルティメットクリスタルの呪いで幽霊にされていた。

一番星号はサルガッソーの中心、巨大流し台に飲み込まれてしまう。そこに居たのはサルガッソーの主、サルガッソー魔神。究極のバトルスピリッツを見つける気満々のリクトに対し、魔神は「見つからない物もある」と寂しげに言う。

キリガは少女ファーリーを訪ねる。ファーリーの父はキリガの友人で、その父の死後しばらく消息不明だったキリガは再会時には記憶を無くしていたという。同じ頃、カードステーションを訪れたレイは、かつて対戦したリドルと再会してバトスピを始める。

冷やしピザと氷ジョッキコーラで体を冷やしすぎたレイは、しゃっくりの度にコロコロ、色んなゼロに変身する状態になってしまう。青の惑星で再会したエリスたちの前でも、カラーチェンジしてしまうゼロ。その症状は医学では治せないものだった。

惑星ブルーストーンの青の砂漠に来たレイたちは、アルティメットクリスタルがある混沌の神殿に向かうためガイドを雇う事に。そこに現れたのは、砂漠ガイドに変装した銀河三羽がらすと、ツアーコンダクターのコリンとハンソ郎だった。

「アルティメット・アレクサンダー」に「ならばオマエで良い」と二番手でカードの主に選ばれたレイは釈然としない。レイは「自分の強さを賭けて」バトルで実力を示すと決意。ハンソ郎をターゲットしたレイは紺碧のゼロに変身する。

惑星カチドニアは、アリンス家とテレンス家の争いで二つに割れた奇妙な形の星だ。いきさつをステーションで聞いたレイは、アリンス親分に自分を用心棒に雇わないかと持ちかける。一方のテレンス家の用心棒には、流れ星のキリガが納まっていた。

キリガをレイは究極のバトスピ探しの仲間に誘う。キリガは「考えておこう」と意外な答えを残し去る。ハンソ郎から紫アルティメットデッキを献上されたミロクは、キリガから受け取った裏銀河文書を使う。

第三階層へのゲートステーションが破壊されていた。破壊者の名を聞き出すべく、ギルドの男ハンソ郎と戦う灼熱のゼロ。その戦況をギルド本部でミロクと一緒に観るルキノスは、ゼロに見覚えがあった。

レイは守護を担う三龍神の一柱をゲットした。残る二柱を探すエリスとキリガ。一方、一番星号はついに第三階層に到着。名物カニピザを食べるために惑星カニメデへ向かう。銀河三羽がらすはそれを見越して待ちかまえていた。

ルキノスの行方を捜そうとするレイに、イアンは発信機をルキノスに付けておいたと教える。一方、エリスは心に呼びかける声に従い、その声が聞こえてくる星へ向かっていた。アルティメットの匂いを感知したルキノスは、エリスのヴィーナス号を追う。

三龍神アルティメットの一柱を捜すキリガは六色星雲に到着する。キリガの記憶を取り戻す覚悟を確認した「アルティメット・サジット・アポロドラゴン」は、眩い光と風を放出してカードへ変身、キリガのデッキに収まる。

キリガは海洋惑星に訪れていた。そこにファーリーとサマンサがやって来る。ファーリーは、キリガに記憶の手掛かりになるかも、と古いアルバムを見せる。そこへギルドの追っ手としてやってきたハンソ郎はキリガに船とデッキと全てを渡せとバトルを挑む。

マジカルスター咲と共演できる事となったソルトは秘境惑星にやってくる。咲は「みんなで出発！」と一番星号の全員を番組収録ツアーに誘う。二人きりのデートを夢見ていたソルトはガッカリ。その秘境の密林で、レイの胸のアルティメットシンボルに反応して霧が発生。霧の中にドラゴンの目が光る。

一番星のレイはついにバトスピ6色を制覇。その頃、エリスたちのヴィーナス号がガス状星雲に引き寄せられる。船から飛び出したショコラが星雲のガスを吹き飛ばすと、中から巨大なアルティメットクリスタルが出現する。

ミロクは獅子座の裏12宮ブレイヴ使いを呼び出し、秘境惑星に向かわせる。一方、マジカルスター咲が帰ってしまいソルトは意気消沈。リクトは秘境惑星の珍しい食材でピザを作って、プレゼントしようと提案する。

レイとエリスが合流。次に目指すのは第四階層だ。しかし、その前に奪われてしまった宇宙コンパスを取り戻さなければならない。レイは絶対取り返すとリクトに約束する。そんな中、ライラがエリスに弟子入りすると言い出した。

一番星号にSOSが届く。発信したのはハシブトとツルハシ、ワタリを助けてほしいという。渋るレイたちだったが、宇宙コンパスを返すと言われて、助けに向かう。ワタリはマジカルスター咲のお宝グッズを盗んだ罪で逮捕されていた。

ファーリーの父が遺した手がかりを頼りに、キリガたちは巨大彗星、スイスイ彗星を待ち受け、現れたスイスイ彗星に、流星号での進入を試みる。一方、レイたちは宇宙コンパスを持ち去った銀河三羽がらすを追ってカードバトルステーションへ。

「宇宙コンパス」を返してもらうため、レイたちは銀河三羽がらすを追っていたが、取り逃がす。なんと地中に潜ってしまったのだ。「敵ながら天晴れ」と褒めるレイにムゲンは怒って、大喧嘩。一番星号を飛び出してしまう。

ジャスティスカップの優勝賞品「宇宙コンパス」を取り戻すため惑星ジャスティスに向かうレイたち。大会を仕切るのはジャスティス立花だ。ゲストで登場したマジカルスター咲も参戦を宣言。レイたちは取り戻すため大会に出場する。

大会も進んでいき準決勝、一つ目の対戦が銀河三羽がらす同士の対戦になる。ツルハシは対戦相手にゴーグルを投げ捨て、絶対勝ちに行く本気モード。 一方レイは二つ目の準決勝に進む。突破すれば、決勝で二人のうちの一人との対戦になるが…。

裏12宮ブレイヴ使いのデネボラは、ジャスティスカップ優勝賞品の宇宙コンパスを自分に勝たなければ渡さないと、レイの前に立ち塞がる。突然の行動に難色を示すジャスティスだが、レイは受けて立つとやる気満々。

あるものを探してミロクを追うレイたち。そのミロクはハンソ郎の前に現れていた。裏12宮ブレイヴ使いを呼び出す裏銀河文書の石版をめぐって、ミロクに逆らう事を決意したハンソ郎は、アルティメット使いの誇りを賭けてミロクにバトルを挑む。

ハンソ郎を拾ったレイたちは、キリガたちのいるトレジャー号に合流する。「アルティメット・アレクサンダー」と「アルティメット・オーディン」をレイとトレードしたキリガは、レイにデッキをトレジャー号のブリッジのスロットに入れる事を勧める。

第四階層に到着したトレジャー号に、二つのSOSが入った。キリガとレイがそれぞれの船で救出に向ったところ、ミロクがトレジャー号に侵入してきた。エリスは自分のデッキとミロクの宇宙コンパスを賭けて対戦する。

ミロク号に戻った銀河三羽がらすは、ミロクに怯え、逃げる密談。だが、ミロクは「黙ってついておいで」と不気味に笑う。一方、誘き出されたキリガは、さらわれたファーリーとサマンサを観客席に据えたデネボラと対峙する。

レイの一番星号とキリガの流れ星号は、惑星キサラームに向かう。究極のバトスピ探索をエリスたちに任せた二人は、ミロクを阻止しようと急行したのだ。だが、ミロクはついにネイクスの実体を出現させてしまう。

ライラとリクトは、ミロクがマジダチなら元に戻すのがマジダチだよね、とレイを励ます。究極のバトスピ目指し出発するトレジャー号。そのあとをミロク号が追尾する。トレジャー号が目的地に到着すると無数のバトスピカードで造られた巨大壁が出現する。

ネイクスを止める決意をするレイとキリガ。トレジャー号はエンジン全開でネイクスへと向かうが、宇宙嵐に阻まれてしまう。レイはネイクスと融合したミロクを説得しようとする。

宇宙嵐の中、ネイクスへ向かうトレジャー号。キリガは敵の攻撃を封じるためイアンと共に流星号で立ち向かおうとする。

ネイクスに突っ込んでいくトレジャー号だが、船体に亀裂が走る。その時、祈りを捧げる人々の持つカードが持ち手を離れ、トレジャー号の周りに飛来する。

ブレイヴスピリットを呼び出したネイクス。ゼロはライフを削られ残り1個に追いつめ、一気に止めを刺そうとする。