「ケロロ 再び大地に立つ であります」ケロロ小隊の面々が去り、日向家はしばしの休息が訪れていたが、再びアイツが帰ってきた！
「タママ 黒いタママ であります」日向家を制圧するかに見えたケロロだが、結局いつも通りこき使われるはめになる。だが、タママ二等兵が第二の作戦を進行していた。

「ケロロ お宝侵略大作戦 であります」TVで巨石建築物を見たケロロは、古代の宇宙人が地球侵略の為に作ったと思い、調査に出かける。
「アンゴル・モア 花見でモアモア〜 であります」地球人がお花見でストレスを発散し、驚異的な経済成長を遂げる原動力にしていると分析したケロロは…。

「冬樹 名探偵は僕？ であります」冬樹は探し物が得意だと聞いたケロロは、探偵になり一儲けしようと、宇宙探偵の556を助手にするため部屋を訪ねる。ところが556は密室で倒れていた！
「ドロロ 復活の戦士 であります」秋の実家の田植えを手伝いに来たケロロたちは、鬼の噂を聞き…。

「ギロロ よみがえったソルジャー であります」地球侵略を始めたギロロは、すぐに育つ植物を使って日本中をジャングルにしようとして…。
「冬樹 およげこいのぼり！ であります」おばあちゃんから冬樹にこいのぼりと鎧飾りが届く。ケロロは早速飾ろうとするが、冬樹は年齢を理由に嫌がり…。

「夏美＆小雪 テニスのプリンセス であります」小雪から決闘を言い渡された夏美。テニスで決着をつけることになり、夏美はケロロの特訓を受けるが…。
「ケロロ 侵略日和のさつき晴れ であります」日向家にツバメが巣を作った。みんなに大事にされるツバメに嫉妬したケロロは…。

「ドロロ 逆襲するは我にあり であります」バイパーの兄は弟の復讐をするため、様々なワナでケロロ小隊を捕らえていく。残されたドロロは…。
「巨大カエル対南海の大怪獣 であります」バイパーとの戦いで巨大化したケロロは、元に戻るまで西澤家の別荘のある島にいることになり…。

「ケロロ 自販機で侵略せよ であります」ケロロはそこら中にある自販機に目をつけ、色々なジュースを自販機で売り始めるのだが…。
「タママ 覚醒！新必殺技 であります」タママはポールに戦いを挑むが、必殺技をあっさりかわされ、負けてしまう。そこで、タママは新しい必殺技を開発するが…。

「ケロロ 育てよ城！ であります」ケロロは、クルルが作った道具ナノラを使って、自分で作ったお城のプラモデルを兵器として育てたのだが…。
「ケロロ の、動く城！ であります」お城に逃げられたケロロ軍曹は、移動するお城を捕捉する。だが、その進路にはガンプラ工場があって…。

「ケロロ ケロケロマシン猛レース であります」クルルの発明品で小さくなった夏美は、ケロロ軍曹が作ったレース場で勝負を挑まれるのだが…。
「モア 眠り姫てゆーか安眠希望？ であります」忙しいケロロにかまってもらえないモアは居眠りをしてしまう。時々寝ぼけて起きるモアだが…。

「冬樹 謎の転校少女にナニが起こったか？ であります」冬樹のクラスにオカルト好きの転校生、木下黎がやってきた。彼女は冬樹と意気投合するが…。
「夏美＆サブロー 戻れないフ・タ・リ であります」実体化ペンの修理で日向家を訪れたサブロー。修理中、基地内部を夏美と見学していたのだが…。

「桃華＆夏美＆モア 怪盗モアピーチサマー であります」冬樹は桃華の父に、新たにオープンする西澤美術館に飾る予定の絵が狙われているので守って欲しいと依頼を受けるが…。
「ケロロ 必勝！水中大決戦 であります」学校から帰ってきた冬樹と夏美は、家の中が水で一杯になっているのに驚き…。

「ケロロ 教師ゲロゲロ物語！ であります」軍へのレポート提出を忘れたケロロは、手早く調査するため教師として学校に現れるが…。
「ケロロ 再会、父よ であります」ケロロの父がケロロにお見合い話を持ってきた。ケロロは結婚に関するあるしきたりを嫌がり、断ろうとするが…。

「ケロロ 吸うなら吸え！ ウソやっぱやめて であります」長雨で湿度が上がり絶好調のケロロは、水分を吸い取るニョロロで洗濯物を乾かすが…。
「ドロロ トラウマからの脱出 であります」トラウマスイッチが入ったドロロは症状が悪化していた。原因を探ろうとするケロロたちは…。

「ケロロ ペコポンにほえろ！ であります」偶然宇宙警察の無線を傍受したケロロたちは、凶悪犯がペコポンに向かっていると知って…。
「タママ ケロン星からの訪問者 であります」突然空から宇宙船が落下してきた。中からは、小隊への配属命令を受けたというケロン人・カララが現れる。

「ギロロ 愛の救出大作戦 であります」夏美と冬樹は、突然現れたイベント星人に拘束されてしまう。ギロロたちは夏美たちを救出しようとするが…。
「夏美＆小雪 ドッキドッキ初デート であります」ギロロは夏美からデートに行くと聞き夏美の後を付けるが、デートの相手は小雪で…。

「冬樹＆桃華 ひみつのミステリーデート であります」廃校で怪奇現象が起こるという噂を聞いた冬樹と桃華。調査をすべくその学校に向かうが…。
「ケロロ なあ、ゲームを作ろうじゃないか であります」テレビゲームに夢中の夏美を見たケロロは、自分たちでゲームを作り予算を増やそうとするが…。

「ケロロ 大改造！リフォームは劇的に であります」家のリフォーム番組を見た夏美と冬樹は、秋に家のリフォームをお願いするが却下されてしまう。
「ドロロ いざまいる！宿命の対決 であります」利口な犬が町にやってきた。その犬に興味をもったケロロは、犬を捕まえようと企むが…。

「夏美と冬樹 の神隠し であります」車で家に帰ろうとしていた日向家の三人は、道に迷い、ケロロ達が経営する宇宙人専門の健康ランドにたどり着く。
「ケロロ 恒例！真夏のお笑いバトル であります」ある日、ケロロ宛に手紙が届く。それは以前出場した『水着漫才コンテスト』の案内で…。

「ケロン人VSペコポン人ついに全面対決か!? であります」超リアル侵略体感ステージで訓練をするケロロたち。だが、そこに思わぬ強敵が現れて…。
「小雪 ドッキドッキ初おむすび であります」ピクニックで夏美とお弁当交換をすると約束した小雪。だが夏美のかわいいお弁当を見た小雪は…。

「極悪！迷惑！宇宙宿題忘れ王伝説 であります」
ケロン軍本部から送られてきた侵略ノルマ提出指令書を見て、提出を忘れていたケロロ軍曹は慌てていた。期限に遅れた場合、小隊は強制退去となるためケロロは色々な策を考えるのだが…。

「ケロロ 鉄人シェフの挑戦状 であります」宇宙一の料理名人、ミネミネとゴモゴモ。彼らは宇宙いきなり団子選手権優勝者のケロロの噂を聞きつけ…。
「タママ 最強戦士の挑戦状ですぅ であります」何故か日向家に眼光するどいヘラクレスカブトがやってくる。彼の目的はタママと戦うことで…。

「冬樹 198X僕たちの夏休み であります」
ケロロ小隊と冬樹は、人生が二度あれば銃に落雷が落ちたショックで、昭和の時代へとタイムスリップしてしまう。ケロロと冬樹は昭和の時代の町へ見物に出かけるのだが…。

「あっと驚く〜特別企画 ゲロゲロ30分 であります」
夏休みも終わり相変わらずガンプラ作りにいそしむケロロだが、今回のケロロ軍曹は特別バージョン！　30分間にショートストーリーをどんどん発表！　さてケロロ軍曹の活躍はいかに…。

「桃華 覚醒！三番目の桃華 であります」
桃華の父、梅雄は冬樹が愛娘の婿にふさわしいかどうかテストすることになる。是が非でもテストをクリアさせたい桃華は、ケロロ小隊の面々に協力をお願いするのだが…。

「ケロロ小隊 私を月へ連れてって であります」
ケロロが月にリゾート開発をして、ひともうけを企んでいるのを察知した夏美と冬樹はケロロを問いつめる。だがケロロは小隊の慰安旅行だと言ってごまかそうとするのだが…。

「タママ 結婚するって本当ですか であります」タママのところにタルルとカララが現れる。カララはタママのお嫁さんになるために来たと言うが…。
「タママ 封印タママインパクト であります」タママはカララ父の宇宙船にタママインパクトが効かなかったため、飛び道具技を封印するのだが…。

「ケロロ 宝さがしはやっぱ宝島だよね であります」
突然宇宙刑事のポヨンが現れケロロを逮捕しようと日向家にやってくる。どうやらケロロ軍曹が宇宙アイドルのすももになりすまして指輪を盗んだというのだが、その指輪には秘密が…。

「冬樹 運動会はあきらめない であります」冬樹は運動会のリレーの選手になってしまい、特訓を始めるが…。
「ギロロ 猫は知っている であります」ギロロは猫に呼びかけられて驚いた拍子に大切な夏美の写真を手放し、無くしてしまう。猫は責任を感じて、写真の代わりを探そうとするのだが…。

「ケロロ いや〜家出ってホント寂しいもんですね であります」
いつものように夏美とケロロはケンカを始める。エキサイトしたケロロは、日向家から秘密基地を移動する決意をするのだが…。

「ギロロ 真っ赤なド根性の日々 であります」実験の失敗で、ギロロは夏美の右腕にくっついてしまう。大事な試合がある夏美は、ギロロをつけたまま学校に行くが…。
「戦え小雪！ 大切な人を守るために であります」修行中の小雪は、突然何者かの攻撃を受ける。それは宇宙忍者・機動幻惑種族の仕業で…。

「623 僕のラジオにでない？ であります」623のラジオ番組で、一日アシスタントのオーディションがあると知った夏美は…。
「ケロロVS夏美 1/6のガチンコバトル であります」夏美は当番をサボったケロロからガンプラを取り上げた。自分の1/6スケールのプラモデルで夏美を攻撃するケロロだが…。

「ケロロ 温泉混浴露天風呂殺人事件 湯煙にさすらう宇宙一不幸な兄妹の魂 兄が作ったカラーボックス温泉 いざ入ろうとすれば片足しか入んなくて、ショックで足を滑らせた兄が気絶するとき、湯の花に妹の涙が舞い落ちる であります」
「クルル とことん嫌なヤツ であります」

「桃華 ちょっと宇宙でランチでも であります」冬樹にお弁当を食べてもらいたい桃華は、冬樹が彗星を見たがっているのを聞き、自家用スペースシャトルで宇宙に誘い…。
「ケロロ 松茸を狩れ！ であります」松茸が高価だと知ったケロロは、松茸を売って活動資金にしようと松茸狩り作戦を決行するのだが…。

「ケロロ ガシャッとまわせばいれかわり であります」クルルの発明で、夏美はケロロと姿を入れ替えられてしまう。だが入れ替わった二人は様々な出来事に巻込まれ…。
「夏美 魔法少女になれたら… であります」ケロロが宇宙廃品回収に出した不要品から、冬樹たちはおもちゃの魔法のステッキを見つけて…。

「冬樹&夏美 悪魔のすむ日向家 であります」憑依型敵性宇宙人・アクリョーン星人が日向家に取りついてしまった。冬樹たちは家からの脱出を試みるが…。
「ケロロ なれ！スーパーヒーローに であります」イベンタ星人から全宇宙向けの新番組の制作を頼まれたケロロは、さっそく番組を作り始めるのだが…。

「ケロロ 祝え！ハッピーバースデイ であります」誕生日が近くなったケロロは、皆に祝ってもらおうと、さりげなくアピールするのだが…。
「モア 不思議の国のモア であります」モアはケロロに頼まれてガンプラを買いに街に出掛ける。だが、そこで出会った黒いウサギにガンプラを持っていかれてしまい…。

「ダソヌ☆マソ ペコポンはもらった！ ブッチャ毛ほしくもないけどね であります」
ある冬の日、夏美と冬樹は空から突然降ってきたダソヌ☆マソのチケットを間違って切ってしまう。早速、冬樹達の目の前にダソヌ☆マソが現れるのだが…。

「ギロロ 七つの顔の男だぜ であります」 クルルの発明のせいで、ギロロは七人の性格のギロロに分裂してしまう。なんとか元に戻ろうとするギロロだが…。
「冬樹 盛り上がれ！オカルト大会 であります」オカルトクラブの廃部の危機を救うため、桃華は冬樹とオカルト大会に出場して実績を作ろうとして…。

「ケロロ メリークリスマスが言えなくて であります」
クリスマスの日、ケロン軍本部から侵略経過を審査する調査団の派遣の連絡を受けたケロロ軍曹は色々な作戦を考えるのだが…。

「ケロロ 新年・新生ケロロ誕生 であります」新年の抱負も適当なケロロを見かねたギロロは、クルルの発明品でケロロを真面目にしようとするのだが…。
「小雪 おばあちゃんがやって来た であります」小雪を交えておせちを食べていた夏美たち。そこへ突然、秋奈おばあちゃんがやって来て…。

「ケロロ小隊 大空から愛をこめて であります」凧が昔軍事的要素を持っていたと知ったケロロは、小隊員自らが凧になり、上空で侵略会議をしようと思い付くが…。
「桃華対モア 激突はねつきバトル であります」おみくじで「ラッキーアイテムははねつき」と出た桃華は、早速はねつき大会を開催するのだが…。

「夏美 侵入！秘密基地 であります」秘密基地の非常呼集訓練を実施。ケロロは、623の色紙でおびき寄せた夏美を侵入者に仕立てるが…。
「日向秋 たぶん宇宙最強の女 であります」非常呼集の訓練時、外部からの不正アクセスにより、秋のパーソナルデータが盗まれた。秋は謎の宇宙人にさらわれてしまい…。

「カララ＆タルル ペコポンをもらっちゃおう！ であります」
日向家に突然、タママの後輩のタルルとカララが再びやって来た！ カララはクルルに花嫁修業の成果を見てもらおうと訪ねたのだが…。

「夏美 ギロロ散る？決死の救出作戦 であります」
ギロロは突然、謎の宇宙船連れ去られてしまった。なんとか救出しようとするケロロたち。だが、囚われたギロロが居る場所はケロン人の苦手な砂漠地帯だった！ 頼りにならないケロロたちに代わり、夏美が救出に向かうのだが…。

「モアピーチサマースノー 決戦バレンタイン であります」夏美はサブローにチョコを渡すつもりが、そこを通りかかった556に渡してしまい…。
「ケロロ 世にも不幸な物語 であります」助けた宇宙人に落とし物の返却を頼まれるケロロ。その落とし物「絶対不幸石」のせいで、ケロロは災難に見舞われて…。

「桃華 強敵と書いて“とも”と読む であります」新聞部の月神散世はスクープを狙って冬樹を付け回す。一方、桃華も冬樹の写真を撮ろうとするのだが…。
「ケロロ＆冬樹 ふたりで… であります」ケロロと冬樹が屋外でケロン星の遊びを始めると、いつの間にか冬樹のおばあちゃんの家近くまで来ていて…。

「桃華 駆け落ち大作戦 であります」親衛隊員の吉岡平と駆け落ちをしようとする桃華。しかしそれは、冬樹にある一言を言わせるための作戦で…。
「ドロロ＆小雪 出会いの記憶 であります」ケロロから友達だと思われているのかどうか悩んでいるドロロ。その姿を見て、小雪は自分の幼い頃の暮らしを思い出して…。

「夏美 名犬ナッチー であります」テレビの子犬にうっとりする夏美。ケロロより子犬の方がいいと言う夏美の言葉を聞いてしまったケロロは、あることを思いつくが…。
「ケロロ わんぱくケロッパー であります」冬樹から水族館がブームだと聞いたケロロは、自分たちで水族館を作って一儲けしようと企むのだが…。

「ケロロ え？我が輩…誰？みんな…誰？ であります」
上空から突然の電撃が日向家に直撃した。その途端、ケロロ小隊の面々は記憶喪失に。ケロロたちは、色々な試みをして記憶を思い出そうとするのだが…。

「ケロロ小隊 ペコポンが静止する日!? であります」
突然、冬樹たちの周辺でコンピュータ等がハッキングされて使えなくなってしまう。そこには、お馴染みの☆マークがあり、ケロロ軍曹は真っ先に疑われるのだが…。

「ケロロ小隊 ペコポン!!滅び行くか愛の星よ!! であります」
ケロロ小隊に変わって、ペコポン侵略に現れたガルル小隊。彼らは、ケロロ小隊の面々に襲いかかっていく。次々と倒される仲間たちを見たケロロ軍曹は…。

「ケロロ小隊 まごころを君に であります」
ガルル小隊に捕まり、改造されてケロロ大尉となってしまったケロロ。だが、夏美と冬樹のおかげで自分を取り戻す。壊滅寸前だったケロロ小隊を集合させ、ケロロ軍曹は最後の戦いを挑む。