時ははるか未来。異界グラン・ロロと融合し、切り離された地球に残った異界人の一部、異界魔族は人類との長い戦いの果てにその勢力を拡大、太平洋上に八番目の大陸を生み出した。抵抗軍を組織して異界魔族に対抗する人類は、過去から救世主となる人物を呼び出す。その人物こそ、かつて異界王との戦いで勝利したコアの光主の一人、馬神弾 であった。

クラッキーは、地球規模で人類の危機が迫っていることをダンに明かす。そんな中、異界魔族がダンの前に現れる。その名は、月光のバローネ。強さの深みにはまった者同士、熱い戦いへの渇望を持つ二人は、即座にバトルを開始。「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚したダンに対し、バローネもついに「月光龍ストライク・ジークヴルム」を召喚する。「ジーク」の名を持つ二体のスピリットが対峙する。

強い者と戦いたい！ ダンとバローネは種族の違いこそあれ、強さの渇きにあえぐ者同士。純粋にバトルをする二人のバトルはどんどん加速していく、ダンは「砲竜バル・ガンナー」を召喚し、「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」とブレイヴさせる。それに応えるようにバローネも「砲凰竜フェニック・キャノン」を召喚して、「月光龍ストライク・ジークヴルム」にブレイヴさせる。

カザンに促され、ダンに直接文句を言うユースだったが、デッキを検討中のダンは相手にしなかった。クラッキーはそんなユースを呼び出して、腕前を見ようとユースとバトルをする。すると、ユースは初歩的なミスをする初心者だった。だが、クラッキーとも対等に戦えていると勘違いしたユースは「ダンの力を借りなくても」と呟く。その発言を聞いたクラッキーは、静かな怒りで本気のバトルを開始するのだった。

ダン達を乗せたソフィア号は、異界魔族の大陸・オクトを目指し飛行していた。その頃、魔族の宮廷「魔光殿」では、月光のバローネの審問が行われていた。その頃バローネの部下イオラスは、暗闇のザジにそそのかされダンにバトルを挑む。ザジはイオラスを利用してダンの実力を見極めるつもりらしい。互いの身を賭けたイオラスの挑戦を受けて立つダン。

フェルナンドの町に魔族、暗闇のザジの船が現れた。町長と娘のサルマも従い、支配の印の旗を立てるザジ。そこへダン達が到着した。子供達が人質に取られたと知りザジを非難するまゐ。ダンは町の命運を背負ってザジにカードバトルを挑む。

町長と娘のサルマは、切り札を隠していた。それは魔族の子、アンとファン。人質にして交渉材料にするつもりだ。まゐはザジ達と同じことをしていると町長達を非難し、ダンはアンとファンを連れ帰ろうとする。そこへ町の男ルチャが現れ文句を言うが…。

魔族の子、アンとファンにダンがソフィア号の食料をすべて与えてしまった。食料の補充を依頼したクラッキーに、カザンはステラと剣蔵を派遣。一方、バローネ支配下のローマで冷遇されていた人々は、「月光龍ストライク・ジークヴルム」を破壊した、救世主ダンに一縷の望みをかけ始める。

バローネの部下、フローラがコアブリッドでソフィア号に飛び込んできた。ダンにバトルを申し込んだフローラ。ネクサス「賢者の樹の実」やXレア「天帝ホウオウガ」などを使うフローラとのバトルの中に、ダンはかつてマザーコアの光主であった華実を思い出す。

ダンとの戦いに魅了され、バローネにダンとの再戦を強く希望するフローラだが、ダンと無断でバトルしたため追放されてしまう。バローネとの再会を望んでいたダンは、フローラの頼みもあり超古代遺跡にバローネを呼び出す。

オクトへ進行中のソフィア号は、SOS信号を受信。調査に向かったクラッキー達は、魔族に追われた少女ジゼルを救出する。彼女はセバンを支配する魔族の領主バルガダとの結婚が嫌で逃げてきたのだ。バルガダに“ジゼル”と“セバン”の自由を賭けてバトルを申し込むクラッキー。バルガダは最強の使い手、冥府魔道のラーゼを指名。クラッキーはダンを指名し、バトルが始まる。

「翼神機グラン・ウォーデン」の模型を作ったプリムは、本当に戦う姿を見たくなる。緑デッキを使う剣蔵がバトルの相手をすることに。だが、初心者のプリムは、ミスを連発。それに対し剣蔵は…。

密かにダンに闘志を燃やすルガインは、父デュックの計らいでバローネと面会。ダンに勝ちながら拘束しなかったバローネにやる気の無さを感じたルガインは、三国同盟への本腰を約束させるため、自身を賭けてバローネにバトルを挑む。

オクトに近づいたソフィア号は、ダンの来訪を告げて、ついに魔光殿に招かれる。地球滅亡回避の協力を請うため、魔族の女王・ギルファムに会見するダン、クラッキー、ユース。その映像をザジが密かに全世界の人間達にも見られるように細工していた。

ダンは魔族達の前で、地球がリセットすることを明かす。それは魔族がオクトを作るために地球の中心にコアを打ち込んだせいだ。動揺する魔族達。人間達にも情報は行き渡る。人間も魔族も亡ぶリセットまでの期限は残り10ヶ月。

魔族の女王ギルファムに、残り十枚の十二宮Xレア捜索の協力を取り付けたダンとクラッキー達は、カザンの要請で人類軍本部への帰還を命じられる。その頃バローネは…。

ダンは自分とのバトルによって窮地に陥ってしまったバローネとデュックの二人を案じる。その迷いを見透かしたゾルダーは、「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を与え、バトルを命じる。

デュックの息子ルガインに呼び出されたダン達は、デュック城に到着するが、ルガインは不在だった。町はずれに来たダン達は、オクトの影響による地殻変動で倒壊した石橋で復旧作業中のルガインを見つける。

ルガインの情報で移動したソフィア号だが、荒野にあったのは一軒のゴミ屋敷。練習用バトルフィールドを貸しているようだ。ダン達を客と勘違いした屋敷のおばさんに十二宮Xレアの情報を聞こうとするダン達だが…。

オクトの影響で相次ぐ地殻変動が各地で起こる中、ソフィア号が帰還。十二宮Xレアを捜索中という剣蔵は自信ありげだが、クラッキーはもし揃わなかったら、という不安を隠せない。そんなクラッキーをダンはバトルに誘う。

地球リセットに繋がる異変によって、朝日が南から昇る事態が発生する。一方、フローラとイオラスはシカゴでバローネを探し出す。覇気を失っていたバローネに憤ったフローラは、バトルを挑む。

獰猛な性格に変貌した獄将デュックが魔光殿から出撃する。その様子を密かにスパイするフローラ。一方、情報部がもたらした新たな十二宮Xレアを求めてケニアに向かったソフィア号の前に、魔族艦隊が出現、攻撃を開始する。

ソフィア号に通信が入る。イオラスに救助されたバローネからだ。その通信でダンがデュックに囚われたことを知るまゐ達。デュックの狙いはダンの持つ十二宮Xレアだという。そして重傷のバローネの治療のため、ステラと剣蔵がソフィア号に派遣されてくることになる。

ルガインが連れ出したダン達がソフィア号に保護された。負傷したダンを優しく気遣うまゐは「休むことも勇気」だと教える。一方、変わってしまった父デュックを倒すと決意するルガイン。皆の様子にユースも自分に出来ることを模索する。

東京に帰還したソフィア号。ダンはバローネを見舞う。ゾルダーは負傷したダンの腕を診て「当分ドローも出来ねぇ、諦めて養生しな」と忠告。そこへ、カザンからまゐとダンに会わせたい男がいるとの通信が来る。クラッキーも交えた三人の前に現れたのは、人類軍が誇る凄腕の情報部員の…。

北極点が消失し神々の砲台が探せないため、十二宮Xレアが揃っても次の手が打てなくなる。一方、デュックは女王ギルファムへの絶対的忠誠を求め、十二宮Xレアを見つけねば制裁すると魔族の領土に示威行動を続ける。魔族と人間達は、互いの種族を恐れる不穏な悪循環に陥っていく。

ユースが対ブレイヴキラーデッキの組み直し中のダンにテストプレイを申し入れた頃、フローラは全てを見通していた女王ギルファムから力を貸して欲しいと頼まれる。ユースとバトルを始めたダンは、問われるまま、異界王を倒した後のことを語り始める。

ソフィア号は獄龍隊艦隊の待ち伏せに遭遇。かつてセバン国にいて人間が魔族の支配を穏やかに受け入れて暮らす理想の世界を謳うバルガダに従っていたラーゼは、今やデュックに心酔して獄龍隊の一員になっていた。

ゾルダーの船でデッキ構築に悩んでいたバローネは、オアシスの村への立ち寄りを頼む。村にはバローネと80年前にバトルし、敗れた長老がバローネを待っていた。村に伝わるカード「月光神龍ルナテック・ストライクヴルム」を長老から受け取る。

ソフィア号に合流したゾルダーは、自らが組み、カードバトラー部隊に支給する予定のデッキをダンに渡し、同一デッキバトルを試したいという。「獄龍隊とのバトルはキツかったか？」と問うゾルダーに、「あれはバトルじゃない！」と言い放つダン。

ザックはイザーズという人物から、ネクサス「光の聖剣」をバローネに届けて欲しいと頼まれ、ローマ領から抜け出す。ちょうどその頃、十二宮Xレアを持った人間がいるという噂が巷に流れ出す。一方、ソフィア号とセンチュリオン号はユースの故郷の魔族領オーストラリアに立ち寄る。

魔族に追われていたザックは硯に拾われ、バローネと再会した。ネクサス「光の聖剣」をザックから受け取ったバローネは、このカードを託したというイザーズに心当たりがなく警戒する。同じ頃、デュックの手元に、新たに見つかった十二宮Xレアが届く。

バローネと再会後、センチュリオン号に身を寄せたザックは、ゾルダーに促されダンとバトルをすることになる。バトルの最中「ダンを救世主だと信じていたが、魔族の女王と手を組み裏切られた」と、ダンに自分の気持ちをぶつるザック。

女王ギルファムに不審を抱く魔族達が魔光殿に押し寄せる。守備隊隊長メムノンの防御は堅く、バリアが魔族達を押しとどめる。ザジとジェレイドは危険回避のためと、一時的な退位とまつりごとの委譲をギルファムに促すが、ギルファムは断固として女王の座を動かなかった。

地球の危機で魔族達を混乱させ、言葉巧みに女王に退陣を求めるザジとジェレイド。その策謀をかわそうとするルクレチアとギルファムだが、眼前に突如デュックが帰還した。

ザジは、ダン達に魔光殿からの脱出を賭けたゲームを仕掛ける。バローネ達の運命を担い、デュックとバトルを繰り広げるダン。デュックの十二宮Xレア「巨蟹武神キャンサード」と、ダンの「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」のアタック合戦は、互いにライフを削り合う死闘となる。

宇宙用ブースターを装着したソフィア号で衛星軌道上の宇宙ステーションへ行き、停止しているコアシステムを復旧すれば極点探査が可能だという。そんな時、上空に突如バトルフィールドが出現する。野卑なゾルダーにバローネが辛い思いをしたと思いこんだフローラが彼を懲らしめるため、バトルを挑んだ。

バローネはイオラスを連れてルガインとザックの島にいるダンに会いに来ると、「魔族は人間と行動を共にすることが出来ぬ。俺が勝ったら、俺はお前と袂を分かつ」と、決別を宣言しダンにバトルを挑んだ。

地球の危機回避の切り札がある極点を探すため、衛星軌道上へソフィア号を運ぶブースターの準備が完了。ダン達はニューメキシコのロケット基地で宇宙飛行のための訓練を受ける。乗り物酔いに弱いクラッキーはその訓練でダウン寸前になってしまう。

宇宙ステーション・ホープに到着したダン達は、コールドスリープカプセルで眠っていた美女を発見。目覚めた美女は24世紀のアストロノーツで、魔族が宇宙ステーションに侵入するというトラブルでやむなく冷凍睡眠したという。ダンを全く知らないというアンジュだが、守り神のカードを一枚出してくる。

クラッキー達が復旧した宇宙ステーション、ホープに接続していた古いシャトルが異常を示す。アンジュが冷凍睡眠で封じた魔族の囚人アルコルが目覚めたのだ。アンジュに復讐すべく宇宙ステーション内に爆弾をセットしたというアルコルにバトルを挑むダン。ダンが伝説の男だと知っていたアルコルは、ダンのアタックでライフを減らされ、その痛みを懐かしがる。

ダン達は、硯が新たな十二宮Xレアを手に入れたとの報告を受ける。さらなる十二宮Xレア情報もあり、硯の応援で派遣されたゾルダーだが、バローネが入手した新たな十二宮Xレアと、硯が見つけたてんびん座の十二宮Xレアの二枚を賭けて、バトルを開始することに。

バローネと因縁深いオアシスの村。十二宮Xレアを見つけたエリスは、砂漠に倒れていたデュックを匿っていた。記憶がないままザジに囚われたのちコアブリットでザジの島から脱出したのだった。彼の素性に気づいたエリスの祖父、長老はデュックを村に迎え、バローネに連絡する。

オクトの魔光殿では、ルガイン達魔族とクラッキー達人類軍の調印式が始まろうとしていた。そこへ現れたイザーズは、「魔族至上主義」の異議を挟んで調印式の妨害を目論む。邪魔をするなとイザーズにバトルを挑むバローネだが。

南極の剣蔵達は異界見聞録のアナグラムの解読により判明した情報をダン達に伝える。一方、魔ゐの助言でオクト全魔族の移住を決断するバローネ。だが、魔族の単独地球支配を宣言するイザーズに影響された魔族達が造反し始める。イザーズとのバトルに備え、ダンはユースと模擬バトルに挑む。

バローネと魔ゐの魔族オクト脱出計画が始動するが、魔族絶対主義アスクレピオーズが反乱して避難船を次々にジャック。オクトへ強制帰還した彼らは避難船の魔族達を人質に、バローネ達と人類軍が保管する十二宮Xレア全ての譲渡を要求する。

ダンとイザーズの白熱したバトルは続く。イザーズは「冥王神獣インフェルド・ハデス」と「天王神獣スレイ・ウラノス」を召喚。ダンのライフを一気に削り、さらにはデッキ破壊まで行うイザーズ。絶対絶命のダンだが…。

奪われた十二宮Xレアを取り返すために魔ゐの挑戦を受けるダン。対戦相手の魔ゐのデッキは、以前に訪れたロンドンのバトルスピリッツ博物館で手に入れた『馬神弾デッキ』とブレイヴキラーデッキを組み合わせた混合デッキだった。

南極に人類軍と魔族のコアシップが集結。停止していた地球内部のコアが再始動をついに開始。それと同時に、ダンとバローネもバトルを開始。どちらが引き金を引くかの決着のためと、十二宮Xレアを存分に使いこなしバトルフィールドのリングに力を最大限蓄積するために。

十二宮Xレアとブレイヴスピリットを駆使して猛攻を繰り広げるダンとバローネ。その間魔族と人類軍のコア船が総力でバトルフィールドを神々の砲台台座にドッキングさせる作戦が同時進行する。