伝説の賞金首、ヴァッシュ・ザ・スタンピード。彼の正体をつきとめるため派遣されたメリル＆ミリィは、訪れた町でヴァッシュをめぐる賞金稼ぎたちの争いに巻き込まれる。本物のヴァッシュのおかげで窮地を逃れた2人だが、彼はひょうきんなお調子モノだった。2人は「本物の」ヴァッシュを捜して旅を続けることに。

次にメリル＆ミリィが立ち寄った町では前回出会った男が、なぜかヴァッシュの名をかたり町の名士の用心棒に。水源地をめぐる陰謀に巻き込まれる3人だが…。

伝説の銃職人マーロンを捜してワーレーンの町を訪れたヴァッシュ。しかしマーロンは酒びたりの毎日を送り、役立たずと罵られていた。過去に彼が町の住民を守るために作った銃が犯罪に使われ、妻子を殺害されたことが原因と知るヴァッシュ。その翌日、町にヴァッシュを名乗る強盗団が現れ、現金輸送車を襲撃して…。

ヴァッシュを捜索する旅に出ていたメリル＆ミリィは、ある町の酒場で起こった篭城人質強盗事件に巻き込まれる。犯人たちは町の名士ボストークの娘を含めた人質たちの解放と引き換えに、身代金と逃走用のワゴン車を要求する。そこにヴァッシュが現れ、知ってか知らずか篭城犯がいる酒場へと向かっていくのだった…。

アイプリルシティに立ち寄ったヴァッシュは食事中に賞金稼ぎたちの襲撃を受ける。難無くしのぐヴァッシュだが、なぜか今度は町の住民たちに命を狙われてしまう羽目に！町を維持するプラントにバグが発生し、住民たちは修復に必要な莫大な資金を彼の賞金で補おうとしていたのだ。

ネブラスカ親子の賞金をアイプリルシティに寄付したヴァッシュ。危機を脱することができた住民たちは町を救った英雄としてヴァッシュを讚える。そこにサンドスチームが到着し1人の女性プラント技師が降りてくる。彼女の名はエリザベス。過去にヴァッシュが滅ぼしたと言われる都市「ジュライ」の生き残りであった。

砂蒸気（サンドスチーム）に乗り込み、アイプリルシティを旅立つヴァッシュ。その船内でヴァッシュはカイトという密航者の少年と出会う。カイトの身の上話に同情したヴァッシュは、彼を自分の船室にかくまってやることにするが、実はカイトはB.D.ネオン率いる悪名高き盗賊団「バド・ラド団」の一員だった。

カイトの手引きで砂蒸気襲撃に成功したものの、大金庫の鍵を明けることが出来ないと知ったネオンは、砂蒸気をまるごと峡谷に落として船ごと金庫を破壊しようとする。自分の父親が設計した船が破壊されると知ったカイトは、船を守るためヴァッシュとともにネオンに戦いを挑むことに。2人は無事に砂蒸気を救えるのか…？

サンドスチームを降りたヴァッシュたちは、バスでメイシティに向かっていた。その途中、彼らは砂漠で行き倒れている男を発見する。男の名はニコラス・D・ウルフウッド。巨大な十字架を持った巡回牧師だった。そんな中、乗客が謎のマシンに襲われ、バスはマシンの大群に包囲されてしまう。

メイシティの子供たちと遊ぶヴァッシュ。遊びの輪に加わらない少年ニールを気にかけたヴァッシュは彼の家を訪ね、そこでウルフウッドと再会する。ニール母子が多額の借金返済を迫られていることを知ったヴァッシュは、渋々ながらも親子のため、町で開催される「クイック・ドロウ大会」に出場することになるが…。

行商を行うキャラバンと行動を共にするヴァッシュたち。ウルフウッドとミリィはキャラバンの長の息子・ジュリアスから、人身売買をしているこのキャラバンで踊り子のムーアが売られようとしていることを知る。恋人のムーアを連れてキャラバンから逃げ出そうとするジュリアスに手を貸すウルフウッドとミリィだが…。

人で賑わう休日の市場。青空のもと、ヴァッシュは平和なひとときを楽しんでいた。しかし、その背後に現れたレガートと名乗る白装束の男は突然彼に「君の命は…今日、消える」と宣告する。彼が置いていった紙袋の中には、ヴァッシュが接触した情報屋の体の一部が…。

刺客モネヴを倒したヴァッシュ。怒りに任せてとどめを刺そうとするヴァッシュだが、脳裏にレムの声が響き、銃を収める。メリルは凄惨な表情のヴァッシュに触れ、ヴァッシュ・ザ・スタンピードという人物に思いを馳せる。翌日、ヴァッシュは過去を精算するため再び旅立つ。そしてメリルも再びヴァッシュの後を追って…。

メイシティの町で、ヴァッシュは荒くれ者にからまれている老夫婦を救う。老夫婦の住む土地「ジオ・プラント」は、地主のモーガンに狙われていた。その夜、モーガンはマリリンを始めとするネブラスカ・ファミリーの残党を老夫婦の家に差し向ける。一方、メリルは荒くれ者の1人が老夫婦の息子であることに気付く。

ジェネオラロックに到着したヴァッシュ一行。ヴァッシュは偶然立ち寄った酒場の惨状にただならぬ気配を感じ、それがレガートの仕業であることに気づく。そんなヴァッシュの前に現れた次の刺客は、「GUNG-HO-GUNS」のドミニクだった。ヴァッシュはデイモン・アイズを使うドミニクに追い込まれるが…。

レガートに呼び出されオーガスタの街に来たヴァッシュの前に、GUNG-HO-GUNSの刺客、E.G.マインと雷泥が現れる。あくまで相手を殺そうとしないヴァッシュだが、雷泥に追い詰められる。その時、どこかから聞こえてきたレガートの声に導かれるかのように、ヴァッシュの右手が「プラント銃」へと変貌する。

新天地を求めて宇宙を行く移民船団「プロジェクト・SEEDS」。そこにはレムと幼いヴァッシュ、ナイヴズがいた。だが、船団はささいなことで航行不能になる。ヴァッシュとナイヴズを救命艇に乗せたレムは、船団を救おうとブリッジに戻るが、母船は爆発する。泣き崩れるヴァッシュ。しかし、ナイヴズは突然笑い出し…。

ある街の酒場にやってきたウルフウッドは、街がヴァッシュ率いる一団に包囲されていることを知る。そこへ街の娘リィナと飛び込んできたエリクスは、追ってきた一味に撃たれてしまう。病院で手当てを受けるエリクスのもとに現れたのはウルフウッドだった。実はエリクスこそが、行方をくらましていたヴァッシュだったのだ。

フィフスムーン事件以後、本社に戻っていたメリル＆ミリィは、新たに入ったヴァッシュ発見の情報を元に再びヴァッシュの後を追う。一方、ニューオレゴンの街に着いたヴァッシュとウルフウッドは、街がポロ家とフリス家の対立に巻き込まれていることを知る。そんな折、ポロ家にフリス家がサンドスチームで殴り込み…。

ニューオレゴンの町を襲ったタイフーンに乗じて、再び行方をくらましたヴァッシュ。彼の行く先は空中に浮遊するシップ。20年ぶりに訪れる「故郷」には、先生と呼ばれる老人とその息子ブラド、その他多くの人々がひっそりと暮らしていた。皆がウルフウッドを警戒する中、船内で凄惨な殺人事件が発生する…。

GUNG-HO-GUNSの魔人レオノフの人形に加え、新たな魔人ホッパードとナインライヴスがシップに侵入。死闘の末、魔人たちを倒したヴァッシュたちだが、シップは砂漠に墜落する。ヴァッシュを罵倒する市民たちだが、それを制したのはブラドだった。ブラドの言葉に、新たな生活への決意を固める彼らだったが…。

砂漠を旅するヴァッシュ一行はキーパスの町に辿り着くが、武装した市民たちに追い出される。途方に暮れる一行だが、そこで町に忍び込んでいた少年の後をつけると、砂漠の中に身寄りのない子供たちが暮らす古屋敷があった。食物の提供を条件に、屋敷に泊めてもらう一行。その頃、キーパスの町では監視員が殺されて…。

ゴーストタウンと化したトニムタウンにやってきたヴァッシュたち。しかし、ウルフウッドがザジを撃ったことで、ヴァッシュとウルフウッドの間にはわだかまりが。その夜、悩むウルフウッドをミリィが優しく抱擁する。翌日、一行を新たな魔人が襲うが、その1人チャペルは、ウルフウッドのかつての師匠だった…。

ウルフウッドを失い失意に沈むヴァッシュは、メリルに全てを話して去っていく。立ち尽くすメリルだがミリィに励まされ、ヴァッシュの後を追う。一方、エルアールの町を訪れたヴァッシュを、刺客・ミッドバレイが襲う。市民をかばって傷つくヴァッシュだが、ミッドバレイは自ら命を絶ってしまう。そこにレガートが現れ…。

身も心もぼろぼろになったヴァッシュを、辺境の村で介抱するメリルとミリィ。少しずつ元気になるヴァッシュとの毎日に平穏を感じるメリルだが、ヴァッシュの正体が村人に知れてしまう。ヴァッシュをリンチにかけようとする村人たちに「誰も人の命を奪う権利なんてない」と語るメリルに、ヴァッシュはレムの姿を重ねる…。

砂漠のオアシスで1人ヴァッシュを待つナイヴズ。現れたヴァッシュにナイヴズは「楽しかったかい、人間として生きて？」と問い掛ける。笑顔で答えるヴァッシュ。「ああ、最高だったとも！」万感の思いを胸に、いま2人の最後の戦いが幕を開ける…!!