「見習い忍者、忍見参の巻」試験勉強に勤しむ楓の部屋に突如として見習いくのいち、忍が現れる。
なんと忍は自分の試験の課題として楓の下着を狙っていたのだ！
「頭領、現るの巻」楓の御陰で試験に高得点をおさめた忍。御礼に忍術学校に招待しようとするが、やっぱり前途は多難な訳で…。

「忍者、花見で浮かれるの巻」花見に行こうと浮かれる忍者たちだが、外は土砂降りで花見どころではない。諦めかけた時、忍の出したお弁当が伝説の忍術に変身する。
「忍、楓とデートするの巻」楓と一緒に街へデートに出かけることになった忍。浮かれる忍だが、それを音速丸とサスケが見逃す筈がなかった。

「音速丸、怒るの巻」雅が気にくわない音速丸。しかし他の面々はすっかり友達関係で、さらに気にくわない。「もう許さねえ！」と息巻く音速丸が出した妥当雅の戦法とは！
「忍、家を出るの巻」その日はいつになく重要な定例会議。「忍には出て行って貰おう」という言葉を偶然耳にしてしまった忍は楓の元へ…。

「忍者、暑がるの巻」あまりの暑さに忍たちは庭にビニールプールを作るが、音速丸が穴を開けてしまう。一同は川に場所を変えて行水を楽しむことに。
「雅、恋をするの巻」輝かしい夏のために惚れ薬を開発する音速丸とサスケ。そこに忍たちが現れて相変わらず散々なことに…。

「音速丸、地獄に落ちるの巻」日頃の行いの報いか、音速丸が死んでしまう。やはり悪行たたって地獄に堕ちた音速丸が見た光景とは。
「忍者、夏祭りを行うの巻」音速丸の発案により、忍者の里で盆踊りが行われることに。やきもろこし、金魚すくい、射的など、無駄のない遊び方をする夏祭りのプロ、音速丸。

「台風が来たの巻」台風の直撃に遭ってしまった忍術学園。あの手この手で台風に打ち勝とうとするが、果たして音速丸は乗り切れるのか？
「忍者、きのこ狩るの巻」きのこ、それは漢のロマン。きのこに魅せられた忍者は次々と魅惑のマッシュルームの餌食となる…。

「音速丸、くっつくの巻」音速丸が雅の服にくっついてしまった！ あの手この手で音速丸を剥がそうとする雅だが…？
「忍、プレイボーるの巻」男女対抗野球大会をやることになった忍たち。音速丸率いる男チームに数で劣る忍の前に、頼もしい助っ人たちが現れる。

「忍、化けるの巻」文化祭でお化け屋敷を出す楓の手伝いをすることになった忍。凄いお化けになるために、あんな格好やこんな格好をすることに。
「怪植物、暴れるの巻」忍者は跳躍力を高めるために、すぐ成長する植物を毎日飛び越える修行をする。だが、忍の植えた植物は、他の忍者のものと一寸違っていた…。

「女の子、あったまるの巻」風呂釜が壊れてしまい、音速丸たちは露天風呂に行くことに。露天風呂といえば混浴。混浴といえばアレな訳で。
「楓、風邪をひくの巻」風邪を引いてしまった楓に早く治って貰おうと、忍たちは懸命に（？）看護するが、よりによって音速丸に風邪がうつってしまう。

「忍者、クリスマスるの巻」クリスマスの過ごし方を知らない忍者たちのために、楓が現代日本的聖誕祭のススメを伝授する。
「忍者、呪われるの巻」謎の隠し通路を見つけた音速丸たち。その中から出てきたのは強力な呪いのかかったアイテムだった。

「サスケ伝、始まるの巻」主人公サスケは学級委員である。彼を教育した音速丸は、世界（のポロリ）制覇を企む悪の頭領である。サスケは学園の平和のために戦うのだ。
「忍者、恩返しするの巻」劇をやることになった忍たち。御題となったのは名作「鶴の恩返し」。でも恩を仇で返すのが音速丸たちな訳で…。

「音速丸の秘密の巻」最終回、それは複雑に絡み合った伏線という名の糸が全て解ける最後の瞬間。ギャグアニメの中に張られた伏線に、君はどれだけ気づいただろうか!?
「さらばニニンがシノブ伝の巻」いざ尋常に。