皇歴2010年、ユーロピア共和国連合、通称E.U.と長きにわたる戦いを続けていた神聖ブリタニア帝国は突如、極東の国、日本を占領、エリア11とした。これにより世界各地にいる日本人たちもまた、イレヴンとして亡国の運命を歩むこととなった。それから7年――。劣勢の続くE.U.軍は、正規の国民でないイレヴンを集め、生存率の極端に低い危険な作戦に立ち向かわせるための部隊、wZERO部隊を設立した。故郷と呼べる地もなく、日本人という名も奪われた中で、日向アキトは、wZERO部隊のナイトメアフレーム、アレクサンダのパイロットとして幾度目かの戦場に立つ。

イレヴンを集めた特殊部隊、wZERO隊に新たな指令が下った。それは陽動のため敵中降下を命じる過酷な内容だった。wZERO隊のパイロットは、隊長のレイラ以下、先の戦闘での唯一の生き残り日向アキト、イレヴンのゲットーを逃げ出し闇社会で生きてきたリョウ、ユキヤ、アヤノのみ。それぞれがさまざまな思惑を抱えたまま、作戦は発動する。一方、ユーロ・ブリタニアでは恩人を謎の力“ギアス”で自死させたシンが、聖ミカエル騎士団の総帥に任命される。自らの野心のために着々とあゆみを進めるシンと、配下のアシュラ隊に出動命令が下る。凄惨極まる戦場の中、恐るべき真の力を発揮したアキトと、シンがついに相まみえる！

アキトたちワイバァン隊は、とある人物の嫌がらせによりID登録を抹消され、駐屯地に戻れなくなってしまう。路頭に迷ったアキトたちは、偶然旅の生活をする個性豊かな老婆たちと出会い、思わぬ平和なひとときを過ごす。そこで互いの過去を知るアキトとレイラ。リョウ、ユキヤ、アヤノたちとも次第に打ち解けていく。ナイトオブラウンズの一人である枢木スザクを従え、ユーロ・ブリタニアに着任した謎の軍師ジュリアス・キングスレイは、シャルル皇帝の威光の下に対E.U.戦線の全権を掌握する。冷静な目でキングスレイ卿の作戦を見つめるシン・ヒュウガ・シャイングだったが、自らの野望を実現するため大きな一歩を踏み出そうとする。

E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、アシュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるもアキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！ wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される…。

「この世界を滅ぼすことが俺の目的だよ」 暴走するシンのギアス。兄との最後の戦いを決意するアキト。ユキヤの放った爆弾によりユーロ・ブリタニア軍を三分の一に減らすことは出来たが、ヴァイスボルフ城を包囲されたwZERO部隊が圧倒的に不利な状況にあることは変わらない。そこに敵であったアシュレイが新たな仲間として加わる。アキトは最後の戦いを前に、自らの髪を切りレイラに渡す。「今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを」 レイラはアキトを見つめる。「私はもっとアキトと話したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一緒にここへ帰ってきてください」 ひとの心が一つに結ばれるとき、運命の秘密が明らかになる。真実が示す未来は果たして希望か絶望か。運命の闘いがついに終局を迎える――。『コードギアス 亡国のアキト』、ついに完結！