ある過去の出来事から丹童子アルマは極力他人と距離をとって生活していた。そんな彼に伊藤若菜だけは屈託なく接していた。そんな折、アルマの自宅に藍羽財団のCEOを名乗る藍羽ルリが現れる。彼女は「悪石（アシ）」と呼ばれる怪物に唯一対抗できる力こそ、アルマが持つ「セイクリッドセブン」の力だと告げる…。

アルマの学園の新理事長に就任したルリ。そんな彼女から改めて悪石との戦いに協力してほしいと要請されるが、アルマはその申し出を断ってしまう。その頃、米軍基地から「塩化窒素コルバイト」を積んだ輸送機が飛び立った。その内部でうごめく怪しい影。それは先日の戦いでメデューサの尻尾から抜け落ちた悪石蛇だった…。

「セイクリッド」の力の能力者を保護している研究機関の所長である研美悠士の前に悪石化した謎の男が立ちはだかった。異変に気づいたアルマは現場に向かうが悪石人間を前にすると全身から瘴気が立ち上り、悪石化の兆候が現れてしまう。そこに新型パワードスーツを身に纏った研美が駆けつけ、謎の悪石人間を追い払うが…。

明日は学園祭。生徒たちが明日の準備する中、学園に悪石蛇が迷い込む事件が発生。鏡の脳裏に、初めての学園祭を楽しみにしていたルリの笑顔が浮かぶ。事情を知ったアルマもまた、若菜が楽しみにしている学園祭が潰されてはと、心密かに思う。しかし、悪石蛇を倒すには、ルリの力を借りて変身しなければならないのだが…。

合宿で海にやってきた鉱石部一同。その海の近くには石の神様をたたえるために作ったとされるピラミッド伝説があった。そのピラミッドの中から悪石の気配を感じ取るアルマ。悪石を探るため、ピラミッドに潜入する鏡。その時大きな揺れが発生、アルマとルリは大地に走った亀裂からピラミッドの中に飲み込まれてしまい…。

研究所から逃げ出した「0号」と呼ばれる悪石人間を追いかける研美。闇の中、激突しあう両者。0号の力がアーティジェムスーツを凌駕し、研美は負傷してしまう。まんまと夜の闇の中に逃げていく0号。一方、血清の奪取に失敗したナイトは、新たな血清を造り出すために、セイクリッドの力を持つルリの拉致計画を企てる…。

取り逃がしてしまったナイトのアジトらしき場所が、研美のSPによって取りつけられた発信機により判明した。それは朽ち果てた地下壕だった。ルリを探して、暗闇の地下壕を突き進むアルマだが、その闇の中にナイトが待ち受けていた。一方、捕らえられたルリはフェイから研美についての驚愕の事実を聞かされるのだった…。

研美への疑惑が芽生えてしまったルリは、鏡に研美研究所の調査を命じる。そしてアルマの家にやってくるとルリはアルマに藍羽財団との契約書を手渡す。アルマとの協力体制をより確かなものにしておきたいとの思いからだったが、アルマはルリの言動に「信用されていない」と苛立ちを隠せず、険悪な雰囲気になってしまい…。

学校でルリとの仲をクラスメートたちにからかわれるアルマ。それはアルマへの偏見が解け、周囲の生徒たちが彼を受け入れ始めていた証拠でもあった。その頃、同時に二体の悪石の反応がキャッチされた。二体の悪石と戦うため、別々の現場に急行するアルマとルリ。悪石の目指す先にはアルマたちが通う学校と街があった…！

5年間眠りについたままのアオイに変化が現れていた。鬼瓦の話では、アルマの強いセイクリッドセブンの力がアオイと共鳴して変化を呼び起こしたという。アルマの質問に応じ、ルリは語り始める。5年前のクリスマスに、ルリとアオイはささいなきっかけから喧嘩をしてしまい、それが二人の運命を別つことになったことを…。

藍羽財団のCEOであるルリが逮捕された。いてもたってもいられないアルマは財団を解散してきたという鏡と合流する。何者かが藍羽財団に攻撃を仕掛けてきたというのだ。そして屋敷からはアオイまでがさらわれていた。一方、研美の研究所では研美がルリの体に眠るセイクリッドセブンの「コア」を取り出そうとしていて…。

フェイの兄であった0号よりも純度の高いセイクリッドセブンの力を有するアルマを食らうことで「神」の座に就こうとする研美。その野望を阻止しようと復讐に燃えるナイトが研美に襲い掛かる。一方、ルリとともに戦ってきた中で自分の力の本当の意味に気づいたアルマは、ルリとの「絆」の力によって新たな姿に変身する…。