ペットショップ「ハッピーケンネル」の仲間たちに、新たなかわいい仔犬が加わった。フレンチドッグのアレックスだ。ある日、アレックスはかわいい女の子、愛ちゃんの家に引き取られることに…。何かがはじまりそうな予感！

愛ちゃんとしあわせな毎日をおくるアレックスは、きょうもおさんぽに大いそがし！ だけどある日、ひょんなことから愛ちゃんとはぐれてしまう…。『愛ちゃん、どこにいるの？ ボク、これからどうなるんだろう？』。

はじめてのひとりぼっち。とほうにくれるアレックスが出会ったのは、ひとりでたくましく生きるダックスフンドのドッチ。アレックスはドッチからいろいろなことを教えてもらう。そんなドッチが苦手にしているものは…？

おおきなお屋敷にすむキャミーは、今まで一度も外に出たことがないお嬢様。そんなキャミーをつれて、みんなで町中を探検だ！ そうそう、おめかしも忘れずに。『キャミーちゃん、きれいだね…。あれ？ ドッチ、どうして泣いているの？』。

なかなか愛ちゃんに会えないフレディー。でも、土佐犬のリョーマは、人間に飼われるのはやめろと言う。『それって、さびしくないのかなあ…。ボクにはよくわからないけど、まずは“マーキング”をマスターだ！』。

フリーザーとのなわばり争いに負けたリョーマ。すっかり元気をなくしてしまったリョーマをはげまそうと、フレディーは四苦八苦。そんな時、フレディーたちの前に現れたおばあさん。リョーマを呼んでいるみたいだけど…。

自分は飼い主に捨てられたと思い込んでいるリョーマは、心に深い傷を負っているようだ。なにか良い方法はないだろうか…。その時、何かを敏感に感じ取るリョーマ。そしてまた、行く手にフリーザーが立ちはだかる…。

『どこかでかいだことのある匂いだなぁ…』。その匂いをたどっていくと、ハッピーケンネルで一緒だったボクサー犬のマックスがいた！ そんなマックスの住む家に泥棒が入ろうとしていた。フレディーたちは泥棒をつかまえることができるのだろうか？

フレディーたちはのどかな牧場へやってきた。そこにはオールド・イングリッシュ・シープドックのムックがいた。ムックは、親子三代で牧場に仕える牧羊犬。ある夜、コヨーテの群れが羊たちにおそいかかる！ 大変だ、羊たちを守らなきゃ!!

旅を続けるフレディーたちは、とある町にたどりついた。でもその町の主、ターナーは大の犬ぎらい。あやうく人間たちにつかまりそうになったフレディーたちは、キンタの母親、ジャズに助けられる。とうとう町を出る決心をしたジャズに、ターナーの追っ手がせまる…。

『このまま町を出たらいけない…』。そう感じるフレディーは、キンタとボビーをなんとか引き合わせようと一生けんめい。そこへまた、ターナーの追っ手が…。『みんな、たすけてー！』。フレディーの心の叫びが、町じゅうにひびきわたる。

やさしい夫婦のもとでしあわせに暮らしていたアメリカン・コッカー・スパニエルのコッコ。そんな一家に待望の赤ちゃんが生まれた。しだいに夫婦の愛情が赤ちゃんに傾いていくのを感じるコッコ。それでも強がるコッコにフレディーは…？

足をケガしてしまったドッチ。ぐうぜん出会ったおじいさんに助けられたが、おじいさんはなぜかドッチのことをロックと呼ぶ。人間ぎらいのドッチだけど、おじいさんといっしょに暮らすうち、だんだんその気になってきて…。

ある嵐の夜、ふしぎなものを見たフレディー。『あのね、すごくこわい男の人がきて、しばらくしたら男の人いなくなって、おばあさんがいて、犬がおばあさんを呼びにきて、ボクはその犬の声をどこかできいたことがあるような…？』。

フレディーが見たのは、ハッピーケンネルでいっしょだったなつかしい友達、コロコローネだった。でも、コロコローネの飼い主はいい人そうに見えるけど、なにか悪いことをして追われているみたい。それでも飼い主についていくコロコローネを、フレディーは追いかけて…。

ポッチは、自分が種類のわからない犬だということをすごく気にしているみたい。ある日、ポッチの飼い主のトムをぐうぜん助けたマックス。トムと楽しそうに遊ぶマックスを見てますます落ちこんだポッチは、姿を消してしまう…。

自分はなにをやってもダメだと思いこんでしまっているポッチ。どうやらポッチは、人間との遊び方を知らないみたい。フレディーたちと特訓しても、なかなかうまくいかない。すっかりスネてしまったポッチに、とうとうマックスが…？

フレディーたちは、立ち入り禁止の工事現場で穴を掘るブラッドハウンドのレオンと、その飼い主のトニーに出会った。トニーのパパの話だと、ここにはお宝があるかもしれないんだって！ こうしちゃいられない、みんなで穴掘りだ！…でも、お宝ってなに？

町にやってきたフレディーたちは、ハッピーケンネルの仲間、シバタと再会した。シバタは旅芸人のアリスと一緒に旅をしている。そしてぐうぜんにも、シバタとなかよしだったシーナとも再会をはたす。よろこぶフレディーたちのそばに、愛ちゃんが…！

感激の再会をはたしたシバタとシーナ。でも、シバタは旅芸人のアリスといっしょに旅をしている途中。シバタはアリスの大事なパートナーだ。シーナとアリスの間で悩むシバタに、アリスにあこがれたドッチが一肌脱ごうとしたが…。

突然の嵐にみまわれたフレディーたちは、雨やどりをしようと古い洋館にかけこんだ。中はまっくらで誰もいないみたい。ひとやすみしようとしたフレディーたちを、なぞの生き物がおそいかかる！ 『キミは誰？おばけ？それとも…？』。

激しいふぶきの中、フレディーが倒れてしまった。運よく獣医のジムの手当てを受け、フレディーは元気になった。ところが今度は、病院にいたポメラニアンのポロンが突然苦しみだす。たいへんだ、早くあの人を呼んでこないと…！

ジムはポロンを助けることはできなかった。ジムにうらぎられたと思い込んだマックスは、病院に残っていたマルチーズのマルコを外に連れ出す。マルコは病気がまだ治っていない。後を追いかけてきたジムに、マックスは…？

ちょっぴり弱虫なペキニーズのゼンジーに出会ったフレディーたち。そのゼンジーが想いをよせているレイナは、なんとネコ！ レイナに気に入られようと、木のぼりのれんしゅうをはじめるゼンジー。これも、犬としてのプライドだ！ …って、そうなの？

クリスマスでにぎわう街で出会ったジャック・ラッセル・テリアのジャッキー。でも、フレディーたちにはジャッキーの言っていることがよくわからない。ジャッキーは動く家に住んでいて、鼻の長いダニーや、おしりの赤いウーリーたちが友達なんだって！ いったいキミは何者なの？

チャイニーズ・シャー・ベイのトミコさんは、とっても心のやさしい女の子。ぐあいの悪くなったドッチに食べ物をあげたり、かいがいしく看病したり…。どうやらドッチのことが好きみたい。だけど、ドッチは浮かない顔。トミコさんの気持ちに本当にこたえてあげられるのは誰だろう…。

最近、コッコの様子が少しおかしい。フレディーやドッチと遊んでいても、何か別のことを考えている様子。どうやら、飼い主が恋しくなったみたい。いつのまにかコッコの飼い主の家にたどりついた三匹。今この家に、コッコのいる場所はあるのでしょうか…。

ある街の駅前で出会った秋田犬のリキューは、一日中ずっとパートナーの帰りをまっている。でも、リキューのパートナーはもうこの世にはいなかった…。心がつながっていればきっと会えると信じているフレディー。そして雪のふりつもる夜、きせきがおこった…。

ひょんなことから川に落ちてしまったドッチを助けてくれたのは、ラブラドール・レトリーバーのラブリー。以前は救助犬だったけど、いまはセラピー犬をしているんだって。フレディーたちは彼の仕事を見てみることに。そこで、ちょっぴりふしぎな犬、サンペーに出会う…。

『どこかで見たことのあるような街なみ、景色、そしてこのなつかしいにおい…。ボク、ここ知ってる！ ここは愛ちゃんと来たことがある場所だ!! きっと、愛ちゃんはこの近くにいる。やっと会えるんだ!!』

長い旅の末、やっと再会できた愛ちゃんとフレディー。幸せいっぱいのはずなのに、愛ちゃんの様子がおかしい。愛ちゃんだけじゃない。街中の犬たちがみんな人間にすてられているようだ。いったい、何がおこっているんだろう。ボクに何ができるんだろう…。

あんなにかわいがられていたコロコローネやキャミーたちまで飼い主にみはなされてしまっていた。どうしてとつぜんこんなことに…。バーナードンなら何か知っているかもしれないと考えたフレディーは、いそいで彼のもとへ向かおうとするが…。

街中の犬たちがみんなつかまってしまった。みんなを助けようとするフレディーだが、あやうく自分もつかまりそうになってしまう。そのとき現れたコロコローネに、間一髪のところで助けてもらう。さあ、今度こそみんなを助けないと！

フレディーとコロコローネたちは、“ふぉうちゅんツリー”のことを教えてもらうため、バーナードンのところに向かった。ところがその途中、フレディーが川に流されてしまう…。自分の飼い主の命があぶないことを知らされていたコロコローネは、フレディーを見捨ててしまい…。

コロコローネは、バーナードンから奪い取った守り石を持って、先にふぉうちゅんツリーを探しに行ってしまった。ところが、その守り石を使いこなせるのは“伝説の犬”だけだという…。石の魔力に支配される前に、コロコローネを探さないと！

谷底に落ちてしまったコロコローネは、深い傷を負ってしまう。そして、ぐうぜん守り石を拾ったビーチャンは、フレディーたちと出会う。やっと手に入れた守り石。ところが、コロコローネの身を案じたノッペが、守り石を持ってコロコローネのもとへ…。

ふたたび守り石とコロコローネを探すフレディーとドッチ。ところが、死者の森のハゲワシや熊が行く手を阻む。この森を通ろうとするものは骨だけになってしまうという。『愛ちゃんのもとに帰りたい…』と、フレディーは泣き出してしまい…。

フレディーとドッチがたどりついたのは、砂漠の真ん中。はげしい砂嵐が吹きあれるなか、最後の力をふりしぼってフレディーはふぉうちゅんツリーにむかう。そのあとを追うコロコローネと、たくさんの仲間たち。そしてついに…。

みんなの勇気と、仲間をおもいやる心が、ふぉうちゅんツリーをよみがえらせた。笑顔でフレディーを迎える愛ちゃん。これから本当の幸せが待っている。みんなパートナーのもとへ帰っていくなか、最後にドッチが向かったのは…。