飛来した隕石が巨大な宇宙人に変身して人々を襲撃し始めた。そんな中、エン、カイ、シン、ヨク、リュウの5人は宇宙警察機構の「ブレイブ星人」と遭遇する。ブレイブ星人は、「宇宙監獄サルガッソ」から脱獄した凶悪宇宙人と戦うための能力としてブレスレット「ダグコマンダー」を残す。エンたちは早速変身して…。

ダグオンとしての使命感に燃えるエンに対して、他の4人は乗り気ではなかった。その頃、現場に向かったエンは、ビルに入り込んでいたガクを発見。ダグオンに会いたい一心のガクは、事件の起きた場所に行けばダグオンに会えると思ったのだ。タイミング悪く、エンとガクは、そこで宇宙人「ザゴス星人」に遭遇してしまい…。

自分の姿をゲル状に変形させ、人間の生体エネルギーを吸収する凶暴な宇宙人「ガロン星人」。登校途中に多重衝突事故に遭遇したエンは、その事故がガロン星人によるものと察知し、追跡する。だが、逆に大きなダメージを受け、ガロン星人を取り逃がしてしまう。カイたちはエンの負傷により4人だけで調査に乗り出すが…。

津波を「デスパルス星人」が宇宙ゴマによって引き起こした。カイ、シン、ヨクは重連合体で「ライナーダグオン」を完成、ライナーブリザードで津波を凍結させることに成功する。しかし、ライナーダグオンが「3人で1つ」であることに不満を感じたシンが合体を拒否したことから、一同の心までバラバラになってしまい…。

発電所を襲い、電力を吸収する「エレクトロン星人」。登校中に遭遇したエンは、エレクトロン星人を撃退したものの、遅刻してしまった。エンがトイレ掃除の罰で足止めを食らっている間、再生したエレクトロン星人は再び発電所を襲い、巨大化を遂げていた。急行したカイたちは戦いに挑むが、苦戦を強いられてしまい…。

単独行動を好み、仲間とも一緒にいることのないリュウ。そんなリュウに興味を持ったエンは、彼のプライベートを調べ始めた。が、尾行はバレバレで気まずい雰囲気。と、そこに「カオス星人」の憑依した恐竜の化石が現れた。追撃に当たった2人は、カオス星人によってバーチャル・ゲームセンターに閉じ込められてしまい…。

リュウはカオス星人と接触した時に得たサルガッソの記憶を仲間たちに話し始めた。敵の情報に闘志を新たにする一方で、エンは、相変わらずリュウのプライベートを探っていた。リュウが学校の裏山に住んでいると推測したエンは、カイたちと夜の学園に潜入し、そこでダグオンの移動基地「ダグベース」を発見するが…。

山海高校だけではなく、市内全域の人々が謎の睡魔によって集団睡眠に陥ってしまった。その中でカイは風紀委員の意地で睡魔に抵抗し、原因を突き止めるべく単身調査を開始した。そして原因が、寝息で周囲の生物を眠らせることができる宇宙獣「モグネール」であることを突き止める。一度はモグネールを撃退するカイだが…。

ガクが捕まえた奇妙なイモ虫をもらい、未知の新種ではないかとヨクは大喜び。一夜明けてみると、イモ虫は部室から抜け出して机や壁、石像を食べて巨大化。さらに無数のイモ虫が発生して、さまざまなものを食べて被害を広げていた。実は、そのイモ虫は宇宙イモ虫「ザムザ」で、宇宙人「ガラバード星人」の食料だった…。

吸収した物体の特性を身につけ強くなっていく「キラード星人」。輸送途中に逃げ出したトラと遭遇したリュウは、傷ついたトラを手当てした。そこに現れるキラード星人。リュウはキラード星人と対決するものの、吸収されそうになる。そのリュウを救い、身代わりに吸収されたのは、手当てを受けたばかりのトラだった…。

太平洋で海難事故が相次いで起きた。カイたちは、一晩のうちに船体がボロボロになり乗組員も白骨化している状況に唖然とする。そこへ現れる巨大な剣。地球に飛来した機械生命体「ライアン」だった。問いかけを無視するライアンを疑っていたエンだったが、海中からアーク城が出現し、アーク星人こそが真犯人だと気づき…。

鋼のような外殻を持つ「アルマー星人」。その襲撃情報を得たダグオンチームは急行するが、ファイヤーダグオンのブレードでは歯が立たなかった。そこに駆けつけたライアンはアルマー星人に挑み、自らが変形したライオソードで撃退。改めてライアンの力が必要だと感じたダグオンチームは仲間になって欲しいと伝えるが…。

翼獣を従え、都市を破壊していく銀河獣人「ワイルディー」。ファイヤーダグオンは、ライオソードを使い切れず惨敗を喫してしまう。カイに力不足を指摘され剣の修行を始めたエンだが、裏山で練習しても時間ばかりが過ぎる一方だった。そして朝日山校長の蒔割りを手伝い始めたエンは、それを剣術に活かすことを思いつき…。

星獣「グリフィン」が突如現れて蹂躙した。偶然グリフィンと遭遇したマリアは、その場で失神してしまう。そんなマリアが気に入ったのか、グリフィンはマリアを拾うといずこかへと飛び去ってしまった。意識を取り戻したマリアはグリフィンから逃げようとしたが、やがてグリフィンが実は優しい星獣であることに気づき…。

部活もそっちのけでナンパに精を出すシンの姿が校内放送で暴露された。放送部に怒鳴り込んだシンは、そこでも思わずナンパを始めてしまい、部長のエリカに平手を一発食らう。その瞬間、エリカに惚れてしまい、彼女のことを四六時中考えるようになったシン。彼はマリアの占いで告白を決意すると猛アタックを開始したが…。

風雲高校の総番であるゲキは、ガクを救おうとエンを連れてきたマリアを見て一目惚れ。山海高校にまで現れた。そしてエンを追跡するうちにダグベースのある洞窟に迷い込み、ゲキはダグベースを見てしまう。ゲキをどうするべきか悩む一同。だが事件が起きたため、一同はゲキをダグベース内に閉じ込めて出撃するが…。

ガクの友達であるツヨシは、光る石を拾ったことで不思議なパワーを身につけ、イジメっ子に仕返しを始めた。石のパワーに守られていると思い込むツヨシを心配したガクは、マリアとエンにツヨシを会わせる。だが、ツヨシは石のパワーでエンを弾き飛ばしてしまう。その石は、実は「フェニックス星人」の破片だった…。

ある晩、夢遊病にかかったように歩き回るガクを発見したマリアは、子供たちの行方不明事件が多発していると知った。エンを引きずり込み、真相究明に乗り出すマリアは、ガクに縄をつけその後を追跡。やがて海に出た。立ち込める霧の先に幽霊船を発見すると、マリアは見失ってしまったガクを探すために潜入を決意して…。

エンが借金のかたにマリアと2人だけで湖へオカルト調査に向かうことを知ったゲキ。借金を肩代わりしてエンを解放したゲキは、マリアに自分を売り込み、同行に成功する。マリアと2人だけで調査を続けるゲキは、緑色の不審な建物の中で宇宙人が次々と生まれる現場を目撃する。そこは「シード星人」の秘密の繁殖地で…。

ダグオンになったことではしゃぐゲキは、仲間たちの迷惑も顧みず早朝に彼らを呼びつけて磨き上げたドリルライナーの自慢を始めた。そして、エンを連れてパトロールに出発する。その頃、自由の女神やピサの斜塔などの文化遺産をクリスタル化させた「ヌーベル星人」は、金持ちの宇宙人を対象にオークションを開催して…。

1度倒したはずの宇宙人たちが続々現れ、ダグオンチームは窮地に立たされた。彼らを操っていたのは「ヒュドロン星人」。彼は亡霊たちから得たダグオンチームの戦闘データを元に、ファイヤーダグオン、シャドーダグオン、ライアンを捕獲する。捕獲を免れたライナーズとゲキは、ゲキの思いつきで新たなる合体に挑戦して…。

凶悪宇宙人「デモス」が襲撃した。デモスの標的は、幼稚園の先生「アンナ」として生きる双子の妹だった。アンナは兄の凶行に心を痛めて、彼を逮捕させた過去を持っていた。その報復のためにデモスは飛来したのだ。さらに彼らは特殊な双子で、どちらかが傷つけば、そのダメージがもう一方にも影響する特性を持っていて…。

空に光点を見つけたダグオンチームは、食事もそこそこに出撃した。光点は「メカージュ星人」の乗ったガンドロイドだった。機械植物生命体のメカージュ星人は、地球に根を下ろそうとしていた。メカージュ星人が根を下ろすと、周囲の樹木はエネルギーを吸収されて枯れてしまう。ダグオンチームは全員で攻撃するが…。

無限砲がメカージュ星人の手にあるうちは、どうすることもできないダグオンチーム。このまま放っておけば、メカージュ星人は土中のパワーをどんどん吸い取って繁殖し、やがて地球を死の惑星にしてしまう。無限砲さえ奪えば逆転できるというガクの提案を受け入れて、無限砲とメカージュ星人の切り離しを実行して…。

ダグオンチームに保護されたガンキッドは善悪の判断もできず騒ぎを起こすばかり。そんな時、さまざまなものに化ける特性を持つ「キャメロン星人」が襲った。ガンキッドはガスタンクと同化したキャメロン星人にバルカン砲を発射。コンビナートの炎上を防ぐべく、ライアンはガンキッドの砲撃からガスタンクを守るが…。

深夜、ガクの元を訪れた「デマッカ星人」。彼はサルガッソからの追っ手を恐れているという。ダグオンに助けを求めたいのか、と訪ねるガクに、それは何かと逆に質問するデマッカ星人。ガクは、得意になってダグオンについて語り始めた。だが、ガクの話を聞いていたデマッカ星人の本当の目的はダグオン抹殺だった…。

続発する謎の食料盗難事件。犯人は宇宙生物「マウザー星人」だった。彼らは食欲が旺盛である上、驚異的な繁殖能力で食料を略奪してしまう。だが、マウザー星人にも意外な弱点があった。彼らの天敵「猫」である。そのことが科学的にも実証されると、人々は大挙してペットショップに押しかけ、猫という猫を買いあさり…。

ヨクの中学の同級生であるユカリが、オーストラリアに引っ越すことになったためヨクに別れを告げに訪れた。しかし、女心に鈍感な彼がユカリのヨクに対する恋心を理解するはずもなく、そのまま別れてしまう。そこで、シンは彼女をデートに誘いアタックを開始。そんな中、「パイダ星人」が、ユカリの住む街に現れて…。

地表を掘り返す謎の宇宙船。カイは宇宙船を待ち伏せし攻撃を開始、宇宙船内に侵入することに成功した。その船内には暗い過去を持つらしい「ラドンパ星人」がいた。ラドンパ星人は、人々の幸せや笑顔に異常なほどの嫌悪感を抱いており、かつて地球に送り込んだ「ラドンパの箱」を回収することで地球の壊滅を企んでいた…。

地球を襲う異常気象。突然オーロラが現れたかと思うと、季節を無視した雪が降り始め世界中を冬にしてしまった。それが、自分の惑星が滅ぼされた時のアーク星人のやり方と同じだったことに気づくライアン。復讐に燃える彼は独自にアーク星人を探し出して対決するものの、駆けつけたガンキッドと氷づけにされてしまうが…。

ザゴス星人の女王「クイーンザゴス」が飛来した。それに対し、宇宙警察機構は女性捜査官のルナを派遣し、ダグオンチームを配下に治めてクイーンザゴスとの戦いに挑むことになった。ギャラクシールナに変身したルナはファイヤーエンを援護。クイーンザゴスの宮殿内に突入したファイヤーエンはクイーンザゴスと対決して…。

警官ばかりを狙った謎の襲撃事件が発生した。捜査に乗り出したエンとゲキは、犯人のターゲットが警官であることに着目し、演劇部から借りた衣装で警察官に化けることにした。すっかり警官気取りで囮捜査に挑むエンとゲキ。そこに、かつて優秀な宇宙警察機構の刑事だった宇宙犯罪者「デスコップ」が現れるが…。

山海高校の学園祭前日。何の前触れもなく発生し世界中を騒がせているお化け台風が現れた。自然現象なら学園祭中止も仕方ないと、自分を納得させようとする生徒たち。そこへ、リュウが宇宙人相手に苦戦しているとの情報が入る。出撃したエンたちは、台風を人工的に作り出していた「フットバー星人」を発見して…。

ビルを攻撃しては、そのガレキを回収する謎のメカ。そのメカに回収されてしまったファイヤーショベルを奪い返すためにファイヤーストラトスごとメカの内部に侵入したエンは、成層圏まで運ばれてしまう。そこでエンは、事件の背後に「パット星人」がいること、彼らが巨大な宇宙要塞を建設していたことを知り…。

山海高校に転校してきた少年、ライ。何故かダグオンチームを知っているかのような素振りで、次々にメンバーの前に現れては挨拶をしていく。そんな中、地上の水という水を吸収していく「サバラス星人」が現れた。このままでは地球は砂漠の惑星になってしまう。ダグオンチームが苦戦する中、7番目のダグオンが現れて…。

ライは超能力を検証するべく追い回すマリアに捕まっていた。素直にスプーンを曲げたライの超能力の目撃者の中にテレビ局のプロデューサーもいた。プロデューサーは、ライのテレビ出演を承諾させてしまう。だが、その局には電波宇宙人「パルス星人」が潜んでいた。パルス星人は、ライを見つけると決闘を申し込み…。

最近世間をにぎわせている「幽霊トラック」。興味を持ったマリアは、ライを強引に引き連れて調査を開始し、早々に幽霊トラックに遭遇する。幽霊トラックが暴走宇宙人「トラッカー星人」だと気づいたライは、単身追撃を開始。マリアとライの仲を心配して後を追ってきたゲキやエンと暴走し続けるトラッカー星人を追うが…。

エンが登校中に出逢った少女、美奈子。エンは知らなかったが、実は美奈子はリュウの妹で、千里眼的な透視能力の持ち主。彼女の見た夢は現実になるのだ。その美奈子を、医師に偽装し人質に取る宇宙の阿修羅「シュラ」。彼はリュウを脅迫すると、エンの抹殺を強要した。悩むリュウは、ついにエンの胸に手裏剣を突き立て…。

アーク星人がライアンと決着をつけるべく地球に降り立った。ダグオンを倒す前にライアンと決着をつけることを望んだアーク星人は、ダグオンチームを擬似ブラックホールに閉じ込めると、ライアンを一対一の対決に呼び出す。ライアンにはかつての悲壮感はなかった。ガンキッドに、死なないと約束をして戦いの場に向かい…。

カイの前に、本部へ帰還したはずのルナが現れた。彼女はカイをヘリに乗せると、開発途中で放棄されたリゾート地に向かい、到着寸前で突然カイを海に突き落とす。そしてリゾート地に上陸したカイにルナは殺気を露わに攻撃を仕掛けてくる。実はルナは、ヒドーに捕らわれてしまい、精神操作を受けて操られていたのだった…。

ダグベースの調査をしていたライは、パワーダグオンにファイヤージャンボが合体可能であることを発見した。そこへマドーがサルガッソの囚人同士を戦い合わせた末に合成して作り出した宇宙人「ゼルマー」が飛来する。無限砲さえ通じない相手に対し、エンはライに連絡をとり究極の合体で窮地から脱することを決意して…。

ワルガイア兄弟は、ダグベースをターゲットに戦いの場に出る覚悟を決めていた。そしてマドーとゲドーの特殊フィールドにより、ダグベースは動力部が暴走、自壊の危機に直面してしまう。一方、ヒドーが現れ、マリアを人質に対決を迫られるエン。戦いの中、ダグテクターを破壊されたエンはマリアに素顔を見られてしまい…。

ヒドーを殺されたマドーとゲドーのワルガイア兄弟は、ダグオンとの戦いに一気に片をつけようとサルガッソを地球に向けて発進させた。その頃、ブレイブ星人の死とマドーからの宣戦布告を受けて、カイはサルガッソへの直接攻撃を決断。だが、命の危険はこれまで以上であり、宇宙への出発を個人の判断に委ねることにして…。

宇宙を航行していたダグオンチームは難破船を発見した。救助に向かったエンは内部で生存者を救出。サルガッソの囚人たちの襲撃を確認したカイたちは、エンと入れ違いで出撃し交戦を開始した。ところが、エンが救出した宇宙飛行士はゲドーが変装したものだった。さらに囚人たちの襲撃はカイたちを引き離すための陽動で…。

宇宙警察機構の艦隊は、マドーの放ったメカによって同士討ちをさせられて全滅してしまった。マドーは火星に仕掛けた重力制御装置でダグベースを火星に引き込んだ。高重力の影響で脱出不可能なばかりか、逆にマグマへと引きずり込まれていくダグベース。ゲキは重力制御装置を破壊するべくマグマに突入するが…。

サルガッソの囚人たちを無意識のレベルで精神操作していたのは超生命体「ジェノサイド」だった。ジェノサイドはダグオンチームの機体を操り、同士討ちで弱ったところを取り込もうとしていた。一方、ダグベースで意識を取り戻したエンは奇跡的にダグベースと超融合合体を果たし、ロボット形態でサルガッソ内に突入して…。

ファイヤーダグオンに憑依し、世界中に征服フィールドを展開するジェノサイド。地球は征服フィールドに包まれて瞬く間にジェノサイドの支配下に置かれてしまう。エンは捨て身の反撃を覚悟。パワーダグオンに合体して、征服フィールド内に突っ込むとジェノサイドが憑依しているファイヤーダグオンに取りつき…。

エンの捨て身の反撃で地球は平和を取り戻した。だがエンの消息はそれ以来途絶え、仲間たちが捜索したにも関らず生死不明の状態になってしまう。仲間たちの衝撃は大きすぎた。その中でマリアだけはエンの帰りを信じていた。校長のアドバイスを受け、エンとのデートの約束を守るべく、待ち合わせ場所で待ち続けていたが…。