漫画雑誌を読みふけっていた銀時は漫画「ギンタマン」を酷評。するとそばに「ギンタマン」の担当である小西の姿が。銀時の暴言に憤慨した小西は、担当編集者としての怒りと仕事の愚痴を爆発させる。それを聞いた銀時は「ギンタマン」を面白い漫画にするため、自ら担当編集者となって漫画家に会いに行くことに…。

ぼろぼろになった愛刀を預けに鍛冶屋を訪ねた土方は、店長の忠告を無視して妖刀と呼ばれる刀を持ち帰ってしまった。その後、真選組屯所へ向かう道中に浪士の集団にからまれ、早速新しい刀で試し斬りをしようとする土方。しかし刀を手にした途端、土方は妖刀の呪いでなぜか恐ろしいほどに軟弱化してしまい…。

テレビでオタク100人を集めた討論番組が放送された。各々の持論でスタジオ内が白熱する中、寺門通の親衛隊隊長を務める新八と激しい議論を戦わせる一人の男がいた。その男は、妖刀の呪いでオタクと化し、真選組を追われた土方だった。真選組内では伊東の権力が急激に拡大し、隊士たちに不穏な空気が流れ始めていた…。

真選組の乗っ取りを目論む伊東により、隊士たちは完全に分裂。近藤は味方が沖田一人という状況に追い込まれてしまう。計画の最後の仕上げとして近藤暗殺を実行に移そうとする伊東。敵に囲まれた列車内で沖田は近藤を守るためにある決断をする。そこに銀時たちが助太刀にやってくるが、土方はいまだに呪われたままだった！

銀時たちの呼びかけでようやく妖刀の呪いを打ち破った土方。近藤暗殺に邪魔が入ろうと、なおも牙を剥く伊東。彼らの最終決戦が幕を開ける一方で、銀時は鬼兵隊の河上万斉と対峙していた。激しく刀を交えながら、今回の騒動は真選組を壊滅させるために仕組まれたものだったと話す万斉。裏で糸を引いているのはやはり…!?

今回の騒動をすべて裏から糸を引いていた人物が明らかに！ 自分は踊らされていただけという真実、そして土方や近藤の思いを知って、瀕死の重傷を負いながらもようやく自分を見つめ直す伊東。なおも襲い掛かる浪士たちと真選組隊士の激しい戦いが続く中、銀時と河上万斉の死闘も決着を迎えようとしていた…！

FC大江戸のエースストライカー、甘羅尾の引退試合が行われようとしていた。だが、スタジアムで売り子のアルバイトを始めた万事屋が、チームのメンバーに間違えて危険なドリンクを飲ませてしまったため、責任を取って急遽メンバーを集めることになる。そして銀時はいつものメンツを連れて試合に出場することに…！

魔死呂威組組長の下愚蔵から仕事の依頼を受けた万事屋の面々。依頼内容とは、五年間も倉に引きこもっている息子の鬱蔵を外に連れ出すことだった。説得を試みる銀時たちだったが、鬱蔵には全く効果がない。打つ手がなくなり、組員たちからのプレッシャーで絶体絶命の銀時たちの前に組の若頭、中村京次郎が現れて…。

下愚蔵の息子の引きこもりには衝撃の事実が隠されていた。事の顛末を知った銀時は中村に刃を向けるが組員たちの襲撃を受け行方をくらませてしまう。下愚蔵も病に倒れ、ついに魔死呂威組の襲名披露が行われようとしていた。組の幹部たちが集まり、跡目として中村が正式に認められようとする中、銀時が会場に突然乱入し…。

密偵の命を受け、攘夷浪士たちのアジトに潜入を試みる山崎。彼に与えられた任務は浪士たちの動向を探り、桂ごと幹部を一網打尽に捕らえることだった。山崎は持ち前の圧倒的な地味さを生かして見事に潜入を果たす。だが、攘夷浪士になるためには桂直々の面接や、さらには筆記の採用試験をクリアしなければならず…。

ついに役人に捕らえられてしまった桂。彼を乗せた船は、悪党が最後に流れ着く難攻不落の監獄、獄門島へと向かう。そのころ島の牢屋内で、脱走を企て十五年間穴を掘り続けた男、末吉の脱出口が完成したところだった。脱走の機会を伺っていた末吉だったが、向かいの牢屋に桂が投獄されたことで彼の計画は狂い始め…。

「NH物は絶対彼女に見つかるな！」アパートの家賃を払うため、オカマバーを手伝うことになった銀時たちはアゴ美から恋の悩みを打ち明けられ…。
「ほぼ100％の確率でビニール傘を置き忘れてくる自分が嫌い」梅雨のせいか、仕事がこない日が続いていた万事屋。気分転換に新八は銀時や神楽と散歩に出かけて…。

スナックお登勢で働くようになったからくり家政婦のたまは、店の手伝いに銀時たちの家賃回収にと大活躍。休みなく日々まじめに仕事をこなす彼女を労い、お登勢は三日間の休暇を与えることに。しかし家政婦として人のために働くことしか知らないたまは、どうやって休めばいいのか分からなかった。それを見かねた銀時は…。

真選組屯所の掃除当番で、一週間便所を掃除することになった沖田ら一番隊。その中には嬉々として働く男、真選組内でもキレイ好きで有名な隈無清蔵の姿があった。彼が隊士たちに便所掃除の大切さを呼びかけるも一番隊の面々はやる気を起こさない。あまりの便所の汚さに業を煮やした清蔵は土方に厠の改善を進言して…。

娘の栗子がアルバイトの同僚に言い寄られていることを知り、大激怒の松平。娘から彼らを引き離そうと過激な作戦を実行に移そうとする。近藤や沖田もそれに同調し、過激さは増していくばかり、まったく収拾がつかない。見かねた土方は、同僚に栗子を諦めさせる役を買って出るが…。

監視員の仕事で、海水浴客で賑わう浜辺にやってきた万事屋。神楽は早速、亀の格好をした怪しい人物、亀梨を発見しボコボコにしていた。水着の女の子を盗撮していたことがバレて必死に言い訳する亀梨だが、銀時たちは聞く耳を持たない。すると、亀梨は盗撮を見逃してもらうかわりに三人を竜宮城に招待すると言い出して…。

竜宮城に行く途中に海に投げ出され、無人島に漂着してしまった銀時たち。一同は生き残るために無人島を探索するが、その最中に亀梨と再会する。なんとこの島こそが竜宮城だったのだ。一方その頃、江戸の街には巨大な亀のロボットが出現。それは亀梨によると、竜宮城の主、乙姫がある計画を実行に移したためだというが…。

竜宮城に秘められた過去と、乙姫の恐ろしい計画を知った一行。その野望を阻止できるのは彼らしかいない。亀梨の提案で、一行は複数チームに分かれて乙姫のもとを目指すことにする。しかしチーム分けの途中で気づかれてしまい、窮地に立たされてしまう。その頃、乙姫によって捕らわれていたお妙にも危機が迫っていた…！

大江戸中を巻き込んだ乙姫の計画も、ついに最終段階へ突入する。彼女の野望を阻止するため、奔走する銀時たち。彼らの戦いの行方は？ そして、地球の運命やいかに!?

沖田の提案で、真選組屯所が全面禁煙化することに。土方は抵抗するが、隊士たちの意見に押されて了解することに。せめて街中で一服しようと外回りの最中にタバコに火をつけるが、どこもかしこも禁煙、禁煙、禁煙…。さらに、松平の提案で江戸全域に渡って禁煙令が施工され、いよいよ追い詰められた土方の取った行動とは!?

「海外の日本料理店の味はだいたい学食レベル」地球人差別の発信元になっているという天人専門の料理屋を桂は無血で営業停止に追い込もうと画策するが…。
「一度取った皿は戻さない」寿司屋で厳しい修行を重ね、ついに店を任されたという長谷川に招待された銀時たち。食べ放題と聞いてうかれる一同だが…。

新八の指が天人によってプラスドライバーに改造されていた。さらに神楽と銀時までもが改造されていたことが判明。一同は犯人の天人を捕まえようとするが手がかりは「奴らは今人気のネットゲームにハマっているらしい」ということだけ。天人を見つけ出して元の体に戻してもらおうと三人はさっそくゲームをプレイするが…。

ドライバーに改造された体を元に戻すため、ネットゲームをプレイする銀時たち。開始早々ゲーム内の秩序を乱したあげく強敵に襲われた三人は、大ピンチの所をあるハンターに救われる。歴戦の勇者のような風情をかもし出すそのプレイヤーの正体は、銀時たちと同じくゲーマー星人に改造された、ある人物だった！

モンキーハンター内でゲーマー星人の手がかりを失ってしまった銀時たちはオフ会を開いていた。今後の対策を練ろうとする一行だが、まともな意見がさっぱり出てこない。その中、桂が皆を諭す。「今の我々に必要なことは、ドライバーとして生きていく覚悟なのだ」と…。果たして銀時たちは元の姿に戻ることができるのか!?

お通の新曲リリースが決定！ 新八をはじめとするファンたちは待っていましたとばかりに狂気乱舞するが、発売を間近に控えて思わぬトラブルが発生する。お通の音楽プロデューサーであるつんぽの事情で楽曲の製作が遅れ、発売が大幅延期になってしまうというのだ。ファンを裏切ることにどうしても納得ができないお通は…。

銀魂は放送三年目の折り返し地点に到達。自分たちの活躍を振り返りながら気合を入れ直そうと、お馴染みの万事屋BGMオンリーで新八が今日の主旨を説明。「最終章」は「最終回」ではなくて放送はあと半年続くというのを聞き、今日が最後と勘違いして気合を入れてきた銀時と神楽はすっかりやる気をなくしてしまい…。

寺門通の親衛隊一同は、コンサートの振りつけの特訓をしていた。しかし、タカチンは隊員たちの熱意が散漫になっていることに気がつく。なんと隊の幹部の一人が、ブログなどを通じて知り合った女の子たちとメール交換をし始めていたのだ。隊の規則が乱れていることに怒り、隊長として全員に喝を入れる新八だったが…。

海に漂っていた手紙を拾い、相手の女の子と文通することになった新八。どんな手紙を書こうかアレコレ悩んだ末に、銀時の助言で結局は沖田の写真を同封して返事を出す。その後、相手の子から無事に返事が届き、安心する一同。さらに話を膨らませ、親密な関係になるべく文面を考えていると、そこに突然近藤が乱入して…。

沖田の写真を使って文通をしていたことが、うららの姉にバレてしまった新八。必死に謝る新八であったが、逆に姉からうららを口説くことを手伝いたいと言われてしまう。その後、沖田とうららに合流する銀時たち。なんとかうららの気を引こうとするが、彼女の興味は沖田にいってばかり。そんな状況に追い詰められた姉は…。

食欲がない定春を心配し、動物病院に連れて行く神楽。定春は重大な病気ではなかったものの、一日だけ病院に泊まって行くことに。同じ頃、入院中の老犬が息を引き取ろうとしていた。どうやら飼い主も危篤状態らしく、お互いに死を待つのみの状況だという。それを見た神楽は老犬を飼い主のもとへ連れて行こうと決意して…。

死の際の老犬、金太郎を飼い主の老人に一目会わせようと病院を抜け出した神楽と桂は、“星喰（犬）”と“星吐（猫）”による地球の存亡を賭けた争いに巻き込まれてしまう。金太郎を狙う星吐の猛追から必死に逃れながら、老人が入院している病院へと向かう二人。一方、その病院からは老人が行方不明になっていて…。

山奥の温泉宿で過ごすことになった銀時たち。たどり着いたのは人の気配がしないボロ旅館だった。江戸に戻ろうにも帰りのバスもなく、しかたなくその旅館に泊まることになる。その後、旅館の女将であるお岩が出迎えにきてくれるも、彼女の背中には半透明の何者かの姿が！ この異常な現象に気づいた銀時と新八は…。

銀時たちが泊まった旅館は、この世に未練を残したため成仏できないスタンド（＝霊）が集まる幽霊宿だった。新八、神楽、お妙がスタンドに取りつかれ、一人残されてしまった銀時。そして強制的に従業員見習いをさせられることになった銀時は、同僚のレイと一緒に、次々と訪れるスタンド客をもてなすことになり…。

レイと組んで旅館を潰そうと考えた銀時。信長、秀吉、光秀（のスタンド）のブリーフトリオを利用して宿の評判を落とそうと画策するも、女将であるお岩に邪魔されてしまう。お岩の操る最強のスタンドであるタゴサクのパワーに圧倒される銀時だが、スタンドとなった新八らの助けも借り、宿の客を次々と成仏させていくが…。

タゴサクを自らの肉体に憑依させて閣下と化したお岩。彼女は怒りと悲しみに満ちた怒涛の攻撃で銀時を追い込んでいく。しかし間一髪、銀時もスタンドを憑依させて自らも閣下化することに成功。荒廃した幽霊宿を潰すため、全身全霊を賭してお岩に立ち向かう…！

かつて、銀時の適当なアドバイスによってジャンプで絶大な人気を獲得し、アニメ化までされたマンガ「ギンタマン」。そんな人気作を、担当である小西から大藤は引き継いだのだが、今やその人気は衰退する一方だった。そんな絶望的ともいえる状況の中で、テコ入れを試みるべく再び銀時が力を貸すことになり…！

マダオ（まるでダメなオッサン）こと長谷川は、別居中の妻であるハツとの電話中、会話の流れで彼女を家に招くことになってしまった。だが長谷川の住処は、今や公園のダンボールハウスだった。ハツに見栄を張って「結構いい部屋に住んでいる」ということになっている長谷川は、銀時の助けを借りていい物件を捜すことに…。

「告白に自信のある男なんて99%いない」さっちゃんと近藤が、どういう訳か互いに互いの恋のキューピッド役をすることになり…。
「サンタはいないって奴こそ本当は信じたいのねこの天邪鬼さん」雪が舞う12月。運命の再会を果たしたサンタとトナカイ、銀時の三人は旧交を温め、話を弾ませるのだが…。

新八と神楽が大掃除をしている最中、部屋に飾ってある額の裏から一枚の写真が落ちてくる。その写真には、何と銀時と謎の美女のツーショットが写っていた。そこに買い出しから帰ってきた銀時が意外な真実を告げる。新八と神楽がやってくる以前、銀時がまだ万事屋を始めたばかりの頃の昔話が初めて明かされる…。

スリなどで生計を立てる少年、晴太は銀時から財布をスる。しかし、中身はほとんどすっからかんだった上に、自分の財布をスり返されてしまう。結局銀時に捕まり、スリの現行犯をゆすられてパフェをおごらされるハメに。その後、事情を問い詰められた晴太は「遊女に会うために金が必要だった」と明かし一同を仰天させて…。

法の通じぬ地下遊郭都市、吉原桃源郷で最高の地位にいる遊女の日輪に会うためにスリを働いていた晴太。しかしそれは、幼い頃に生き別れた母親に会いたい一心での行為だった。晴太を日輪に会わせるべく吉原桃源郷に乗り込んだ銀時たちは吉原自警団、百華の頭領である月詠に手荒い歓迎を受ける…。

吉原にやってきた神楽の兄、神威。宇宙海賊・春雨の第七師団団長である彼は、元団長であった“夜王”鳳仙と会談を始める。円満に話が進んでいるかに見えたが、次第に不穏な空気が流れ始める。一方、神威とその部下による襲撃から逃れていた銀時たちは、月詠のアジトに身を寄せていた…。

鳳仙のもとへ向かう途中、神威の部下である阿伏兎と遭遇した銀時たちは、凄まじい戦闘力を持つ夜兎族の力に圧倒される。新八と神楽に促され、一人で鳳仙のもとへ向かう銀時。そして激闘の最中、兄の神威への思いと自分が戦う理由をあらためて見据える神楽だったが、新八のピンチを前に、彼女の様子が一変して…。

激闘の最中に夜兎の本能が目覚め、阿伏兎を退けた神楽。新八の必死の呼びかけで何とか自我を取り戻し、鳳仙のもとへと向かう。一方、神威は晴太を連れて日輪が監禁されている部屋にきていた。ようやく愛しい母の所にたどり着いた晴太は「母ちゃん、一緒に帰ろう！」と叫ぶ。しかし日輪の口からは思いもよらぬ言葉が…。

間一髪のタイミングでようやく鳳仙のもとに駆けつけた銀時。常夜の街に引き裂かれた母子の絆をつなぐために決死で刃を振るうが、“夜王”の圧倒的な力の前に為すすべなく崩れ去ってしまう。「母ちゃんと一緒に地上に帰れ…」と銀時の残した頼みを聞き、日輪を連れて吉原からの脱出を図る晴太だったが…。

鳳仙を倒せる唯一の方法、それは常夜に閉ざされた吉原桃源郷に太陽を取り戻すことだった。街を覆う鉄の天井をこじ開けるため、晴太は管理室へと向かう。一方、銀時と月詠率いる百華一団は鳳仙の攻撃に必死で耐えていた。全身全霊を賭して挑んでも全く揺るがぬ“夜王”の猛攻に、銀時たちは…。

常夜の街、吉原桃源郷についに太陽が昇った。激闘の末、最期に日輪への想いを吐き出しながら朽ち果てる鳳仙。そして、戦いの一部始終を傍観していた神威の前に神楽と新八が駆けつける。再会した兄に怒りをぶつける神楽だが、神威は銀時に“宣戦布告”して去っていく…。

吉原桃源郷の激闘の少し後。鳳仙や神威といったかつてない強敵と対峙し、自分の力不足を痛感した新八と神楽は修行に励んでいた。「もっと強くなりたい！」と、その心を銀時に打ち明ける二人。しかし銀時は「修行なんてめんどくさい」と却下。そんな面々に、お妙や長谷川が修行の極意を進言するが…。

何者かに襲われ、拉致されてしまった土方と沖田。目を覚ますと、お互いが鎖でつながれた状態で殺風景な廃墟の一室に捕らえられていた。そして、地愚蔵と名乗るその男は、真選組の屯所に爆弾を仕掛けたこと、そして鎖を解いて脱出するには、二人のうちどちらか一人が死ぬしかないことをモニター越しから告げて…。

屯所爆破のタイムリミットが迫る中、土方と沖田は一向に脱出の糸口をつかめずにいた。互いを結ぶ鎖を解く鍵は一つ。その鍵を使えば、もう片方は仕掛けられた爆弾によって吹き飛ぶ。悪魔のルールに翻弄され、疑心暗鬼に陥る二人。裏切りに走らない彼らを賞賛しながらも最後の決断を迫るべく地愚蔵はある道具を提示して…。

万事屋の三人がいつものようにしょーもないことをダラダラとダベっていると、ナゾの眼帯の男が現れて「ある事」を命令する。男は強力な「力」を持っており、万事屋はその命令に従わざるを得なかった…。