近未来、東京。この街に、天羽雅音とその娘梨穂子の姿が二人で暮らすことを求めて、児童福祉庁の管理から逃げ出してきた。しかし、福祉庁の追っ手に捕まり、再び、離れて暮らすことを余儀なくされてしまう。雅音を求め、逃亡を謀る梨穂子。その頃、牢獄に閉じ込められた雅音に不気味な魔の影が襲いかかろうとしていた…。

ウィッチブレイドが発動したことを敏速に察知する、導示重工の鷹山とNSWFの古水（ファーザー）。鷹山は雅音に「ウィッチブレイドが宿り憑いている」ことを宣告する。一方梨穂子は、斗沢の住む奈月ビルに一時的に避難させてもらっていた。いまだ離れたままの雅音と梨穂子。そして鷹山は、雅音に戦闘兵器を仕向けて…。

「ウイッチブレイド」を装着した雅音の威力を目の当たりにした鷹山は、雅音にある提案をする。それは、「ウィッチブレイドの力を使って、エクスコン退治を引き受けてくれれば、娘の梨穂子との生活を保障する」というものだった。一方、梨穂子は、雅音に会うため、二人の約束の場所「東京タワーの下」へ向かっていた…。

鷹山の用意した高級ホテルに案内される雅音と梨穂子だが、梨穂子が匿ってもらった奈月ビルに住ませてもらおうと考える。一方、鷹山がウィッチブレイドを手に入れたことを確信したNSWFは、真相を探るべく本格的な探求を開始。その頃、鷹山の指令によりエクスコン退治に出向いた雅音は、美しい女戦士に遭遇して…。

奈月ビルに引っ越してきた雅音と梨穂子は、初めての二人暮らしに大はしゃぎする。銭湯に出かけたり、買い物に行ったり…。新しい生活に胸を弾ませる二人であったが、斗沢は、雅音が事件当日留置所に居合わせていた人物であると知ると、早速目をつける。一方、雅音には、新たなる敵が襲いかかろうとしていた…。

ウィッチブレイドに完全に慣れていない雅音は、栞との闘いに破れてしまう。そしてその闘いの様子を、斗沢が密かに目撃、カメラに納めていた。回収班に救助され、導示のクルーザーに一時避難した雅音だが、ウィッチブレイドの力のせいか、その回復力は著しい。そんな中、栞には、ある異変が現れ始めていた…。

鷹山と玲奈がかつて恋愛関係にあったことを知る雅音。玲奈は以前ウィッチブレイドの適合者と見なされていたものの、ウィッチブレイドを持って逃走。一方、暴走が加速した栞は、雅音のいるクルーザーを襲撃。クローンブレイドを発動したことによる、装着者への影響。玲奈はただ冷静に、その事象を分析していた…。

「証拠写真」を手にした斗沢は雅音を連れ出すが、そこでエクスコンの突然の襲撃に遭遇する。とっさに「1年間は秘密にする」ことを条件に、斗沢の前でウィッチブレイドを発動させる雅音。しかし、闘いの最中、エクスコンは、何故か突然逃げ出してしまう。その頃玲奈は、密かに梨穂子への接触を図っていた…。

決まって夜11時45分に起こる殺人事件の真相を斗沢と追う雅音。導示重工では鷹山が他の役員からの追及を受けていた。一方、新しい友達が出来たことを喜ぶ梨穂子であったが、その男の正体とは、実はエクスコンであった。その頃、雅音らは、エクスコンの正体について、ある衝撃の事実を突き詰めるのだが…。

エクスコンの真実について、鷹山に詰め寄る雅音。しかし逆に、「斗沢に目撃されたことのペナルティー」で、鷹山の同伴者として、和銅率いるバイオ局主催のパーティーに出席させられることになる。美しくドレスアップした雅音であったが、パーティー会場で起こしたある失態をきっかけに和銅と鷹山が一戦を交えることに…。

新世代ネオジーン、まりあの成育ぶりに期待を膨らませる西田。一方、「ママのボス」のため料理を作ろうと、一人買い物に出かける梨穂子であったが、街中で、突然倒れてしまう。病院に駆けつけた雅音は、梨穂子の容態は軽いものであると聞き一安心。ほっとするのもつかの間ノーラから突然の襲撃を受けて…。

クローンブレイドの開発のため、捕獲された雅音とウィッチブレイドのデータ解析を急ぐ西田は、かつて「ウィッチブレイド適合者」と見なされていた玲奈のデータに異変が生じていることを発見する。一方、鷹山らにより、無事救出された雅音。だが、再会を喜ぶ雅音と梨穂子を待ち受けていたのは、意外な事実であった…。

互いに離れたくない雅音と梨穂子は、チョーさんの友人の元に身を寄せる。一方、まだ幼さの残るまりあは、ファーザーから「クローンブレイドを装着できるようになれば『ママ』に会わせてくれる」という約束を取り付ける。その頃、梨穂子という存在に興味をもった西田は、ノーラを彼女の元へと向かわせたが…。

玲奈の家で暮らすことになった梨穂子。そして自分の身に起こる「変化」への実感を強くする玲奈。その頃、導示重工では、和銅が新しいプロジェクトを立ち上げようとしていた。一方、NSWFには、バージョンアップしたクローンブレイドの装着に成功し、「ママ」に会えることを心待ちにする、まりあの姿があった…。

「姉妹」の実態を知った斗沢は、雅音に、梨穂子を連れ戻すよう告げる。「自分には資格がない」と断りつつも、梨穂子の身に迫る危険を察知すると飛び出して行く雅音。その行く手には、凄まじい「力」に触発され覚醒したエクスコン達。一方、怒りに身を任せクローンブレイドを発動させたまりあを、玲奈が迎え撃つが…。

リゾート合コン開催?! しかも、チョーさんの奢りで、奈月ビルの住人も全員参加することに！ 初めての家族旅行に心を躍らせる雅音と梨穂子。先輩「恭子さん」にタジタジの斗沢。燃え上がるチョーさんのテンション。楽しい夏の1日に、雅音は、ウィッチブレイドの宿命をよそに、平和なひとときを過ごすのであった…。

瀬川に告げられた「衝撃の言葉」が心から離れない雅音は、梨穂子に対し過剰なまでの愛情を注ぐようになる。その頃、導示重工では和銅が「アルティメットブレイド」の開発発表により、社内での立場を強めようとしていた。そんな中、斗沢はNSWFを追求すべく、古水の生い立ちに関する情報を入手するのだが…。

再発した謎の殺人事件。現場に残された遺留品や、何者かによるリーク情報によって、事件と導示重工の関係が広く世間一般に知れ渡ることに。責任を問われる鷹山。詰め寄る和銅。形勢は大きく逆転しようとしていた。一方、梨穂子に過激な愛情を注ぐ雅音の様子に、奈月ビルの人々は動揺を隠せずにいた…。

雅音は梨穂子達とのやりとりを経て、鷹山に対する素直な気持ちを受止められるようになった。鷹山を訪ねる雅音だが、アルティメットブレイドを装着した八木による襲撃から鷹山を守ろうと応戦する中、ウィッチブレイドにある変化が現れる。一方、「成長」したまりあは、ファーザーに、ある「おねだり」をするのであった…。

雅音は、鷹山と梨穂子の距離を縮めようと、「デート」を設定する。最初は互いにぎこちない二人であったが、途中から雅音も合流。家族のように、楽しいひとときを過ごす三人。だが、その帰り道、IUウェポンが突然の襲撃を仕掛けてくる。雅音は梨穂子の前で初めて、ウィッチブレイドを発動させて戦う姿を見せてしまい…。

崩壊の兆しを、強く自覚していく雅音。鷹山は雅音を救う手立てを探るべく導示のラボへと向うが、そこに待ち受けていたのは、Iウェポンがウィッチブレイドに反応し、誤作動を起こしているという事実だった。雅音は、何とかしてウィッチブレイドを自分から取り外そうと苦闘するのだが…。

ウィッチブレイドの凄まじい力を実感したまりあは、ウィッチブレイド捕獲のための新たな戦力として「あさぎ」を選び出す。そして和銅も、「エクスコン退治」の大義名分の下、IUウェポンを出動させ、ウィッチブレイドを捕獲しようとしていた。一方、自らの死を覚悟した雅音は、梨穂子をハイキングへと誘い出す…。

エクスコンが逃走したとのニュースに、騒然となる東京。しかも、暴走を起こしたIウェポン数千体が、東京に押し寄せようとしているという。避難勧告の出される中、雅音は梨穂子と奈月ビルの面々に別れを告げ、最後の戦いの場所へと向かう…。

ウィッチブレイドの力に引き寄せられるIウェポンとまりあ達。崩壊しつつも、戦いへと身を投じていく雅音。激しさを増す戦闘の様子に堪え切れなくなった梨穂子は、危険を顧みず雅音の元へと走り出す。果たして、二人の運命は、如何に…。