江戸の街で万事屋を営む坂田銀時のもとに、依頼人である加藤健が現れた。なくした物を取り戻したい。そのためには三千万ほど必要だと言う。身に続く不幸を語る加藤に、万事屋はやむなく協力することになる。一方そのころ、江戸の片隅では天人カリヤとその一味が、江戸掌握を目論み策謀を交わしていた…。

依頼人の加藤は修行に耐えられずに去っていた。銀時は酒をあおる加藤を見つけると一緒に酒を飲み、加藤に語りかける。本当に忘れたいことからは逃げても逃げ切れるものではない、と。その銀時の横顔を見つめ、加藤は強くなろうと思ったきっかけを語る。銀時は加藤の大切な物を取り戻すため、力になることを決意して…。

侍の誇りを失わずに剣の道を貫いた新八の父。死ぬ間際、姉弟に託したのは、侍の魂だった。父の遺した道場を守るべく、バイトに励む新八。しかし、剣の道一筋だった少年に世間は辛く、店長になじられ、天人には嘲笑を浴びせられる。そんな彼の前に一人の男が現れた。そう、彼こそが万事屋銀ちゃんこと、坂田銀時だった…。

新八が万事屋に身を置いて半月。侍の魂を見たのは幻だったのか、銀時にその輝きを見いだせず、新八は早くも後悔し始めていた。そんなある日、スクーターに二人乗りをしていた銀時たちの前に少女が飛び出してきた。その少女は、ある理由でヤクザに追われており、彼女を逃がすために新八は行動を開始するが…。

スナックお登勢に突っ込んだ飛脚から、大事な小包を届けてくれるように頼まれた銀時たちは、やむなくそれを届けに宛先である戌威星大使館へと向かった。しかし、その小包は爆弾で、はずみで爆発。銀時たちはテロリストと間違えられてしまう。その時、助けに入ってきたのは銀時の旧友、ヅラこと桂小太郎だった…。

桂の爆弾から結果的には皆を守った銀時たちだったが、その後警察の取り調べを受けていた。ようやく釈放されて警察署の前で恨み言を並べる銀時と神楽をおいて、新八は足早に去っていく。そして残された銀時と神楽の前に、脱獄囚が警察に追われて来た。男は神楽を人質にとり、銀時にパトカーを運転させて逃走を図るが…。

央国星のハタ皇子の下から、ペットのペスが姿を消した。そのペットの捜索を命じる天人を苦々しく思いつつ、入国管理局は万事屋に捜索を依頼する。天人絡みの依頼と聞いて一度は断る彼らだったが、積まれた大金にあっけなく尻尾を振ることを決めた。さっそく依頼をこなそうと、行動を開始する銀時たちだが…。

真選組が治安を守るために奮闘している傍らで、局長の近藤はスナックで働くお妙相手にくだを巻いていた。ダメな奴だと落ち込む近藤に、愛する人なら欠点ごと愛することが出来ると微笑むお妙。その彼女に近藤は一目惚れし、結婚を申し込むがグーで殴られる。しかし近藤は諦めきれず、お妙に熱烈なアピールを繰り返し…。

局長が女を賭けた決闘で負け、隊内に動揺が走る。おまけに近藤の無様な姿がTVで放映されたとあって、土方はどうにかして真選組の威信を取り戻したいと考えていた。それには、近藤を負かしたという銀髪の侍を消すしかない…。一方、自分が真選組の殺意を一手に引き受けているとも知らない銀時に、真選組の刃が迫る…。

ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、可愛いペットを得ようと江戸市中の動物園を巡る。一方、神楽は万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいと言って…。

入院している新八のお見舞いに行った銀時と神楽。そんな銀時たちは向かいのベッドのじじいからある依頼を引き受けることに。それはじじいの想い出の女性を捜し出すことだった。手がかりは、かつてじじいがどさくさの中で手にしたかんざしと、その持ち主が団子屋の看板娘だったという情報のみ。捜索を始める万事屋だが…。

お登勢はある夜、路地裏で腹を空かせ途方に暮れる天人のキャサリンと出会い、彼女をスナックお登勢に迎え入れた。熱心に働き、よく気が付く彼女をお登勢は気に入る。そして、店の売り上げを何者かに奪われる事件が頻発するようになる。そんなある日、警察が事件の捜査への協力を求め、スナックお登勢を訪ねて来て…。

万事屋に人捜しの依頼が舞い込んだ。幕府に仕える由緒正しい家の娘が、家に帰らず行方不明だという。この件を穏便に解決したい依頼人の頼みを、しぶしぶ引き受けた銀時たちは、娘が遊びに来てたというクラブに聞き込みに行く。手がかりを得られず、人捜しに飽きた神楽は、娘に容姿が似ている男を連れて帰ろうとするが…。

「男にはカエルにさわれて一人前、みたいな訳のわからないルールがある」違法薬物で利益を上げる幕府高官を誅しようとする攘夷志士の動きが活発化した。これに応じるべく、真選組に要人警護の命が下るが…。
「脇だけ洗っときゃいいんだよ脇だけ」神楽は助けた少女から一日だけ友だちになってと言われて…。

定春の面倒を押し付けられた銀時は、過剰なコミュニケーションの前に息も絶え絶え。そこへ桂が珍妙な生物を連れて現れた。坂本によって贈られたそれは、エリザベスという名のペットらしい。そんな中、銀時たちはTV番組で変な動物を募集しているのを知る。優勝者に進呈される豪華賞品に目がくらんだ銀時たちは…。

昼間から公園でたそがれる長谷川に神楽が「何故昼間からこんなところにいるのか」と声をかける。一時の勢いでハタ皇子を殴り、入国管理局を首になった長谷川は、まるでダメなオッさん、略してマダオ街道まっしぐらだった。そんな色々なものを失った彼の唯一得た友人が、パチンコ店で仲良くなった銀時だった…。

将軍が姿を見せる祭りを前に、お登勢率いるかぶき町町内会一同は江戸一番の発明家である平賀源外のもとに詰めかけていた。昼夜問わず騒音を立て、ガラクタばかりを作り続ける源外に、ついに堪忍袋の緒が切れたのだ。そしてお登勢に動員された万事屋一同は、目には目をとばかりに大音量のカラオケで対抗するが…。

姉への贈り物にと、胸の部分に『宇宙怪獣ステファン』と書かれた名札が縫い付けられた、エリザベスに似た人形を手に帰宅する新八。だが、新八を待ち受けていたのは狂戦士と化したお妙の長刀の斬撃。慌ててよけるものの、ステファンは長刀に貫かれてしまう。ステファンを握りつぶしながらお妙が語る怒りの原因とは…。

パチンコに運命を委ね、散った男たちがいた。拾った小銭で買った棒アイスを咥えながら自らの行いを悔いる銀時と長谷川。そんな二人のもとに、うまい儲けが飛び込む。海に出没する宇宙生物に懸賞金が掛けられたというのだ。エイリアンを一本釣りし懸賞金を掴もうという銀時と長谷川の提案で、海へ向かう万事屋一行だが…。

蚊の多い夏の夜、真選組の隊士たちは怪談に興じていた。隊士の稲山が語るその怪談は、真夜中の寺子屋に赤い着物を着た女の幽霊が現れるというものだったが、その幽霊が真選組屯所にも現れた。隊士の半分以上が倒れ、皆「赤い服を着た女」のことをうわ言の様に口にしていた。隊士たちは本当に幽霊に襲われたのか…？

「男ならとりあえずカジキ！」池の畔で釣り糸を垂らす万事屋一行。そんな中、神楽の竿に大物のアタリが。だが、それには緑の身体で頭に皿があった…。
「扇風機つけっぱなしで寝ちゃうとお腹こわしちゃうから気を付けて」うだる暑さの中、扇風機が壊れてしまった。扇風機を手に入れるべく外に出る銀時だったが…。

いつも通り万事屋へと出勤した新八は、銀時を叩き起こそうとして信じられないものを見た。銀時の部屋のふすまを開けると、そこには布団の上で絡み合う銀時とくノ一の格好をした女の姿が…！ 酒を飲んで昨夜の記憶がない銀時に、さっちゃんと名乗る女は納豆をこねながら、二人が夫婦の契りを交わしたと告げるが…。

神楽が町内会の福引で宇宙の旅を引き当てた。さっそく宇宙港に向かう万事屋一行。ところが、ペットの連れ込みは禁止と言われてしまい、定春を連れて入ることが出来ない。どうしても連れて行きたい神楽は、係員と押し問答になってしまう。そんな中、定春は出発ロビーで寝ていたサングラスの男に噛みついてしまうが…。

マドマーゼル西郷。かぶき町四天王の一人で、鬼神と呼ばれる女装スナックのママだ。その西郷を化け物呼ばわりしたために女装させられ、西郷の営む『かまっ娘倶楽部』で働かされることになる銀時。店へ連れて行かれるとそこには銀時同様、女装させられた桂の姿が。口では逃げ出すチャンスを伺っていると言う桂だが…。

久々に食卓へのぼったすき焼きから注意を逸らし、一切れでも多く肉にありつこうと、お互いが牽制しあう万事屋一行。激しい腹の探り合いが繰り広げられる中、銀時と新八が神楽を陥れ鍋へと襲い掛かる。が、勢い余って鍋の中身は四散。騙されたと気付いた神楽は銀時と言い争いを始める。そんな中、新たな鍋の参加者が…。

長谷川が働くコンビニ『大江戸マート』を一日預かることになった万事屋一行。だが、神楽と銀時の中途半端なやる気が災いして、客に迷惑かけ放題。ただ一人真面目に働く新八は、その様子に呆れ顔。そんな時、万引きをしようとしているヤンキーに新八が気付く。捕らえてみると、それは新八の幼なじみタカチンだった…。

女子プロレスの会場に来た銀時たちの前に沖田が姿を見せた。暇なら付き合ってくれ、という沖田の言葉に導かれ、スラム街の奥で銀時たちが見たものは『煉獄関』と呼ばれる地下闘技場だった。そこで、鬼の面を付けて闘う煉獄関最強の闘士である鬼道丸を指さし、彼を探れば何か出てくるだろうと告げるが…。

歯を磨きながら観ていた占いコーナーで不吉なことを断言され、近藤は乾いた笑いを漏らす。そこに怒鳴りながら現れ、いきなり銃を撃ち放つ松平。真選組が煉獄関に手を出したことがバレ、二人は城に呼びつけられたのだ。土方と沖田の暴走に困惑する近藤だが…。

「慌てるな！クーリングオフというものがある」星をも切り裂く妖刀『星砕』。その伝説の刀を求め、天人の岩慶丸は夜な夜な刀狩りを繰り返していたが…。
「テレビとか新聞とかちゃんと見ないとダメだって」神楽の悲鳴ににわかに騒がしくなる万事屋。その元凶であるゴキブリ退治に向かう銀時と新八だったが…。

新人アイドルの寺門通とアイドルグループ『反侍（はんさむ）』リーダーのGOEMONの熱愛発覚。このニュースは新八たち親衛隊を失意のどん底へ叩き込んだ。その様子を冷ややかな目で見ていた銀時もお天気お姉さんの結野アナが結婚していたことが判り茫然。そして二人をせせら笑う神楽。そんな万事屋にお通が訪れて…。

地面に仰向けで倒れている銀時、青空は赤く染まっていく…。銀時はその場で意識を失うと病院へと担ぎ込まれた。ジャンプを買おうとバイクを走らせていた銀時は、携帯電話片手に運転をする車に突っ込まれたのだ。病院に駆けつけた新八たちは意識を取り戻した銀時と対面するが、彼は全ての記憶を失っていた…。

銀時が万事屋の解散を宣言し、江戸の町へ消えてから二週間が経った。宇宙船によって大破した万事屋で、酢昆布をむさぼる神楽。迎えに来た新八に対し神楽は、銀時が記憶を取り戻し帰ってくるまで諦めないと告げる。一方その頃、真選組の密偵としてマムシの工場に入り込んだ山崎は、そこで意外な顔を発見して…。

記憶喪失から戻ってきた銀時は、人生のリスタート記念に溜まった家賃もリセットしようとお登勢に掛け合うが、大破した万事屋を一週間以内に修復しないと追い出す、と宣告されてしまう。そんな彼らのもとに坂本からの小包が届けられた。中にはデリバリー大工と名乗るちっちゃいオッサンが二人詰められていたが…。

ネコミミアイドルTAMAの登場により、お通の人気が危ないと熱く語る寺門通親衛隊の面々。親衛隊の中にもTAMAに浮気した者がいると知り、鉄拳制裁を加える新八。だが、その一撃は偶然にも酔った松平に絡まれていた娘を助けることになった。お礼を述べるその娘は、ネコミミ。その可愛さに虜になる新八だったが…。

近藤、土方、沖田に「ヤツがついに動く」と告げる松平。一同に緊張が走る中、松平は再び告げた。「決戦だ」と。「ヤツ」が誰だか判らぬまま、近藤たちは松平への助力を誓う。そして彼らは遊園地にいた。彼らが見守る中、松平の娘、栗子に駆け寄る軽薄そうな七兵衛。そう、松平は娘に言い寄る男の抹殺を企てていたのだ…。

お妙とおりょうは、新人の花子が身投げしようとしているのを目撃した。止めに入ったお妙は、花子をひとまず家へと連れ帰る。大阪からダンサーになるために出てきたという花子は、怪しげな団体『夢幻教』に誘われ、貯えていたお金を使い込んでしまったと言うのだ。花子の手引きで夢幻教に潜入する万事屋一行だったが…。

「サンタなんていねーんだよって言い張る奴こそホントはいるって信じたいんだよ」雪が降りしきる夜。銀時は道ばたで言い争う赤い服を着たじいさんとトナカイに出会うが…。
「煩悩が鐘で消えるかぁぁ己で制御しろ己で」更けてゆく大晦日の夜。ジャンプ合併号の最後の一冊に銀時が手を伸ばすと服部の手も同時に…。

「雪ではしゃぐのは子供だけ」かぶき町雪祭り。賞金につられて参加した銀時たちは、誰が見ても“ピーー”にしか見えない雪像を作り上げて…。
「冬に食べるアイスもなかなかオツなもんだ」花火屋『角屋』の若旦那に呼ばれ、屋敷に出向いた銀時たち。そこで彼らは花火職人を引退した父親の世話を頼まれるのだが…。

桂は真選組の検問を強行突破しようとして、沖田のバズーカ砲により負傷してしまった。屋根伝いに追手から逃れようとする中、ラーメン屋『北斗心軒』の女主人、幾松に下着泥棒と間違われ撃退される。翌朝、お詫びに出されたラーメンを啜っていると幾松の義弟が店に踏み込んでくる。その幾松の様子に、桂は一計を案じて…。

江戸の街が映画『えいりあんVSやくざ』の話題で盛り上がっている頃、宇宙から飛来したえいりあんが江戸の街に潜り込んだ。えいりあんばすたーとして名高い星海坊主の助言で、近藤は真選組に非常線を張らせる。一方、「拙者拙者詐欺」に引っかかった神楽は、銀時を騙る電話の相手に命じられるまま、銀行へ走るが…。

神楽を解雇したことを銀時から聞いた新八は、神楽が万事屋を、そして銀時をどれだけ大事に思っていたか考えろと食って掛かる。そして自分も辞めると言い放ち、万事屋を去るのだった。一方、ハタ皇子のじいが積み荷の整理を指示していた。気味の悪い積み荷に怯える整備員たちの目の前で、じいが一つの瓶を割ってしまい…。

騒ぎの原因であるハタ皇子とじいを、助けて傷つき倒れた神楽を発見した星海坊主は、ハタ皇子たちに掴みかかった。だが、神楽はそれを止め、人を護ることに力を使ったことを誇るのだった。そこへ襲いかかるえいりあん。触手に捕らわれた神楽が飲み込まれようとしたその時、口を突き破って出てきたのは銀時と定春だった…。

星海坊主は旅立ち、神楽は江戸に残った。スナックお登勢でしんみりする仲間たちの姿を見て、イタズラ心をおこし、窓から様子を見守ろうとする神楽。しかし、そんな神楽がいない寂しさはいつの間にか別の話題へと移ってしまう。そして話はいつしか、万事屋の欠員を埋める新たなヒロイン選定へと移っていくが…。

捕まったエリザベスの救出を、食べ物で釣って万事屋に依頼しようとする桂。その依頼を受けてしまった万事屋一行と桂は、忍びの助けを得ようと『くの一カフェ』で働くさっちゃんを訪ねる。仕事を盾に助けを拒む彼女だったが、銀時の罠にはまり店をクビになり、協力させられることになってしまい…。

飲み過ぎた銀時が万事屋に帰宅すると、定春が巨大化していた。イチゴ牛乳を飲ませつつ、巨大化した原因を考える銀時たちだが何も思い浮かばない。銀時が居酒屋でもらってきた犬語翻訳機も当てにならず、途方に暮れる三人を尻目に更に巨大化する定春。そして野次馬から投げられる石が、神楽を傷つけるのを見た定春は…。

定春の暴走による賠償金を払うため、貯金どころか神社まで手放した阿音。スナック『すまいる』で働く彼女は、男を手玉に取る看板娘だ。だが、おなじく『すまいる』の看板娘であるお妙とはソリが合わず、何かにつけて衝突する。阿音ご指名のお得意様、菊屋の旦那をお妙がボコボコにしたことで、店長はある決断を下して…。

例年以上にひどい花粉に悩まされる銀時たち。一説にはどこかの星の植物が原因だと言うが、詳しいことは判らずじまい。あのお登勢が店を休むほどの花粉と言うから、ただごとではない。そんな折、屁怒絽と名乗る凶悪な顔をした天人が万事屋の隣で花屋を始める。その花屋こそが、この花粉をまき散らす元凶だったのだ…。

「似てる二人は喧嘩する」真選組に仲間を捕らえられ、報復のため土方を狙う八虎留三兄弟。オフの日を狙い、定食屋で飯を食う土方の隣に座る三男だが…。
「何であれやるからには負けちゃダメ」子供たちと一緒に缶蹴りで遊ぶ神楽。しかし、ムキになって遊ぶ神楽に子供たちはついて行けず、遊ぶのを止めてしまい…。

働かずして大金を手にしようと、カジノへと繰り出す銀時と長谷川。丁半博打で威勢良く張る二人だが、負けが混み、身ぐるみはがされ気付けばふんどし一丁になってしまう。そんな二人の前に現れた男が、彼らの着物を取り返してくれる。男の名はツキヨミの勘兵衛。宇宙に名をとどろかせた名ギャンブラーだった…。