ナイトタウンに住む真田ハジキは、ハチスカ運送で運び屋のアルバイトをする少年。ある日、怪しげな小荷物「ガド」を運ぶことになったハジキは、ジャック一味にだまし取られてしまう。奪い返そうとするさなか、ハジキがガドに触ると、ガドが強烈な光の中で巨大な人型と変形していく。鉄鋼人“ライトニング”が誕生したのだ。

図らずも鉄鋼人を「操縦」してジャック一味を粉砕してしまったハジキの前に、鉄重機“セブン”を操るカタナがあらわれる。金で裏稼業を請け負うカタナは、“ライトニング”を獲物として狙い、攻撃をしかけてきたのだ。なぜ自分がこんな目に遭うのか理解出来ないハジキは、ライトニングと共に逃げのびようとするのだが……。

もう一つ残っているはずのガドを狙って、ハジキを狙うジャックたち窃盗団。母や妹をジャックたちから引き離そうと、ハジキはライトニングを駆って街中を逃走する。だが、その姿はセントラルエレクトロニック会長の娘アイコの目に止まってしまう。彼女にも、“メッサーシュミット”と呼ばれる鉄鋼人がいたのだ。

一人暮らしの少年・タクミは宝石強盗犯を追う最中、危ないところをハジキに助けられる。タクミは警察が手を焼く犯罪者も鉄鋼人を持つ自分なら捕まえられるとその正義の意欲に燃えているのだ。同じ鉄鋼人をもつものとしての邂逅。強盗の次の狙いに関する手がかりをつかんだハジキは、ライトニングと共に出動するのだが……。

カタナとワンダは、デイタウン博物館へ搬入される寸前のガドを奪取することに成功した。だが、盗賊団の仲間たちがガドを横取りしようとアジトへ踏み込み、そのショックでワンダはガドを飲み込んでしまう。ガドの作用で、亜鉄鋼人に変身していくワンダ。そして暴走を始めた醜悪な巨人にカタナのゼロが闘いを挑むのであるが…

ガドが鉄鋼人になるのは、奇跡かもしれない。そして、鉄鋼人をどう使い、何を実現していくのか、ハジキは悩み始めていた。そして、同じ鉄鋼人を持つ者として、アイコたち鉄鋼人乗りが気がかりでもあった。そんな時、密輸されたガドが埠頭に陸揚げされるという噂を聞きつけたハジキは、ライトニングと共に港に向かうが……。

カトリーヌの依頼で、ガドが入っているはずの資産家のバルダーノの棺を奪ったまでは良かったが、どこにもガドは見あたらなかった。一方、自分を変えたい、そのために鉄鋼人が欲しいと願うアラシは、看板屋に雇われて自分の仕事を始める。そんな彼女の前に、ガドとおぼしきリングが現れた……。

ガドと鉄鋼人を破壊しながら、鉄重機に乗って砂漠地帯で旅を続けるセイカイとイサの二人。ユニット・ブルーに入った彼らは、タクミがサンダーボルトに話しかけている光景を信じられない面持ちで見つめた。彼らの出身地ユニット・コバルトは、暴走したガドによって全滅させられてしまったのだ……。

カタナとサユリは鉄道を乗り継いで、はるか極北の工場地帯ユニット・グレイまでやってきた。カタナの目的は、鉄重機のパーツを発掘して暮らしている老人・ラディゲと会うことだった。かつてカタナは、ラディゲと共に働いていたことがあったのだ。だが、ラディゲの近くには謎の男が出没し、サユリに近づこうとしていた……。

メリーとクリスたち警察に追われているハジキ。謎の男からカバンを預かり、それを持って逃走中のハジキは、カバンをカタナが狙っていることを知ったことで、絶対に渡すまいと意地になる。その逃避行の途中で、ハジキはこの町を去るはずのクラスメートの少女、メリッサが夜道を歩いているのを見つけた……。

ナイトタウンは二つのギャンググループの抗争で荒れていた。きっかけは、メッツ捜査官が殺害されたことだった。知らないうちに運ばされた時限爆弾のせいで、死人の出たことに嫌悪感を覚えたハジキは、その事件の調査を開始する。タクミによれば、別に真犯人のいる可能性が高い。その犯人とは、カタナなのだろうか……。

ハチスカに結婚式の招待状を届けるよう頼まれたハジキは、一軒一軒配っていた。一方、アラシは行方不明になった愛猫のアンドロメダを探していた。彼女にとってアンドロメダは、ガドを運んできた大事な猫なのだ。アラシから宿題のレポートのことを聞かされたハジキは、手つかずであることを思い出してしまうが……。

街のチンピラが、機械と融合させられた不気味な姿で発見された。この解決は、鉄鋼人を持つ者としての使命だと闘志を燃やすタクミだったが、ハジキは釈然としない。そのころ、ナイトタウンのカタナのもとにはタケナカという男が訪れ、戦いを挑み始めた。人と機械を融合させるのは、タケナカのパワーなのだろうか…………。

港で火事が連続発生した。それは怪しい人形を持つ男、ダブのしわざなのか。カトリーヌはその人形こそが求めるガドかもしれないと思い、ダブに接触する。だが、大爆発に巻き込まれ、いっしょにいたハジキが火傷を負ってしまった。それでも自分だけのガドを探すことをあきらめないカトリーヌは……。

アイコは、父のラリーから家の宝を見せられた。それは、莫大なエネルギーを生むとも言われているガドのコレクションだった。ハーモニー家は、ステータス・シンボルのガドを集めるため裏稼業の者たちを使っていたのだ。その一人、ジャックは失敗の意趣返しのためにアイコを誘拐し、ガド全部との交換をラリーに申し入れる。

正義を信じてサンダーボルトで戦いを続けるタクミ。だが、カタナのゼロには歯が立たず惨敗を喫してしまう。この街をわが手に入れようとするカタナの激しさは増す一方だった。鉄鋼人のことをアイコから打ちあけられた父のラリーは、ガドに関わるメンバーを招待した。ハーモニー家に集められた大量のガドを見たタクミは……。

タクミの絶叫を無視してサンダーボルトの暴走は止まらず、他の鉄鋼人を傷つけ続ける。その様子を見たカタナは、鉄鋼人こそは人の心を映し出す獣だと冷たく言い放った。自らの野望のために他のガドを壊わし、さからったジャックを容赦しようとしないカタナ。家を破壊されて妹サツキを人質に取られてしまい……。

ハジキは家を破壊された責任を感じ、家族のもとへ戻ることができなくなっていた。ナイトタウンはカタナの実力行使でバランスが崩れはじめ、かつての秩序は失われていった。街がカタナの手に落ちるのも時間の問題だった。そんな街をいったん出て、外で暮らしてみようかと、ハジキは考えていたが……。

姿を消してしまったハジキを心配するアラシ。自分に男の名をつけた父との断絶を改めて確認したアラシは、鉄鋼人ハヤテに乗って捜索を続け、トラックで夜道を行くハジキとライトニングを発見した。せめてユニットの境界まではハジキといっしょに行こうと、アラシも旅をともにする……。

旅の途中で熱を出したアラシを介護するため、ハジキはすでに一週間も村の床屋に逗留していた。ハジキは、果樹園でリンゴを取る日々を続ける。そんなハジキの姿を笑顔で見つめるアラシ。だが、村から出ていくこともできない青年サイラスたちは、よそ者の出現と持ち込まれた2機の鉄鋼人に不信感を抱く……。

特務から派遣されたバルトは、警察の機動力を駆使してナイトタウンの犯罪者を徹底的に撲滅しようと壮烈な活動を展開していた。反撃するカタナはアウトローたちの残された希望だが、頼みのゼロが限界に近づいていることは誰の目からも明らかだった。ワンダにかくまわれたカタナにかつての覇気はなかった……。

港湾都市クリスタルベイに来たハジキ。だがハジキが自分の旅とこだわるあまり、アラシと喧嘩別れになってしまう。とりあえずの職にありつき、宿として廃屋へ潜り込んだハジキは、そこでガラス細工をする少女きららと出会った。自分の想いをこめ、ガラスを形にしようとする彼女に心ひかれるハジキだが……。

ハジキはアラシと共に船旅を続け、父かもしれない男の手がかりを求めてチェニス島へと赴いた。そこには壊れかけた小型ロケットが数十機も並ぶ格納庫。そこで父・真田ユウジロウを名乗る男が現れた。男の顔は包帯に隠れ、話す言葉も意味不明だった。しかも、ハジキはなぜかその男の正体を確かめようとはしなかった……。

包帯男の正体は、鉄鋼人だった。突然現れたサユリの手が男に触れると、傷は癒えていく。サユリはハジキに、二人を宇宙へ連れて行く手助けを申し出た。この島は宇宙葬を行うための施設だった。ロケットさえ発掘できれば、もう一回だけ飛ばすことができるだろう。その頃、カタナが執念に燃えて接近しつつあった……。

サユリと包帯男は、チェニス島に残された電磁カタパルトを使って宇宙に出ようとしていた。目ざすのは、ガドの巣とも呼ばれる空間だ。ハジキもまた、アラシの制止を振り切ってライトニングとともに同じ高みを目ざそうとしていた。だが、カタナがサユリを取り戻そうと、ゼロを使って離陸を阻止しようと迫る……。

ゼロとハヤテの犠牲によって打ち上げは成功、ハジキは空の高みへと向かっていった。だがそれは葬儀用ロケットによる片道分の旅路だ。生還は絶望的でもあった。ロケットの滞留する空間に到着した時、ライトニングはハジキに語り始めた。「帰ってきた……」と。ガドの輝く空間で、ハジキは父の旅路の果てを目撃する……。