五次元人のジャーク帝国が地球を攻撃。古代より地球を守ってきた光の戦士エルドランはライジンオーで戦うが敗れ、地上の陽昇学園5年3組へと落ちる。エルドランは、ライジンオーを操るライジンメダルとライジンコマンダーを生徒たちに託し、地球防衛を頼み消えてしまった！

突然、エルドランから地球防衛の任務を託された5年3組の面々。剣王のパイロットになった日向仁は一人で大乗り気！ しかし、気の弱い星山吼児たちは不安を隠せない。防衛隊の長官がライジンオーを引き渡せとやってきた時、ゴミから生まれた邪悪獣ダストロンが現われた！

テストで0点をとった仁は、篠田先生の命令で、飛鳥、マリア、吼児、勉の秀才四人に勉強を見てもらった。だが、勉強嫌いの仁は不平をもらし、試験邪悪獣デストラーを生んでしまう。翌日、テストの最中にデストラーが出現。喜び勇んで出撃した仁にテスト攻撃を仕かけてきた！

おのぼり山への遠足の最中、吼児は広い花畑で山口梢という少女と出会う。吼児は、梢からおのぼり山の自然が土地開発のために失われつつあると聞く。一方、仁たちは、梢の兄の実と喧嘩をしてしまい、邪悪獣デザートスが生まれてしまう！ デザートスは木や草を切り倒し始め…。

クラブ活動の日。仁たちの拳法部がランニングへと出かけるが、仁は陽昇寺に先回り。実は、お寺の壁穴が点数の悪いテストの隠し場所だったのだ。しかし、そこには放火をしようとするヤクザがいた！ ピンチを救ったのは、矢沢校長の必殺技「龍尾脚」。以来、仁は龍尾脚の虜になり…。

車に引かれそうになった飛鳥を救った織江は、飛鳥の代わりに怪我をしてしまう。「交通事故なんて迷惑」というマリアの言葉にアークダーマが反応し邪悪獣アクシデンが誕生。アクシデンは陽昇町に暴走トラックを出現させ、交通事故を誘発！ 仁たちもパトロールを開始する。

「酔って暴れるなんて迷惑」の言葉にアークダーマが反応。防衛組の一人、ときえの両親が経営する居酒屋「陽昇亭」に邪悪獣が出現！ 防衛組が出動するが、小さくすばしこい邪悪獣を捕まえられない。酒を飲んでは火を吐くこの邪悪獣のせいで、陽昇亭は半焼してしまう…。

5年3組は学芸会の練習中。しかし、内気なゆうは、台詞が上手くしゃべれない。マリアたちが一計を案じるが、逆に自信を失ったゆうは舞台当日に逃げ出してしまう！ その頃、邪悪獣ドクノイズが出現。しかし、合体係を担当するゆうが不在では、ライジンオーになれなかった！

梅雨の季節。どぶ掃除をがんばる男子のために、マリアたちは炊き出しをする。しかし、「カビは社会の迷惑」の言葉から生まれた邪悪獣が、オニギリを食べてしまう。マリア以外の女子たちは、仁が盗み食いしたと思い込み、男子と女子が分裂する大げんかに発展してしまった！

邪悪獣の仕業で、陽昇町からガソリンが消えた。道路が遊び場になり、子供たちは大はしゃぎ。しかし、家がガソリンスタンドを経営しているれい子は、一人浮かない顔。れい子の両親は引っ越しを考え、それを知った5年3組は、なんとかガソリンを入手しようと行動する。

クラスで一番背が低い、クマのぬいぐるみを大切に持ち歩いているクッキーこと栗木容子は、身体測定で発育優良のきららに馬鹿にされ、泣き出してしまう。きららは謝るが、思わずつぶやいた「クマのぬいぐるみは迷惑」の言葉から、ぬいぐるみが邪悪獣と化してしまった！

プール開きの日。昔おぼれたのがトラウマになり、水を恐れるひでのりを見かねた仁と吼児は、銭湯で特訓を始める。しかし、ひでのりの「夏なんて暑いだけで迷惑だ」の言葉で邪悪獣が誕生。気温が異常に高くなり、市民プールや水道、ダムまでもが熱湯に変わり、町はパニックに！

社会科の共同研究の提出日を明日にひかえ、仁、飛鳥、吼児は佐藤大介の家で勉強中。しかし、大介の父親が出張、母親が入院中のため、仁たちは大介の妹弟のイタズラ攻撃に手を焼いていた。その隙に、佐藤家の赤ん坊、ミク郎が、ベルゼブの部下で五次元人タイダーにさらわれてしまった！

予防接種の日。注射嫌いの仁が暴れて先生を困らせたことから、5年2組の谷口六郎に小馬鹿にされた5年3組は、地球防衛組の名誉をかけ野球勝負を開始。そこへ、仁の「注射なんて迷惑」の言葉で生まれた邪悪獣イタイゾーが出現！ しかし、注射器の形の邪悪獣に仁は怯え…。

一流中学を目指す飛鳥は、絶対合格予備校に入るため、休み時間も勉強に余念がない。そんな折り「飛行機事故は迷惑」の言葉から邪悪獣が出現。仁たちは出撃するが、飛鳥は予備校入学試験の真最中…。仁たちは、猛スピードで飛び回る邪悪獣を取り逃がしてしまった！

校内対抗ドッジボール大会を明後日に控え、まともにボールを受けることもできない運動音痴の美紀を案じた体育委員の愛子は、特訓を行う。だが、美紀はあまりの厳しさにイジメられていると思い込んでしまう…。そして、主力選手のマリアときららが原因不明の発熱に倒れてしまう！

明日から夏休みだと言うのに、地球防衛組の活動で勉強が遅れ気味なことを心配した篠田先生は、休み中に特別授業を行うと宣言。仁たちは反発し、マリアも「一方的で迷惑だ」と叫ぶ。その言葉にアークダーマが反応し、篠田先生そっくりの邪悪獣オウボウダーが町中を暴れ出した！

夏休み中。マリアは、地球防衛組に召集をかけた。1年生の津波洋一と、マリアの隣の家の子供、倉林あやが、防衛組の活躍ぶりを知りたいというのだ。勉は地球防衛組の全貌を紹介。しかし、紹介が終わりかけた時、ライジンコマンダーに見たことのないメカのシルエットが映った！

臨海学校が始まり、楽しいひと時を満喫する子どもたち。仁と、ヨッパーこと小川よしあきは明日、東の海岸にある洞窟に行こうと相談していた。しかし、臨海学校を行っている大波海岸に邪悪獣が現れた。篠田先生の「浜辺を汚すのは迷惑」の言葉に、アークダーマが反応したのだ。

「銀行強盗なんて迷惑」の言葉で邪悪獣ゴウトロンが出現。その見事な襲撃ぶりに感心していた本物の銀行強盗は、タイダーの仲間になる。タイダーをおだて上げ取り入る銀行強盗。その言葉に気を良くしたタイダーは快く彼らを仲間に入れ、ここにタイダー指揮の強盗団が誕生した！

地球征服が一向に進まないことから、ワルーサは、ベルゼブ自らをパワーアップさせ戦わせることにする。一方、地球防衛組のもとに防衛隊の長官が乗り込んできた。ライジンオーがお菓子工場の倉庫を襲い大暴れしたと言うのだ。身に覚えがない防衛組は抗議をするが…。

夏休み最後の日、勉とマリアは校舎内を調査。あちらこちらで、ライジンコマンダーに新メカを思わせる反応が出ていたのだ。その最中、地球防衛組に出動命令が出た。高速道路に邪悪獣が出現したのだ。いつものように、出動する地球防衛組。しかし、ベルゼブには秘策があった…。

地球防衛組の面々は、司令室から操縦できる新メカ、バクリュウオーに夢中。しかし、主役の座を奪われてしまった仁は面白くない。そんな仁を見たマリアが、突然、烈火のごとく怒り出す。人にとりつき、イライラを誘発する邪悪獣、イカルダーがマリアにとりついていたのだ…。

陽昇学園にフラフラの子犬が迷い込んできた。犬はマリアによって“シッポ”と名づけられ、5年3組で飼うことに。飼育係の美紀が世話を任されたが、実は犬が大の苦手。子供の頃に大きな犬に追いかけ回されトラウマになっていたのだ。しかし、シッポは美紀になつき…。

陽昇町で百億円金塊強奪事件が発生。ヘリコプターで逃げる犯人たちは、台風の風にあおられて井草山に墜落。犯人の「台風なんて迷惑」の言葉に反応し邪悪獣が出現。一方、肝心の金塊は行方不明のまま。TVキャスターを夢見るきららは、仁たちを巻き込んで井草山に出発した！

吼児のもとに、アフリカの文通相手から手紙がきた。UFO関係で知り合ったレオニだ。レオニは動物保護官の息子で、最近は密猟者による被害に心を痛めているそうだ。時を同じくして、防衛組に邪悪獣の情報が入った。アフリカでハンター邪悪獣ライフラーが出現したというのだ…。

避難訓練の日。しかし、仁やあきらはちっともまじめにやろうとしない。そこへ本物の地震が発生。大した揺れでもないのに、あきらはパニックを起こしてしまう。実は、あきらは地震が大の苦手だったのだ。見栄っ張りのあきらは、思わず邪悪獣のせいにしてごまかそうとするが…。

明日の運動会を前に、5年3組も猛練習。しかし、ダルマ競争できららとコンビを組むひでのりは失敗ばかり…。きららの怒りが爆発し、思わず「ダルマなんて迷惑」と叫んでしまう。その言葉にアークダーマが反応。邪悪獣ダルマンダーが出現。町中をダルマにして暴れ回る！

陽昇学園に、仁の従弟である日向陽太郎がやってきた。陽太郎はライジンオーの大ファンで、パイロットの仁にあこがれていたのだ。翌日、「タバコの投げ捨ては迷惑」の言葉から邪悪獣スイガラーが出現。陽太郎にカッコいいところを見せてやろうと考えた仁は、剣王で単身出撃してしまう！

泉ゆうの妹、ルリコは大の野菜嫌い。ゆうは、姫木先生のアドバイスをもとに野菜嫌いを直そうと工夫をするが…。そんなある日、ルリコの前に、野菜を代わりに食べてくれる小さな生き物が現れた。それは、ルリコの「お野菜なんて迷惑」の言葉で生まれた邪悪獣ベジベジだった！

テレビ好きのヨッパーは父とチャンネル争い。それを見た母親の怒りがついに爆発！ 「テレビなんて迷惑よ！」の言葉にアークダーマが反応し、邪悪獣テレノドンが誕生。タイダーは、邪悪獣のパワーで町中のテレビに自分を映し出し、ニセ情報で地球を混乱させようとする。

近所のお化け屋敷の噂を聞いた5年3組は、探検することに。しかし、屋敷に乗り込んだ仁たちは、椅子が飛び跳ねたり、ヨッパーがトイレに流されたり…と奇怪な現象に次々と襲われる。実はこの屋敷、「お化け屋敷なんて迷惑」の言葉で生まれた邪悪獣バケヤシキンだったのだ！

明日は昇陽祭。しかし、篠田先生は、姫木先生がお見合いをするらしいと知り落ち込んでいた。一同はお見合い妨害作戦を決行。ニセの電話で、二人をお見合いの時間に公園に呼び出すが、篠田先生にばれ大失敗…。その頃、町に邪悪獣オドールが出現、人々を強制的に踊らせていた。

まっしろ山スキー場が豪雪で閉鎖になり、家族でスキーに行く予定だった飛鳥はガッカリ。それをからかった仁と喧嘩になってしまう。翌日、仁が目覚めると、陽昇町は辺り一面まっしろ。それは、飛鳥の「吹雪なんて迷惑」との言葉で出現した邪悪獣サムイドンの仕業だった！

ポンコツ複葉機を飛ばす飛行機マニアのおじいちゃんに「ライジンオーなんて目じゃない」と豪語され、怒ったヨッパーは、自分がライジンオーのパイロットだと言ってしまう。ヨッパーは、ライジンコマンダーを勝手に持ち出し、おじいちゃんの前で剣王を呼び出すが…。

陽昇町に新たな正義の味方オセッカイザーが出現。その正体は「お節介な正義の味方なんて迷惑だ」という言葉から生まれた邪悪獣。しかし、オセッカイザーはその正義感の強さから子供たちに大人気！ ライジンオーとどちらが本当の正義の味方か勝負をつけることになった！

仁が子供たちと落書きをしているのを発見され、防衛組は町中の落書き掃除を命じられる。しかし、マリアには思い出の落書きがあった。幼い頃、高架下で父と描いた自画像である。そっと落書きを残しておくマリア。しかし、町では邪悪獣が落書きを実体化させて暴れていた！

ベルゼブは、ライジンオーの基地探しを開始。ファルゼブを地上に降ろし、ライジンオーの後を追わせるが、ライジンオーの風圧で吹き飛ばされ、道に迷ってしまう。一方、陽昇学園では、仁が自分に超能力が芽生えたと大騒ぎ。実は、これらはすべてファルゼブの仕業だった！

お正月を控え、酒屋の仁の家は大忙し。仁も手伝いばかり。その頃、年越し準備でにぎわう町に正月邪悪獣ガンターンが出現。地球防衛組が出動するが、この邪悪獣、番傘の上で人や物を回す芸をするだけで暴れる気配がない。結局、しばらく様子を見ることになったが…。

正月でにぎわう陽昇町。防衛組のメンバーはスケートで羽を伸ばすことに。一方、進まぬライジンオー探しに業を煮やしたベルゼブは、ついに自らが探索を開始。地上へと降り立ったベルゼブは、ライジンオーのことを口にするヨッパーたちと出会う。早速、彼らを追跡するが…。

ライジンオーを動かしているのが子供たちだと知ったベルゼブは、タイダーに防衛組メンバーの誘拐を命じる。タイダーはおばあさんに変装してクッキーに近づくが、そこに吼児も通りかかり、タイダーは二人まとめて誘拐する。その頃、町には邪悪獣ゴキブロンが暴れまわっていた。

ライジンオーの基地が陽昇町近辺にあると突き止めたベルゼブは、ライジンオー出撃の瞬間を、上空から監視する。一方、地球防衛組の方も、基地をカモフラージュする作戦をたてていた。町中で煙幕をたいて、ライジンオーの発進の瞬間を見えなくしてしまおうというものだが…。

明日の身体測定を控えて、身長の低いことを気にするれい子とクッキーは浮かぬ顔。試しに計ってみるとクッキーだけが2センチも伸びていた！ ショックを受けたれい子は、その晩、身長が伸びるようにと神様に祈る。翌朝、れい子の身長が、たった一晩で大人並みになっていた!?

前回、巨大なれい子に倒されたベルゼブは、物を小さくする邪悪獣スモーラーを作り出し、ライジンオーを小さくして倒す予定…だったが、手違いで自らが操るジャークサタンまでもが小さくなってしまった！ しかも、二体ともラーメンの中に飛び込み、篠田先生の腹の中へ…。

テレビ局が、地球防衛組を番組にしたいと言ってきた。仁たちは、全世界へ向けて放送される番組と聞き、大張り切りで取材に協力。ライジンオーなどの秘密を次々に明らかにしていく。一方、ベルゼブたちも地球防衛組に勝てないことを検証するため、今までの戦いを見直していた…。

ベルゼブの怒りに触れたタイダーは、要塞を追い出され、地球人になることを決意。就職先を探してさまようが、行き着いた先は日向ストアー!? タイダーは真面目に働き、仁の両親に気に入られる。しかし、吼児から五次元人の特徴を聞いていた仁は、タイダーの正体に気がつき…。

仁のお手柄でアークダーマの秘密を知った防衛組は、アークダーマ探しを開始。一つ発見するが、防衛隊の長官が強引に持ち帰ってしまう。しかし、アークダーマの輸送中、長官が「子供なんて迷惑」と口を滑らし邪悪獣コドモスキーが出現。町中の人間が子供になってしまう！

陽昇町総出でアークダーマ探しが行われ、山のようにアークダーマが集められてゆく。アークダーマの秘密を仁に話してしまったタイダーは責任を感じ、地上に降りることに。ところが、地球ではタイダーはすっかり有名人。五次元人として、大々的に指名手配されていたのだ！

ジャーク帝国は地球への総攻撃を開始。巨大な要塞が町を地面ごと持ち上げる。地球防衛組も出動するが、ライジンエネルギーが急速に減ってゆく。ジャーク空間内では、ライジンオーが本来の力を発揮できないのだ！ そこへ、パワーアップしたグレートジャークサタンが現れ…。

エネルギーを失い、傷ついた剣王たちに成すすべはない。ベルゼブは、とどめは自分にさせてくれと進言。しかしベルゼブは逆にワルーサの不興を買い、ジャークサタンもろとも始末されそうになってしまう。一方、司令室のマリアたちはゴッドライジンオー復活の策を発見する。

皇帝ワルーサは倒れたが、グレートジャークサタンとゴッドライジンオーの死闘は続いていた。もう戦う必要はないと叫ぶ仁だが、ベルゼブは戦士の誇りをかけてライジンオーを倒そうとする。戦いの場所はジャーク要塞内部へと移り、劣勢を悟ったベルゼブは最後の攻撃に出る！