500カラットのダイヤ“ナイルの涙”を盗み出すため、地球の古代火星美術館に忍び込んだコブラ。時を同じくして、ジプシードック率いる海賊ギルドの一団が攻め込んでくる。彼らの狙いは化石虫の研究者ユートピア・モア博士と“化石虫”の標本だった。偶然にも海賊ギルドの手からユートピアを救い出したコブラだが…。

火星でユートピアと再会したコブラは、彼女に誘われるまま“化石虫”の調査に同行する。巨大な砂クジラの中に寄生する“化石虫”を持ち帰ったコブラたち。しかし、そこに海賊ギルドの殺し屋クリスタル・ボーイが現れ、ユートピアを捕らえようと、キャンプを襲い始める。コブラたちはキャンプから何とか脱出するのだが…。

クリフ・ボールド伯爵の城の中で、大量のロド麻薬と海賊ギルドのマークを見つけたコブラは、ユートピアを連れ、城から逃げ出そうとする。追っ手を振り切ったコブラたちがたどりついた先は、ジプシードックのアジトであった。コブラはユートピアを引き渡すことで、ジプシードックの仲間になったと見せかけるのだが…。

傷を負ったコブラを窮地より救い出したレディは、ダックたちの力を借りて、ボールド伯爵の後を追う。宇宙創造の力を海賊ギルドの手に渡してはならないと、不屈の精神力で立ち上がるコブラであったが、そこに宿敵クリスタル・ボーイが立ちはだかる。コブラVSクリスタル・ボーイ…。宿命の戦いが幕を開ける！